Аналіз застосовності комерційно доступного хімічного простору для використання у 19F ЯМР FAXS методі на прикладі НВП «Єнамін»
Aim. To analyze commercially available fluorine containing compounds for the possibility of their use in the 19F NMR FAXS method.Materials and methods. The selection of fluorine-containing fragments for the study was performed using 3.9 million instock screening compounds and 248,000 in-stock buildi...
Збережено в:
| Дата: | 2023 |
|---|---|
| Автори: | , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
National University of Pharmacy
2023
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/281281 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry |
Репозитарії
Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry| id |
oai:ojs.journals.uran.ua:article-281281 |
|---|---|
| record_format |
ojs |
| institution |
Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry |
| collection |
OJS |
| language |
English |
| topic |
флуоровмісні фрагменти дизайн лікарських препаратів на основі фрагментів 19F ЯМР метод FAXS хемоінформатика аналіз хімічного простору сполук fluorinated fragments fragment-based drug design 19F NMR FAXS method chemoinformatics chemical space analysis of compounds |
| spellingShingle |
флуоровмісні фрагменти дизайн лікарських препаратів на основі фрагментів 19F ЯМР метод FAXS хемоінформатика аналіз хімічного простору сполук fluorinated fragments fragment-based drug design 19F NMR FAXS method chemoinformatics chemical space analysis of compounds Oksiuta , Oleksandr V. Filatov, Yaroslav I. Аналіз застосовності комерційно доступного хімічного простору для використання у 19F ЯМР FAXS методі на прикладі НВП «Єнамін» |
| topic_facet |
флуоровмісні фрагменти дизайн лікарських препаратів на основі фрагментів 19F ЯМР метод FAXS хемоінформатика аналіз хімічного простору сполук fluorinated fragments fragment-based drug design 19F NMR FAXS method chemoinformatics chemical space analysis of compounds |
| format |
Article |
| author |
Oksiuta , Oleksandr V. Filatov, Yaroslav I. |
| author_facet |
Oksiuta , Oleksandr V. Filatov, Yaroslav I. |
| author_sort |
Oksiuta , Oleksandr V. |
| title |
Аналіз застосовності комерційно доступного хімічного простору для використання у 19F ЯМР FAXS методі на прикладі НВП «Єнамін» |
| title_short |
Аналіз застосовності комерційно доступного хімічного простору для використання у 19F ЯМР FAXS методі на прикладі НВП «Єнамін» |
| title_full |
Аналіз застосовності комерційно доступного хімічного простору для використання у 19F ЯМР FAXS методі на прикладі НВП «Єнамін» |
| title_fullStr |
Аналіз застосовності комерційно доступного хімічного простору для використання у 19F ЯМР FAXS методі на прикладі НВП «Єнамін» |
| title_full_unstemmed |
Аналіз застосовності комерційно доступного хімічного простору для використання у 19F ЯМР FAXS методі на прикладі НВП «Єнамін» |
| title_sort |
аналіз застосовності комерційно доступного хімічного простору для використання у 19f ямр faxs методі на прикладі нвп «єнамін» |
| title_alt |
Assessment of the Commercially Available Chemical Space for Using in the 19F NMR FAXS Method: a Enamine Ltd. Case |
| description |
Aim. To analyze commercially available fluorine containing compounds for the possibility of their use in the 19F NMR FAXS method.Materials and methods. The selection of fluorine-containing fragments for the study was performed using 3.9 million instock screening compounds and 248,000 in-stock building-blocks from Enamine Ltd library. The selection and classification of the compounds was carried out using the DataWarrior and KNIME software. The Fluorinated Fragments library of Enamine Ltd. containing 6377 compounds, was also analyzed. To analyze the abovementioned sets of substances, the multistep workflows specially designed were used.Results and discussion. As a result of applying the workflow developed to the compound sets (both screening compounds and building blocks), 13 800 compounds were selected and further classified according to the presence of one out of 12 fluorine-containing groups. The Fluorinated Fragments library was also subjected to a similar workflow. For the latter, 8 out of 12 fluorine-containing groups were identified. Additionally, experimental 19F NMR chemical shift values for Fluorinated Fragments library compounds spectra were analyzed. It has been found that some structural classes have areas of chemical shifts intersection. On the other hand, the ranges from –40 to –60 ppm and beyond –160 ppm are free from any group of compounds from the library analyzed.Conclusions. The analysis has shown that commercially available fluorine-containing fragments do not satisfy the needs of the 19F NMR FAXS method, and further expansion of the chemical space of fluorine-containing compounds by increasing their diversity is required. |
| publisher |
National University of Pharmacy |
| publishDate |
2023 |
| url |
https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/281281 |
| work_keys_str_mv |
AT oksiutaoleksandrv assessmentofthecommerciallyavailablechemicalspaceforusinginthe19fnmrfaxsmethodaenamineltdcase AT filatovyaroslavi assessmentofthecommerciallyavailablechemicalspaceforusinginthe19fnmrfaxsmethodaenamineltdcase AT oksiutaoleksandrv analízzastosovnostíkomercíjnodostupnogohímíčnogoprostorudlâvikoristannâu19fâmrfaxsmetodínaprikladínvpênamín AT filatovyaroslavi analízzastosovnostíkomercíjnodostupnogohímíčnogoprostorudlâvikoristannâu19fâmrfaxsmetodínaprikladínvpênamín |
| first_indexed |
2024-09-01T18:15:54Z |
| last_indexed |
2024-09-01T18:15:54Z |
| _version_ |
1809018576952098816 |
| spelling |
oai:ojs.journals.uran.ua:article-2812812023-08-30T14:27:19Z Assessment of the Commercially Available Chemical Space for Using in the 19F NMR FAXS Method: a Enamine Ltd. Case Аналіз застосовності комерційно доступного хімічного простору для використання у 19F ЯМР FAXS методі на прикладі НВП «Єнамін» Oksiuta , Oleksandr V. Filatov, Yaroslav I. флуоровмісні фрагменти дизайн лікарських препаратів на основі фрагментів 19F ЯМР метод FAXS хемоінформатика аналіз хімічного простору сполук fluorinated fragments fragment-based drug design 19F NMR FAXS method chemoinformatics chemical space analysis of compounds Aim. To analyze commercially available fluorine containing compounds for the possibility of their use in the 19F NMR FAXS method.Materials and methods. The selection of fluorine-containing fragments for the study was performed using 3.9 million instock screening compounds and 248,000 in-stock building-blocks from Enamine Ltd library. The selection and classification of the compounds was carried out using the DataWarrior and KNIME software. The Fluorinated Fragments library of Enamine Ltd. containing 6377 compounds, was also analyzed. To analyze the abovementioned sets of substances, the multistep workflows specially designed were used.Results and discussion. As a result of applying the workflow developed to the compound sets (both screening compounds and building blocks), 13 800 compounds were selected and further classified according to the presence of one out of 12 fluorine-containing groups. The Fluorinated Fragments library was also subjected to a similar workflow. For the latter, 8 out of 12 fluorine-containing groups were identified. Additionally, experimental 19F NMR chemical shift values for Fluorinated Fragments library compounds spectra were analyzed. It has been found that some structural classes have areas of chemical shifts intersection. On the other hand, the ranges from –40 to –60 ppm and beyond –160 ppm are free from any group of compounds from the library analyzed.Conclusions. The analysis has shown that commercially available fluorine-containing fragments do not satisfy the needs of the 19F NMR FAXS method, and further expansion of the chemical space of fluorine-containing compounds by increasing their diversity is required. Мета. Проаналізувати комерційно доступні флуоровмісні сполуки на можливість їх застосування в конкурентному скринінгу за допомогою 19F ЯМР FAXS методу.Матеріали та методи. Відбір флуоровмісних фрагментів для дослідження проводили з використанням наявних на складі компанії ТОВ «НВП «Єнамін» 3,9 млн скринінгових сполук та 248000 будівельних блоків. Відбір та розподіл сполук по групах виконували за допомогою програм DataWarrior та KNIME. Проаналізували бібліотеку флуорованих фрагментів ТОВ «НВП «Єнамін», що містить 6377 сполук. Для аналізу вищезазначених наборів речовин використовували спеціально розроблені багатоступеневі алгоритми.Результати та їх обговорення. У результаті застосування розробленого алгоритму до скринінгових сполук та будівельних блоків відібрано 13800 представників, які додатково класифіковано за наявністю однієї з 12 флуоровмісних груп. Бібліотеку флуорованих фрагментів також піддано подібній процедурі. Для останньої групи досліджуваних сполук ідентифіковано наявність 8 з 12 флуоровмісних фрагментів. Крім того, проаналізовано експериментальні значення хімічного зсуву, отримані із 19F ЯМР спектрів бібліотеки флуорованих фрагментів. З’ясовано, що деякі структурні класи мають зони перетину хімічних зсувів. З іншого боку, у діапазонах від –40 до –60 м.д. і більше –160 м.д. не представлено жодної сполуки з аналізованої бібліотеки.Висновки. Аналіз засвідчив, що наявні комерційно доступні флуоровмісні фрагменти не задовольняють потреби 19F NMR FAXS методу, а тому необхідно розширювати хімічний простір флуоровмісних сполук шляхом збільшення їх різноманіття. National University of Pharmacy 2023-08-30 Article Article application/pdf application/pdf application/x-7z-compressed application/x-7z-compressed https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/281281 10.24959/ophcj.23.281281 Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry; Vol. 21 No. 2 (2023); 21-28 Журнал органической и фармацевтической химии; Том 21 № 2 (2023); 21-28 Журнал органічної та фармацевтичної хімії; Том 21 № 2 (2023); 21-28 2518-1548 2308-8303 en https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/281281/277042 https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/281281/277043 https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/281281/277045 https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/281281/277046 Copyright (c) 2023 National University of Pharmacy http://creativecommons.org/licenses/by/4.0 |