Тестування нової оціночної функції для молекулярного докінгу на прикладі інгібіторів протеїнотирозинфосфатази 1B
A new scoring function H1 recently developed for molecular docking has been tested on the complexes of protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B) from the PDB data bank and using docking of a set of inhibitors from the NIH database. The function is based on the scoring functions of AutoDock and AutoDoc...
Збережено в:
| Дата: | 2015 |
|---|---|
| Автори: | , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
National University of Pharmacy
2015
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/ophcj.15.862 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry |
Репозитарії
Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry| id |
oai:ojs.journals.uran.ua:article-89009 |
|---|---|
| record_format |
ojs |
| institution |
Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry |
| collection |
OJS |
| language |
English |
| topic |
protein tyrosine phosphatase 1B PTP1B inhibition molecular docking UDC 577.152.3 661.639.9 протеинтирозинфосфатаза 1В РТР1В ингибиторы молекулярный докинг УДК 577.152.3 661.639.9 протеїнотирозинфосфатаза 1В РТР1В інгібітори молекулярний докінг УДК 577.152.3 661.639.9 |
| spellingShingle |
protein tyrosine phosphatase 1B PTP1B inhibition molecular docking UDC 577.152.3 661.639.9 протеинтирозинфосфатаза 1В РТР1В ингибиторы молекулярный докинг УДК 577.152.3 661.639.9 протеїнотирозинфосфатаза 1В РТР1В інгібітори молекулярний докінг УДК 577.152.3 661.639.9 Tanchuk, V. Yu. Tanin, V. O. Тестування нової оціночної функції для молекулярного докінгу на прикладі інгібіторів протеїнотирозинфосфатази 1B |
| topic_facet |
protein tyrosine phosphatase 1B PTP1B inhibition molecular docking UDC 577.152.3 661.639.9 протеинтирозинфосфатаза 1В РТР1В ингибиторы молекулярный докинг УДК 577.152.3 661.639.9 протеїнотирозинфосфатаза 1В РТР1В інгібітори молекулярний докінг УДК 577.152.3 661.639.9 |
| format |
Article |
| author |
Tanchuk, V. Yu. Tanin, V. O. |
| author_facet |
Tanchuk, V. Yu. Tanin, V. O. |
| author_sort |
Tanchuk, V. Yu. |
| title |
Тестування нової оціночної функції для молекулярного докінгу на прикладі інгібіторів протеїнотирозинфосфатази 1B |
| title_short |
Тестування нової оціночної функції для молекулярного докінгу на прикладі інгібіторів протеїнотирозинфосфатази 1B |
| title_full |
Тестування нової оціночної функції для молекулярного докінгу на прикладі інгібіторів протеїнотирозинфосфатази 1B |
| title_fullStr |
Тестування нової оціночної функції для молекулярного докінгу на прикладі інгібіторів протеїнотирозинфосфатази 1B |
| title_full_unstemmed |
Тестування нової оціночної функції для молекулярного докінгу на прикладі інгібіторів протеїнотирозинфосфатази 1B |
| title_sort |
тестування нової оціночної функції для молекулярного докінгу на прикладі інгібіторів протеїнотирозинфосфатази 1b |
| title_alt |
Testing of a new docking scoring function on the example of inhibitors of protein tyrosine phosphatase 1B Тестирование новой оценочной функции для молекулярного докинга на примере ингибиторов протеинтирозинфосфатазы 1B |
| description |
A new scoring function H1 recently developed for molecular docking has been tested on the complexes of protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B) from the PDB data bank and using docking of a set of inhibitors from the NIH database. The function is based on the scoring functions of AutoDock and AutoDock Vina and is implemented in the modified version of the AutoDock. The function performed well both in the case of the complexes from the PDB databank and in a real docking process. Calculation of pKi for the complexes from the PDB databank was very accurate. The molecular docking has been done with a modified version of AutoDock that uses spatial constraints and a new search engine. Energies of complexes were minimized, and pKi values of the resulting complexes were estimated by the new scoring function. As shown previously, conformations of PTP1B in complexes with ligands can be divided into five clusters. All five typical conformations of PTP1B binding pocket were used for docking. Better docking results were obtained on the clusters with open WPD loop though some compounds could not be docked well to such conformations of the enzyme. The function has shown a good “scoring power” (i. e. the ability to predict pKi values) and “screening power” (the ability to enrich top 10 or 20% of predictions by real active compounds) thus proving to be suitable for the virtual screening of potential PTP1B inhibitors. The performance of the new scoring function H1 was much better than that of the original scoring function of AutoDock tested earlier. |
| publisher |
National University of Pharmacy |
| publishDate |
2015 |
| url |
https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/ophcj.15.862 |
| work_keys_str_mv |
AT tanchukvyu testingofanewdockingscoringfunctionontheexampleofinhibitorsofproteintyrosinephosphatase1b AT taninvo testingofanewdockingscoringfunctionontheexampleofinhibitorsofproteintyrosinephosphatase1b AT tanchukvyu testirovanienovojocenočnojfunkciidlâmolekulârnogodokinganaprimereingibitorovproteintirozinfosfatazy1b AT taninvo testirovanienovojocenočnojfunkciidlâmolekulârnogodokinganaprimereingibitorovproteintirozinfosfatazy1b AT tanchukvyu testuvannânovoíocínočnoífunkcíídlâmolekulârnogodokíngunaprikladííngíbítorívproteínotirozinfosfatazi1b AT taninvo testuvannânovoíocínočnoífunkcíídlâmolekulârnogodokíngunaprikladííngíbítorívproteínotirozinfosfatazi1b |
| first_indexed |
2024-09-01T18:14:37Z |
| last_indexed |
2024-09-01T18:14:37Z |
| _version_ |
1809018495964282880 |
| spelling |
oai:ojs.journals.uran.ua:article-890092018-06-05T14:13:56Z Testing of a new docking scoring function on the example of inhibitors of protein tyrosine phosphatase 1B Тестирование новой оценочной функции для молекулярного докинга на примере ингибиторов протеинтирозинфосфатазы 1B Тестування нової оціночної функції для молекулярного докінгу на прикладі інгібіторів протеїнотирозинфосфатази 1B Tanchuk, V. Yu. Tanin, V. O. protein tyrosine phosphatase 1B PTP1B inhibition molecular docking UDC 577.152.3 661.639.9 протеинтирозинфосфатаза 1В РТР1В ингибиторы молекулярный докинг УДК 577.152.3 661.639.9 протеїнотирозинфосфатаза 1В РТР1В інгібітори молекулярний докінг УДК 577.152.3 661.639.9 A new scoring function H1 recently developed for molecular docking has been tested on the complexes of protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B) from the PDB data bank and using docking of a set of inhibitors from the NIH database. The function is based on the scoring functions of AutoDock and AutoDock Vina and is implemented in the modified version of the AutoDock. The function performed well both in the case of the complexes from the PDB databank and in a real docking process. Calculation of pKi for the complexes from the PDB databank was very accurate. The molecular docking has been done with a modified version of AutoDock that uses spatial constraints and a new search engine. Energies of complexes were minimized, and pKi values of the resulting complexes were estimated by the new scoring function. As shown previously, conformations of PTP1B in complexes with ligands can be divided into five clusters. All five typical conformations of PTP1B binding pocket were used for docking. Better docking results were obtained on the clusters with open WPD loop though some compounds could not be docked well to such conformations of the enzyme. The function has shown a good “scoring power” (i. e. the ability to predict pKi values) and “screening power” (the ability to enrich top 10 or 20% of predictions by real active compounds) thus proving to be suitable for the virtual screening of potential PTP1B inhibitors. The performance of the new scoring function H1 was much better than that of the original scoring function of AutoDock tested earlier. Новая недавно разработанная оценочная функция H1 для молекулярного докинга была протестирована на комплексах протеинтирозинфосфатазы 1В (PTP1B) из банка данных PDB и при помощи докинга набора ингибиторов из базы данных NIH. Функция основана на оценочных функциях AutoDock и AutoDock Vina и реализована в модифицированной версии AutoDock. Функция показала себя хорошо как в случае комплексов из банка данных PDB, так и в реальном процессе докинга. Расчет значений pKi для комплексов из банка данных PDB был очень точным. Молекулярный докинг проводился модифицированной версией AutoDock, которая использует пространственные ограничения и новый способ поиска. Энергии комплексов минимизировались, и pKi для полученных комплексов оценивались с помощью новой функции H1. Как было показано ранее, конформации PTP1B в комплексах с лигандами можно разделить на пять групп. Все пять типичных конформаций связывающего кармана PTP1B использовались для докинга. Лучшие результаты получены при докинге на кластерах с открытой WPD-петлей, хотя некоторые соединения не могут образовывать достаточно хорошие комплексы с такими конформациями фермента. Функция показала высокий «оценочный потенциал» (т. е. способность предсказывать значения pKi) и «скрининговый потенциал» (способность обогащать верхние 10 или 20% от предсказаний реально активными соединениями). Таким образом, оценочная функция H1 подходит для виртуального скрининга потенциальных ингибиторов PTP1B. Результаты новой оценочной функции H1 были намного лучше, чем у исходной оценочной функции AutoDock, которая испытывалась ранее. Нова нещодавно розроблена оціночна функція H1 для молекулярного докінгу тестувалася на комплексах протеїнотирозинфосфатази 1В (PTP1B) з банку даних PDB і за допомогою докінгу набору інгібіторів з бази даних NIH. Функція базується на оціночних функціях AutoDock і AutoDock Vina і реалізована в модифікованій версії AutoDock. Функція показала себе добре як у випадку комплексів з банку даних PDB, так і в реальному докінгу. Розрахунок pKi для комплексів з банку даних PDB виявився дуже точним. Молекулярний докінг проводився модифікованою версією AutoDock, яка використовує просторові обмеження і новий спосіб пошуку. Енергії комплексів мінімізувались, і pKi для отриманих комплексів оцінювались за допомогою нової функції H1. Як було показано раніше, конформації PTP1B в комплексах з лігандами поділяються на п’ять груп. Всі п’ять типових конформацій зв’язувальної кишені PTP1B були використані для докінгу. Найкращі результати отримані при докінгу на кластерах з відкритою петлею WPD, хоча деякі сполуки не здатні утворювати достатньо добрі комплекси з ферментом у таких конформаціях. Функція показала високий «оціночний потенціал» (тобто здатність прогнозувати значення pKi) і «скринінговий потенціал» (здатність збагачувати верхні 10 або 20% від прогнозування реально активними сполуками). Таким чином, оціночна функція H1 виявилась придатною для віртуального скринінгу потенційних інгібіторів PTP1B. Результати нової оціночної функції H1 були набагато кращими, ніж у вихідної оціночної функції AutoDock, яка була випробувана раніше. National University of Pharmacy 2015-12-27 Article Article application/pdf https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/ophcj.15.862 10.24959/ophcj.15.862 Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry; Vol. 13 No. 4(52) (2015); 16-19 Журнал органической и фармацевтической химии; Том 13 № 4(52) (2015); 16-19 Журнал органічної та фармацевтичної хімії; Том 13 № 4(52) (2015); 16-19 2518-1548 2308-8303 en https://ophcj.nuph.edu.ua/article/view/ophcj.15.862/85575 Copyright (c) 2015 National University of Pharmacy https://creativecommons.org/licenses/by/4.0 |