Похідні цитизину як нові антибактеріальні агенти проти Escherichia coli: in silico та in vitro дослідження
QSAR analysis of a 5143 compounds set of previously synthesized compounds tested against multi-drug resistant (MDR) clinical isolate Escherichia coli strains was done by using Online Chemical Modeling Environment (OCHEM).The predictive ability of the regression models was tested through cross-valida...
Збережено в:
| Дата: | 2021 |
|---|---|
| Автори: | , , , , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
V.P. Kukhar Institute of Bioorganic Chemistry and Petrochemistry of the National Academy of Sciences of Ukraine
2021
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://bioorganica.com.ua/index.php/journal/article/view/23 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Ukrainica Bioorganica Acta |
Репозитарії
Ukrainica Bioorganica Acta| id |
oai:ojs2.bioorganica.com.ua:article-23 |
|---|---|
| record_format |
ojs |
| spelling |
oai:ojs2.bioorganica.com.ua:article-232024-07-19T16:39:47Z Cytisine derivatives as new anti-Escherichia coli agents: in silico and in vitro studies Похідні цитизину як нові антибактеріальні агенти проти Escherichia coli: in silico та in vitro дослідження Hodyna, Diana M. Kovalishyn, Vasyl V. Blagodatnyi, Volodymyr M. Bondarenko, Svitlana P. Mrug, Galyna P. Frasinyuk, Mykhaylo S. Metelytsia, Larysa O. cytisine derivatives QSAR Escherichia coli antibacterial activity похідні цитизину QSAR Escherichia coli антибактеріальна активність QSAR analysis of a 5143 compounds set of previously synthesized compounds tested against multi-drug resistant (MDR) clinical isolate Escherichia coli strains was done by using Online Chemical Modeling Environment (OCHEM).The predictive ability of the regression models was tested through cross-validation, giving coefficient of determination q2=0.72-0.8. The validation of the models using an external test set proved that the models can be used to predict the activity of newly designed compounds with reasonable accuracy within the applicability domain (q2=0.74-0.8). The models were applied to screen a virtual chemical library of cytisine derivatives, which was designed to have antibacterial activity. The QSAR modeling results allowed to identify a number of cytisine derivatives as effective antibacterial agents against antibiotic-resistant E. coli strains. Seven compounds were selected for synthesis and biological testing. In vitro investigation of the selected cytisine derivatives have shown that all studied compounds are potential antibacterial agents against MDR E. coli strains QSAR аналіз, який базувався на основі набору з 5143 раніше синтезованих сполук з активністю проти культури Escherichia coli із множинною лікарською стійкістю (MDR), був проведений за допомогою Онлайн платформи хімічного моделювання (OCHEM). Передбачувана здатність регресійних моделей була перевірена шляхом перехресної перевірки, коефіцієнт детермінації якої становив q2 = 0,72-0,8. Перевірка моделей з використанням зовнішнього тестового набору підтвердила використання моделей для прогнозування активності нових розроблених сполук із достатньою точністю в межах області застосування (q2 = 0,74-0,8). QSAR-моделі були використані для скринінгу віртуальної хімічної бібліотеки похідних цитизину, які володіють антибактеріальною активністю. Результати QSAR-моделювання дозволили ідентифікувати ряд похідних цитизину як ефективних антибактеріальних засобів проти антибіотикорезистентних штамів E. coli. Для синтезу та біологічного тестування було відібрано сім сполук. Іn vitro дослідження синтезованих похідних цитизину показали, що всі сполуки є потенційними антибактеріальними засобами проти мультирезистентних штамів E. coli V.P. Kukhar Institute of Bioorganic Chemistry and Petrochemistry of the National Academy of Sciences of Ukraine 2021-12-27 Article Article application/pdf application/pdf https://bioorganica.com.ua/index.php/journal/article/view/23 10.15407/bioorganica2021.02.023 Ukrainica Bioorganica Acta; Vol. 16 No. 2 (2021): Ukrainica Bioorganica Acta; 23-29 Ukrainica Bioorganica Acta; Том 16 № 2 (2021): Ukrainica Bioorganica Acta; 23-29 1814-9766 1814-9758 10.15407/bioorganica2021.02 en https://bioorganica.com.ua/index.php/journal/article/view/23/27 https://bioorganica.com.ua/index.php/journal/article/view/23/28 https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ |
| institution |
Ukrainica Bioorganica Acta |
| collection |
OJS |
| language |
English |
| topic |
cytisine derivatives QSAR Escherichia coli antibacterial activity похідні цитизину QSAR Escherichia coli антибактеріальна активність |
| spellingShingle |
cytisine derivatives QSAR Escherichia coli antibacterial activity похідні цитизину QSAR Escherichia coli антибактеріальна активність Hodyna, Diana M. Kovalishyn, Vasyl V. Blagodatnyi, Volodymyr M. Bondarenko, Svitlana P. Mrug, Galyna P. Frasinyuk, Mykhaylo S. Metelytsia, Larysa O. Похідні цитизину як нові антибактеріальні агенти проти Escherichia coli: in silico та in vitro дослідження |
| topic_facet |
cytisine derivatives QSAR Escherichia coli antibacterial activity похідні цитизину QSAR Escherichia coli антибактеріальна активність |
| format |
Article |
| author |
Hodyna, Diana M. Kovalishyn, Vasyl V. Blagodatnyi, Volodymyr M. Bondarenko, Svitlana P. Mrug, Galyna P. Frasinyuk, Mykhaylo S. Metelytsia, Larysa O. |
| author_facet |
Hodyna, Diana M. Kovalishyn, Vasyl V. Blagodatnyi, Volodymyr M. Bondarenko, Svitlana P. Mrug, Galyna P. Frasinyuk, Mykhaylo S. Metelytsia, Larysa O. |
| author_sort |
Hodyna, Diana M. |
| title |
Похідні цитизину як нові антибактеріальні агенти проти Escherichia coli: in silico та in vitro дослідження |
| title_short |
Похідні цитизину як нові антибактеріальні агенти проти Escherichia coli: in silico та in vitro дослідження |
| title_full |
Похідні цитизину як нові антибактеріальні агенти проти Escherichia coli: in silico та in vitro дослідження |
| title_fullStr |
Похідні цитизину як нові антибактеріальні агенти проти Escherichia coli: in silico та in vitro дослідження |
| title_full_unstemmed |
Похідні цитизину як нові антибактеріальні агенти проти Escherichia coli: in silico та in vitro дослідження |
| title_sort |
похідні цитизину як нові антибактеріальні агенти проти escherichia coli: in silico та in vitro дослідження |
| title_alt |
Cytisine derivatives as new anti-Escherichia coli agents: in silico and in vitro studies |
| description |
QSAR analysis of a 5143 compounds set of previously synthesized compounds tested against multi-drug resistant (MDR) clinical isolate Escherichia coli strains was done by using Online Chemical Modeling Environment (OCHEM).The predictive ability of the regression models was tested through cross-validation, giving coefficient of determination q2=0.72-0.8. The validation of the models using an external test set proved that the models can be used to predict the activity of newly designed compounds with reasonable accuracy within the applicability domain (q2=0.74-0.8). The models were applied to screen a virtual chemical library of cytisine derivatives, which was designed to have antibacterial activity. The QSAR modeling results allowed to identify a number of cytisine derivatives as effective antibacterial agents against antibiotic-resistant E. coli strains. Seven compounds were selected for synthesis and biological testing. In vitro investigation of the selected cytisine derivatives have shown that all studied compounds are potential antibacterial agents against MDR E. coli strains |
| publisher |
V.P. Kukhar Institute of Bioorganic Chemistry and Petrochemistry of the National Academy of Sciences of Ukraine |
| publishDate |
2021 |
| url |
https://bioorganica.com.ua/index.php/journal/article/view/23 |
| work_keys_str_mv |
AT hodynadianam cytisinederivativesasnewantiescherichiacoliagentsinsilicoandinvitrostudies AT kovalishynvasylv cytisinederivativesasnewantiescherichiacoliagentsinsilicoandinvitrostudies AT blagodatnyivolodymyrm cytisinederivativesasnewantiescherichiacoliagentsinsilicoandinvitrostudies AT bondarenkosvitlanap cytisinederivativesasnewantiescherichiacoliagentsinsilicoandinvitrostudies AT mruggalynap cytisinederivativesasnewantiescherichiacoliagentsinsilicoandinvitrostudies AT frasinyukmykhaylos cytisinederivativesasnewantiescherichiacoliagentsinsilicoandinvitrostudies AT metelytsialarysao cytisinederivativesasnewantiescherichiacoliagentsinsilicoandinvitrostudies AT hodynadianam pohídnícitizinuâknovíantibakteríalʹníagentiprotiescherichiacoliinsilicotainvitrodoslídžennâ AT kovalishynvasylv pohídnícitizinuâknovíantibakteríalʹníagentiprotiescherichiacoliinsilicotainvitrodoslídžennâ AT blagodatnyivolodymyrm pohídnícitizinuâknovíantibakteríalʹníagentiprotiescherichiacoliinsilicotainvitrodoslídžennâ AT bondarenkosvitlanap pohídnícitizinuâknovíantibakteríalʹníagentiprotiescherichiacoliinsilicotainvitrodoslídžennâ AT mruggalynap pohídnícitizinuâknovíantibakteríalʹníagentiprotiescherichiacoliinsilicotainvitrodoslídžennâ AT frasinyukmykhaylos pohídnícitizinuâknovíantibakteríalʹníagentiprotiescherichiacoliinsilicotainvitrodoslídžennâ AT metelytsialarysao pohídnícitizinuâknovíantibakteríalʹníagentiprotiescherichiacoliinsilicotainvitrodoslídžennâ |
| first_indexed |
2024-09-01T17:42:51Z |
| last_indexed |
2024-09-01T17:42:51Z |
| _version_ |
1809016498008621056 |