SOMATIC GENE VARIANTS IN NONRESECTABLE CUTANEOUS MELANOMA CELLS AND PHARMACOGENOMIC MARKERS DETECTION: INFLUENCE ON STRATEGY OF EFFECTIVE CANCER TREATMENT
The study aimed to identify clinically relevant gene variants in non-resectable cutaneous melanoma samples from Ukrainian patients and to investigate some pharmacogenomic markers using NGS technology to inform cancer treatment strategies. Methods. The study used 30 samples of Ukrainian patients aged...
Збережено в:
| Дата: | 2026 |
|---|---|
| Автори: | , |
| Формат: | Стаття |
| Опубліковано: |
PH Akademperiodyka
2026
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://exp-oncology.com.ua/index.php/Exp/article/view/488 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Experimental Oncology |
Репозитарії
Experimental Oncology| _version_ | 1859471863684530176 |
|---|---|
| author | Gulkovskyi, Roman Kashuba, Vladimir |
| author_facet | Gulkovskyi, Roman Kashuba, Vladimir |
| author_sort | Gulkovskyi, Roman |
| baseUrl_str | |
| collection | OJS |
| datestamp_date | 2026-03-04T13:04:43Z |
| description | The study aimed to identify clinically relevant gene variants in non-resectable cutaneous melanoma samples from Ukrainian patients and to investigate some pharmacogenomic markers using NGS technology to inform cancer treatment strategies. Methods. The study used 30 samples of Ukrainian patients aged 28-76 years, who had nonresectable cutaneous melanomas of various localizations and degrees of differentiation. Ion Torrent NGS technology of targeted gene sequencing (Custom AmpliSeq™ Cancer Hotspot and Pharmacogenomic panels) was used to identify genetic alterations, which were classified by the Franklin by Gennox database and custom pharmacogenomic Ion Reporter Software pipeline. Results. A total of 148 different gene alterations were identified in 40 genes (SNVs, MNVs, INDELs) by the Cancer Hotspot Panel, revealing mutation patterns consistent with international data. However, notable discrepancies exist, such as a high KRAS mutation rate (29.3%), predominantly in stage III tumors, suggesting a role in tumor aggression and progression. We identified frequent TP53 and BRAF mutations, with BRAF V600E being the most common, and observed a higher prevalence of BRAF mutations in females. TP53 mutations are prevalent (59.3%) and vary with age and sex, though their prognostic significance requires further validation. A second key novel finding was the detection of FLT3 mutations in 22.2% of samples, with a statistically significantly higher prevalence in Stage IV disease, suggesting a potential role for FLT3 in melanoma progression and warranting further investigation as a prognostic biomarker and a potential target for existing FLT3 inhibitors. Ultimately, our pilot analysis of pharmacogenomic markers underscores their potential clinical utility in informing personalized treatment decisions. For instance, the identification of a patient with the rs35599367 (G/A) risk allele for adverse drug reactions underscores the value of using pharmacogenetic data to inform the selection between approved therapies. Conclusions. This study reveals unique mutational patterns in the Ukrainian patient cohort, emphasizing the importance of population-specific research to uncover new therapeutic targets and refine personalized treatment strategies. The data suggest that there may be potential for implementing a method of determining both tumor-associated mutations and pharmacogenetic markers of the patient, to facilitate more effective patient treatment. Further validation on a larger number of samples, as well as more exhaustive analysis employing alternative methods, is necessary to substantiate these findings. |
| first_indexed | 2026-03-12T15:49:06Z |
| format | Article |
| id | oai:ojs2.ex.aqua-time.com.ua:article-488 |
| institution | Experimental Oncology |
| keywords_txt_mv | keywords |
| last_indexed | 2026-03-12T15:49:06Z |
| publishDate | 2026 |
| publisher | PH Akademperiodyka |
| record_format | ojs |
| spelling | oai:ojs2.ex.aqua-time.com.ua:article-4882026-03-04T13:04:43Z SOMATIC GENE VARIANTS IN NONRESECTABLE CUTANEOUS MELANOMA CELLS AND PHARMACOGENOMIC MARKERS DETECTION: INFLUENCE ON STRATEGY OF EFFECTIVE CANCER TREATMENT Gulkovskyi, Roman Kashuba, Vladimir NGS клінічна значущість варіанти генів меланома фармакогенетичні маркери ефективне лікування раку таргетна терапія персоналізована медицина NGS clinical relevance gene variants melanoma pharmacogenomic markers effective cancer treatment targeted therapy personalized medicine The study aimed to identify clinically relevant gene variants in non-resectable cutaneous melanoma samples from Ukrainian patients and to investigate some pharmacogenomic markers using NGS technology to inform cancer treatment strategies. Methods. The study used 30 samples of Ukrainian patients aged 28-76 years, who had nonresectable cutaneous melanomas of various localizations and degrees of differentiation. Ion Torrent NGS technology of targeted gene sequencing (Custom AmpliSeq™ Cancer Hotspot and Pharmacogenomic panels) was used to identify genetic alterations, which were classified by the Franklin by Gennox database and custom pharmacogenomic Ion Reporter Software pipeline. Results. A total of 148 different gene alterations were identified in 40 genes (SNVs, MNVs, INDELs) by the Cancer Hotspot Panel, revealing mutation patterns consistent with international data. However, notable discrepancies exist, such as a high KRAS mutation rate (29.3%), predominantly in stage III tumors, suggesting a role in tumor aggression and progression. We identified frequent TP53 and BRAF mutations, with BRAF V600E being the most common, and observed a higher prevalence of BRAF mutations in females. TP53 mutations are prevalent (59.3%) and vary with age and sex, though their prognostic significance requires further validation. A second key novel finding was the detection of FLT3 mutations in 22.2% of samples, with a statistically significantly higher prevalence in Stage IV disease, suggesting a potential role for FLT3 in melanoma progression and warranting further investigation as a prognostic biomarker and a potential target for existing FLT3 inhibitors. Ultimately, our pilot analysis of pharmacogenomic markers underscores their potential clinical utility in informing personalized treatment decisions. For instance, the identification of a patient with the rs35599367 (G/A) risk allele for adverse drug reactions underscores the value of using pharmacogenetic data to inform the selection between approved therapies. Conclusions. This study reveals unique mutational patterns in the Ukrainian patient cohort, emphasizing the importance of population-specific research to uncover new therapeutic targets and refine personalized treatment strategies. The data suggest that there may be potential for implementing a method of determining both tumor-associated mutations and pharmacogenetic markers of the patient, to facilitate more effective patient treatment. Further validation on a larger number of samples, as well as more exhaustive analysis employing alternative methods, is necessary to substantiate these findings. Метою дослідження було виявлення клінічно значущих генних варіантів у зразках нерезектабельної шкірної меланоми українських пацієнтів та дослідження низки фармакогеномних маркерів за допомогою технології NGS для розробки стратегій лікування раку. Методи. У дослідженні було використано 30 зразків українських пацієнтів віком 28–76 років, які мали нерезектабельну меланому шкіри різної локалізації та ступеня диференціації. Для виявлення генетичних змін використовувалася технологія Ion Torrent NGS таргетного секвенування генів (панелі Custom AmpliSeq™ Cancer Hotspot і Pharmacogenomic), які класифікувалися за базою даних Franklin by Gennox і власним фармакогеномним пайплайном у Ion Reporter Software. Результати. За допомогою панелі Cancer Hotspot було виявлено 148 різних генетичних змін у 40 генах (SNV, MNV, INDEL), причому виявлені мутаційні патерни відповідали міжнародним даним. Однак існують помітні розбіжності, такі як високий рівень мутацій KRAS (29,3%), які переважно зустрічалися в пухлинах III стадії, що вказує на їхню роль в агресивності та прогресуванні пухлин. Ми виявили часті мутації TP53 та BRAF, серед яких найпоширенішою є BRAF V600E, та спостерігали вищу поширеність мутацій BRAF у жінок. Мутації TP53 є поширеними (59,3%) і варіюються залежно від віку та статі, хоча їх прогностичне значення потребує подальшої перевірки. Другим важливим новим відкриттям стало виявлення мутацій FLT3 у 22,2% зразків, із статистично достовірно вищою поширеністю на IV стадії захворювання, що вказує на потенційну роль FLT3 у прогресуванні меланоми та вимагає подальшого дослідження як прогностичного біомаркера та потенційної мішені для існуючих інгібіторів FLT3. Зрештою, наш пілотний аналіз фармакогеномних маркерів підкреслює їх потенційну клінічну корисність для прийняття рішень щодо персоналізованого лікування. Наприклад, виявлення пацієнта з алелем ризику rs35599367 (G/A) ризику побічної реакції на ліки підкреслює цінність використання фармакогенетичних даних для вибору між затвердженими методами лікування. Висновки. Це дослідження виявляє унікальні мутаційні патерни в когорті українських пацієнтів, підкреслюючи важливість популяцє-специфічних досліджень, для виявлення нових терапевтичних мішеней та вдосконалення персоналізованих стратегій лікування. Дані свідчать про потенційну можливість впровадження методу визначення як мутацій, пов'язаних з пухлиною, так і фармакогенетичних маркерів пацієнта для сприяння більш ефективному лікуванню пацієнтів. Для підтвердження цих висновків необхідна подальша валідація на більшій кількості зразків, а також більш вичерпний аналіз з використанням альтернативних методів. PH Akademperiodyka 2026-03-04 Article Article https://exp-oncology.com.ua/index.php/Exp/article/view/488 Experimental Oncology; Vol. 47 No. 3 (2025): Experimental Oncology Експериментальна онкологія; Том 47 № 3 (2025): Експериментальна онкологія 2312-8852 1812-9269 10.15407/exp-oncology.2025.03 Copyright (c) 2026 Experimental Oncology https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ |
| spellingShingle | NGS клінічна значущість варіанти генів меланома фармакогенетичні маркери ефективне лікування раку таргетна терапія персоналізована медицина Gulkovskyi, Roman Kashuba, Vladimir SOMATIC GENE VARIANTS IN NONRESECTABLE CUTANEOUS MELANOMA CELLS AND PHARMACOGENOMIC MARKERS DETECTION: INFLUENCE ON STRATEGY OF EFFECTIVE CANCER TREATMENT |
| title | SOMATIC GENE VARIANTS IN NONRESECTABLE CUTANEOUS MELANOMA CELLS AND PHARMACOGENOMIC MARKERS DETECTION: INFLUENCE ON STRATEGY OF EFFECTIVE CANCER TREATMENT |
| title_full | SOMATIC GENE VARIANTS IN NONRESECTABLE CUTANEOUS MELANOMA CELLS AND PHARMACOGENOMIC MARKERS DETECTION: INFLUENCE ON STRATEGY OF EFFECTIVE CANCER TREATMENT |
| title_fullStr | SOMATIC GENE VARIANTS IN NONRESECTABLE CUTANEOUS MELANOMA CELLS AND PHARMACOGENOMIC MARKERS DETECTION: INFLUENCE ON STRATEGY OF EFFECTIVE CANCER TREATMENT |
| title_full_unstemmed | SOMATIC GENE VARIANTS IN NONRESECTABLE CUTANEOUS MELANOMA CELLS AND PHARMACOGENOMIC MARKERS DETECTION: INFLUENCE ON STRATEGY OF EFFECTIVE CANCER TREATMENT |
| title_short | SOMATIC GENE VARIANTS IN NONRESECTABLE CUTANEOUS MELANOMA CELLS AND PHARMACOGENOMIC MARKERS DETECTION: INFLUENCE ON STRATEGY OF EFFECTIVE CANCER TREATMENT |
| title_sort | somatic gene variants in nonresectable cutaneous melanoma cells and pharmacogenomic markers detection: influence on strategy of effective cancer treatment |
| topic | NGS клінічна значущість варіанти генів меланома фармакогенетичні маркери ефективне лікування раку таргетна терапія персоналізована медицина |
| topic_facet | NGS клінічна значущість варіанти генів меланома фармакогенетичні маркери ефективне лікування раку таргетна терапія персоналізована медицина NGS clinical relevance gene variants melanoma pharmacogenomic markers effective cancer treatment targeted therapy personalized medicine |
| url | https://exp-oncology.com.ua/index.php/Exp/article/view/488 |
| work_keys_str_mv | AT gulkovskyiroman somaticgenevariantsinnonresectablecutaneousmelanomacellsandpharmacogenomicmarkersdetectioninfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT kashubavladimir somaticgenevariantsinnonresectablecutaneousmelanomacellsandpharmacogenomicmarkersdetectioninfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment |