МУТАЦІЇ В НЕКОДУЮЧИХ ДІЛЯНКАХ ГЕНОМУ КЛІТИН, ЩО ПОРУШУЮТЬ ЗВ’ЯЗУВАННЯ З ТРАНСКРИПЦІЙНИМ ФАКТОРОМ HNF4Α, ВПЛИВАЮТЬ НА АКТИВНІСТЬ ЕНХАНСЕРІВ ГЕНІВ, ЯКІ АСОЦІЙОВАНІ З ПРОГРЕСУВАННЯМ РАКУ ПЕЧІНКИ

МУТАЦІЇ В НЕКОДУЮЧИХ ДІЛЯНКАХ ГЕНОМУ КЛІТИН, ЩО ПОРУШУЮТЬ ЗВ’ЯЗУВАННЯ З ТРАНСКРИПЦІЙНИМ ФАКТОРОМ HNF4Α, ВПЛИВАЮТЬ НА АКТИВНІСТЬ ЕНХАНСЕРІВ ГЕНІВ, ЯКІ АСОЦІЙОВАНІ З ПРОГРЕСУВАННЯМ РАКУ ПЕЧІНКИ

Background: Somatic mutations in coding regions of the genome may result in non-functional proteins that can lead to cancer or other diseases, however cancer mutations in the non-coding regions have rarely been studied and the interpretation of their effects is difficult. Non-coding mutations might...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2023
Автори: Cavalli, M., Diamanti, K., Pan, G., Dabrowski, M.J., Komorowski, J., Wadelius, C.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: PH Akademperiodyka 2023
Теми:
мутації
що порушують зв’язування з транскрипційними факторами
регуляції активності генів
рак печінки.
Онлайн доступ:https://exp-oncology.com.ua/index.php/Exp/article/view/2021-1-9
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Experimental Oncology

Репозитарії

Experimental Oncology
id oai:ojs2.ex.aqua-time.com.ua:article-77
record_format ojs
institution Experimental Oncology
baseUrl_str
datestamp_date 2023-05-26T17:16:59Z
collection OJS
language English
topic мутації
що порушують зв’язування з транскрипційними факторами
регуляції активності генів
рак печінки.
spellingShingle мутації
що порушують зв’язування з транскрипційними факторами
регуляції активності генів
рак печінки.
Cavalli, M.
Diamanti, K.
Pan, G.
Dabrowski, M.J.
Komorowski, J.
Wadelius, C.
МУТАЦІЇ В НЕКОДУЮЧИХ ДІЛЯНКАХ ГЕНОМУ КЛІТИН, ЩО ПОРУШУЮТЬ ЗВ’ЯЗУВАННЯ З ТРАНСКРИПЦІЙНИМ ФАКТОРОМ HNF4Α, ВПЛИВАЮТЬ НА АКТИВНІСТЬ ЕНХАНСЕРІВ ГЕНІВ, ЯКІ АСОЦІЙОВАНІ З ПРОГРЕСУВАННЯМ РАКУ ПЕЧІНКИ
topic_facet мутації
що порушують зв’язування з транскрипційними факторами
регуляції активності генів
рак печінки.
gene regulation
liver cancer
motif-breaking mutations
format Article
author Cavalli, M.
Diamanti, K.
Pan, G.
Dabrowski, M.J.
Komorowski, J.
Wadelius, C.
author_facet Cavalli, M.
Diamanti, K.
Pan, G.
Dabrowski, M.J.
Komorowski, J.
Wadelius, C.
author_sort Cavalli, M.
title МУТАЦІЇ В НЕКОДУЮЧИХ ДІЛЯНКАХ ГЕНОМУ КЛІТИН, ЩО ПОРУШУЮТЬ ЗВ’ЯЗУВАННЯ З ТРАНСКРИПЦІЙНИМ ФАКТОРОМ HNF4Α, ВПЛИВАЮТЬ НА АКТИВНІСТЬ ЕНХАНСЕРІВ ГЕНІВ, ЯКІ АСОЦІЙОВАНІ З ПРОГРЕСУВАННЯМ РАКУ ПЕЧІНКИ
title_short МУТАЦІЇ В НЕКОДУЮЧИХ ДІЛЯНКАХ ГЕНОМУ КЛІТИН, ЩО ПОРУШУЮТЬ ЗВ’ЯЗУВАННЯ З ТРАНСКРИПЦІЙНИМ ФАКТОРОМ HNF4Α, ВПЛИВАЮТЬ НА АКТИВНІСТЬ ЕНХАНСЕРІВ ГЕНІВ, ЯКІ АСОЦІЙОВАНІ З ПРОГРЕСУВАННЯМ РАКУ ПЕЧІНКИ
title_full МУТАЦІЇ В НЕКОДУЮЧИХ ДІЛЯНКАХ ГЕНОМУ КЛІТИН, ЩО ПОРУШУЮТЬ ЗВ’ЯЗУВАННЯ З ТРАНСКРИПЦІЙНИМ ФАКТОРОМ HNF4Α, ВПЛИВАЮТЬ НА АКТИВНІСТЬ ЕНХАНСЕРІВ ГЕНІВ, ЯКІ АСОЦІЙОВАНІ З ПРОГРЕСУВАННЯМ РАКУ ПЕЧІНКИ
title_fullStr МУТАЦІЇ В НЕКОДУЮЧИХ ДІЛЯНКАХ ГЕНОМУ КЛІТИН, ЩО ПОРУШУЮТЬ ЗВ’ЯЗУВАННЯ З ТРАНСКРИПЦІЙНИМ ФАКТОРОМ HNF4Α, ВПЛИВАЮТЬ НА АКТИВНІСТЬ ЕНХАНСЕРІВ ГЕНІВ, ЯКІ АСОЦІЙОВАНІ З ПРОГРЕСУВАННЯМ РАКУ ПЕЧІНКИ
title_full_unstemmed МУТАЦІЇ В НЕКОДУЮЧИХ ДІЛЯНКАХ ГЕНОМУ КЛІТИН, ЩО ПОРУШУЮТЬ ЗВ’ЯЗУВАННЯ З ТРАНСКРИПЦІЙНИМ ФАКТОРОМ HNF4Α, ВПЛИВАЮТЬ НА АКТИВНІСТЬ ЕНХАНСЕРІВ ГЕНІВ, ЯКІ АСОЦІЙОВАНІ З ПРОГРЕСУВАННЯМ РАКУ ПЕЧІНКИ
title_sort мутації в некодуючих ділянках геному клітин, що порушують зв’язування з транскрипційним фактором hnf4α, впливають на активність енхансерів генів, які асоційовані з прогресуванням раку печінки
title_alt A non-coding cancer mutation disrupting an HNF4α binding motif affects an enhancer regulating genes associated to the progression of liver cancer
description Background: Somatic mutations in coding regions of the genome may result in non-functional proteins that can lead to cancer or other diseases, however cancer mutations in the non-coding regions have rarely been studied and the interpretation of their effects is difficult. Non-coding mutations might act by breaking or creating transcription factor binding motifs in promoters, enhancers or silencers resulting in altered expression of target gene(s). A high number of mutations have been reported in coding and non-coding regions in cells of liver cancer. Hepatocyte nuclear factor 4α is a transcription factor that regulates the expression of several genes in liver cells, while the motifs it binds are frequently mutated in promoters and enhancers in liver cancer. Aim: The aim of the study is to evaluate the genetic effects of a non-coding somatic mutation frequently observed in liver cancer. Materials and Methods: We evaluated experimentally the effects of a somatic mutation frequently reported in liver cancer as a motif-breaker for the binding of hepatocyte nuclear factor 4α. The effects of the mutation on protein binding and enhancer activity were studied in HepG2 cells via electrophoresis mobility shift assay and dual luciferase reporter assays. We also studied genome-wide promoter-enhancer interactions performing targeted chromosome conformation capture in liver tissue to identify putative target genes whose expression could be altered by the mutation. Results: We found that the mutation leads to reduced protein binding and a decrease in enhancer activity. The enhancer harboring the mutation interacts with the promoters of ANAPC13, MAP6D1 and MUC13, which have been implicated in liver cancer. Conclusions: The study highlights the importance of non-coding somatic mutations, vastly understudied, but likely to contribute to cancer development and progression.
publisher PH Akademperiodyka
publishDate 2023
url https://exp-oncology.com.ua/index.php/Exp/article/view/2021-1-9
work_keys_str_mv AT cavallim anoncodingcancermutationdisruptinganhnf4abindingmotifaffectsanenhancerregulatinggenesassociatedtotheprogressionoflivercancer
AT diamantik anoncodingcancermutationdisruptinganhnf4abindingmotifaffectsanenhancerregulatinggenesassociatedtotheprogressionoflivercancer
AT pang anoncodingcancermutationdisruptinganhnf4abindingmotifaffectsanenhancerregulatinggenesassociatedtotheprogressionoflivercancer
AT dabrowskimj anoncodingcancermutationdisruptinganhnf4abindingmotifaffectsanenhancerregulatinggenesassociatedtotheprogressionoflivercancer
AT komorowskij anoncodingcancermutationdisruptinganhnf4abindingmotifaffectsanenhancerregulatinggenesassociatedtotheprogressionoflivercancer
AT wadeliusc anoncodingcancermutationdisruptinganhnf4abindingmotifaffectsanenhancerregulatinggenesassociatedtotheprogressionoflivercancer
AT cavallim mutacíívnekoduûčihdílânkahgenomuklítinŝoporušuûtʹzvâzuvannâztranskripcíjnimfaktoromhnf4avplivaûtʹnaaktivnístʹenhanserívgenívâkíasocíjovanízprogresuvannâmrakupečínki
AT diamantik mutacíívnekoduûčihdílânkahgenomuklítinŝoporušuûtʹzvâzuvannâztranskripcíjnimfaktoromhnf4avplivaûtʹnaaktivnístʹenhanserívgenívâkíasocíjovanízprogresuvannâmrakupečínki
AT pang mutacíívnekoduûčihdílânkahgenomuklítinŝoporušuûtʹzvâzuvannâztranskripcíjnimfaktoromhnf4avplivaûtʹnaaktivnístʹenhanserívgenívâkíasocíjovanízprogresuvannâmrakupečínki
AT dabrowskimj mutacíívnekoduûčihdílânkahgenomuklítinŝoporušuûtʹzvâzuvannâztranskripcíjnimfaktoromhnf4avplivaûtʹnaaktivnístʹenhanserívgenívâkíasocíjovanízprogresuvannâmrakupečínki
AT komorowskij mutacíívnekoduûčihdílânkahgenomuklítinŝoporušuûtʹzvâzuvannâztranskripcíjnimfaktoromhnf4avplivaûtʹnaaktivnístʹenhanserívgenívâkíasocíjovanízprogresuvannâmrakupečínki
AT wadeliusc mutacíívnekoduûčihdílânkahgenomuklítinŝoporušuûtʹzvâzuvannâztranskripcíjnimfaktoromhnf4avplivaûtʹnaaktivnístʹenhanserívgenívâkíasocíjovanízprogresuvannâmrakupečínki
AT cavallim noncodingcancermutationdisruptinganhnf4abindingmotifaffectsanenhancerregulatinggenesassociatedtotheprogressionoflivercancer
AT diamantik noncodingcancermutationdisruptinganhnf4abindingmotifaffectsanenhancerregulatinggenesassociatedtotheprogressionoflivercancer
AT pang noncodingcancermutationdisruptinganhnf4abindingmotifaffectsanenhancerregulatinggenesassociatedtotheprogressionoflivercancer
AT dabrowskimj noncodingcancermutationdisruptinganhnf4abindingmotifaffectsanenhancerregulatinggenesassociatedtotheprogressionoflivercancer
AT komorowskij noncodingcancermutationdisruptinganhnf4abindingmotifaffectsanenhancerregulatinggenesassociatedtotheprogressionoflivercancer
AT wadeliusc noncodingcancermutationdisruptinganhnf4abindingmotifaffectsanenhancerregulatinggenesassociatedtotheprogressionoflivercancer
first_indexed 2025-07-17T12:15:05Z
last_indexed 2025-07-17T12:15:05Z
_version_ 1850410839502225408
spelling oai:ojs2.ex.aqua-time.com.ua:article-772023-05-26T17:16:59Z A non-coding cancer mutation disrupting an HNF4α binding motif affects an enhancer regulating genes associated to the progression of liver cancer МУТАЦІЇ В НЕКОДУЮЧИХ ДІЛЯНКАХ ГЕНОМУ КЛІТИН, ЩО ПОРУШУЮТЬ ЗВ’ЯЗУВАННЯ З ТРАНСКРИПЦІЙНИМ ФАКТОРОМ HNF4Α, ВПЛИВАЮТЬ НА АКТИВНІСТЬ ЕНХАНСЕРІВ ГЕНІВ, ЯКІ АСОЦІЙОВАНІ З ПРОГРЕСУВАННЯМ РАКУ ПЕЧІНКИ Cavalli, M. Diamanti, K. Pan, G. Dabrowski, M.J. Komorowski, J. Wadelius, C. мутації, що порушують зв’язування з транскрипційними факторами, регуляції активності генів, рак печінки. gene regulation, liver cancer, motif-breaking mutations Background: Somatic mutations in coding regions of the genome may result in non-functional proteins that can lead to cancer or other diseases, however cancer mutations in the non-coding regions have rarely been studied and the interpretation of their effects is difficult. Non-coding mutations might act by breaking or creating transcription factor binding motifs in promoters, enhancers or silencers resulting in altered expression of target gene(s). A high number of mutations have been reported in coding and non-coding regions in cells of liver cancer. Hepatocyte nuclear factor 4α is a transcription factor that regulates the expression of several genes in liver cells, while the motifs it binds are frequently mutated in promoters and enhancers in liver cancer. Aim: The aim of the study is to evaluate the genetic effects of a non-coding somatic mutation frequently observed in liver cancer. Materials and Methods: We evaluated experimentally the effects of a somatic mutation frequently reported in liver cancer as a motif-breaker for the binding of hepatocyte nuclear factor 4α. The effects of the mutation on protein binding and enhancer activity were studied in HepG2 cells via electrophoresis mobility shift assay and dual luciferase reporter assays. We also studied genome-wide promoter-enhancer interactions performing targeted chromosome conformation capture in liver tissue to identify putative target genes whose expression could be altered by the mutation. Results: We found that the mutation leads to reduced protein binding and a decrease in enhancer activity. The enhancer harboring the mutation interacts with the promoters of ANAPC13, MAP6D1 and MUC13, which have been implicated in liver cancer. Conclusions: The study highlights the importance of non-coding somatic mutations, vastly understudied, but likely to contribute to cancer development and progression. Стан питання: Соматичні мутації в кодуючих ділянках геному можуть призводити до появи нефункціональ­них білків, що може спричиняти онкологічні та інші захворювання. Стосовно мутацій у некодуючих ділянках, то їх досліджують значно рідше, а інтерпретація ефектів, які вони спричиняють, є досить складною. Мутації в некодуючих ділянках можуть порушувати зв’язування транскрипційних факторів з відповідними промоторами, енхансерами або сайленсерами, що може призводити до зміни експресії генів, які знаходяться під контролем цих регулюючих елементів. У клітинах раку печінки виявляють велику кількість мутацій як в кодуючих, так і в некодуючих ділянках геному. Ядерний фактор гепатоцитів 4α є фактором транскрипції, що регулює експресію низки генів в гепатоцитах, причому мотиви в промоторах та енхансерах, з якими цей фактор зв’язується, досить часто містять мутації. Мета: Оцінити генетичні ефекти соматичних мутацій у некодуючих ділянках геному, які часто виявляють у клітинах раку печінки. Матеріали і методи: В експерименті досліджували ефекти соматичних мутацій в некодуючих ділянках геному клітин раку печінки на зв’язування відповідних мотивів з ядерним фактором гепатоцитів 4α. Дослідження проводили на моделі клітин HepG2 за допомогою методів зсуву електрофоретичної рухливості та подвійної люциферазної детекції. Повногеномні промоторно-енхансерні взаємодії в клітинах печінки вивчали методом фіксації конформації хромосом для виявлення можливих генів, експресія яких може змінюватися внаслідок мутацій. Результати: Показано, що досліджувані мутації призводять до послаблення зв’язування з білком та зниження активності енхансера. Так, мутований енхансер взаємодіє з промоторами генів ANAPC13, MAP6D1 і MUC13, які задіяні в розвитку раку печінки. Висновки: Показана важливість соматичних мутацій у некодуючих ділянках геному, вивченню яких дотепер не приділяли достатньої уваги, та які, разом з тим, задіяні в розвитку та прогресуванні процесів злоякісного росту. PH Akademperiodyka 2023-05-26 Article Article application/pdf https://exp-oncology.com.ua/index.php/Exp/article/view/2021-1-9 10.32471/exp-oncology.2312-8852.vol-43-no-1.15925 Experimental Oncology; Vol. 43 No. 1 (2021): Experimental Oncology; 2-6 Експериментальна онкологія; Том 43 № 1 (2021): Експериментальна онкологія; 2-6 2312-8852 1812-9269 10.32471/exp-oncology.2312-8852.vol-43-no-1 en https://exp-oncology.com.ua/index.php/Exp/article/view/2021-1-9/2021-1-9 Copyright (c) 2023 Experimental Oncology https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Схожі ресурси