Sequences Similar to the lan-Cluster (Streptomyces cyanogenus S136) Were Found in the Genomes of Other Streptomycetes
The aim of the work is to identify strains of streptomycetes in the genomes of which there are nucleotide sequences similar to the gene cluster determining the synthesis of landomycin A (lan-cluster) and establish the level of similarity of their primary structures and organizations. Methods. Inform...
Збережено в:
| Дата: | 2023 |
|---|---|
| Автори: | , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
PH "Akademperiodyka" of the NAS of Ukraine
2023
|
| Онлайн доступ: | https://ojs.microbiolj.org.ua/index.php/mj/article/view/36 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Microbiological Journal |
Репозитарії
Microbiological Journal| id |
oai:ojs2.ojs.microbiolj.org.ua:article-36 |
|---|---|
| record_format |
ojs |
| spelling |
oai:ojs2.ojs.microbiolj.org.ua:article-362023-07-14T10:49:02Z Sequences Similar to the lan-Cluster (Streptomyces cyanogenus S136) Were Found in the Genomes of Other Streptomycetes Послідовності, подібні до lan-кластера (Streptomyces cyanogenus S136), виявлені в геномах інших стрептоміцетів Polishchuk, L.V. Lukyanchuk, V.V. Поліщук, Л.В. Лук’янчук, В.В. streptomycetes landomycin cluster nucleotide sequence BLASTN analysis стрептоміцети кластер генів біосинтезу ландоміцину нуклеотидна послідовність BLASTN аналіз The aim of the work is to identify strains of streptomycetes in the genomes of which there are nucleotide sequences similar to the gene cluster determining the synthesis of landomycin A (lan-cluster) and establish the level of similarity of their primary structures and organizations. Methods. Information on the sequences of the lan-cluster of Streptomyces cyanogenus S136 and chromosomal DNAs of S. cyanogenus S136, Streptomyces laculatispora NRRL B-24909, and Streptomyces griseoluteus JCM 4765 and their annotations are presented in the GenBank database on the NSBI server. A computerized analysis of the nucleotide sequences of streptomycetes was done using the program BLASTN from the server NSBI. Results. The localization of the lan-cluster in the terminal region of the S. cyanogenus S136 genome has been shown. The nucleotide sequences similar to the lan-cluster sequence of S. cyanogenus S136 were found in the genomes of two strains (S. laculatispora NRRL B-24909 and S. griseoluteus JCM 4765). Streptomycetes (S. cyanogenus S136, S. laculatispora NRRL B-24909, and S. griseoluteus JCM 4765) are not genetically related strains. Conclusions. There are newly found probable lan-clusters in the genomes of two streptomycetes strains (S. laculatispora NRRL B-24909 and S. griseoluteus JCM 4765). Landomycin clusters of three strains are organized according to the same scheme. The clusters of lan-genes are present in the genomes of genetically unrelated streptomycetes. Метою роботи є виявити штами стрептоміцетів, у геномах яких є нуклеотидні послідовності, подібні до кластера генів, що визначають синтез ландоміцину А (lan-кластер), та встановити рівень подібності їхніх первинних структур і організацій. Методи. Інформація про послідовності lan-кластера і хромосом штамів ДНК Streptomyces cyanogenus S136, S. laculatispora NRRLB-24909 та S. griseoluteus JCM 4765 та їх анотації представлено в базі даних GenBank на сервері NSBI. Комп’ютеризований аналіз нуклеотидних послідовностей стрептоміцетів проводили за допомогою програми BLASTN із сервера NSBI. Результати. Показано локалізацію lan-кластера в термінальній області генома S. cyanogenus S136. Нуклеотидні послідовності, подібні до послідовності lan-кластера S. cyanogenus S136 виявлено в геномах двох штамів (S. laculatispora NRRLB-24909 і S. griseoluteus JCM 4765). Стрептоміцети S. cyanogenus S136, S. laculatispora NRRLB-24909 і S. griseoluteus JCM 4765 не є генетично спорідненими штамами. Висновки. В геномах штамів стрептоміцетів S. laculatispora NRRLB-24909 та S. griseoluteus JCM 4765 виявлено вірогідні кластери генів, що детермінують синтез антибіотика ландоміцину А. Ландоміцинові кластери трьох штамів організовано за однаковою схемою. Показано існування lan-кластерів в геномах генетично неспоріднених штамів стрептоміцетів. PH "Akademperiodyka" of the NAS of Ukraine 2023-06-21 Article Article application/pdf https://ojs.microbiolj.org.ua/index.php/mj/article/view/36 10.15407/microbiolj85.03.012 Mikrobiolohichnyi Zhurnal; Vol. 85 No. 3 (2023): Mikrobiolohichnyi Zhurnal; 12-21 Мікробіологічний журнал; Том 85 № 3 (2023): Мікробіологічний журнал; 12-21 2616-9258 1028-0987 10.15407/microbiolj85.03 en https://ojs.microbiolj.org.ua/index.php/mj/article/view/36/15 Copyright (c) 2023 Mikrobiolohichnyi Zhurnal https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0 |
| institution |
Microbiological Journal |
| baseUrl_str |
|
| datestamp_date |
2023-07-14T10:49:02Z |
| collection |
OJS |
| language |
English |
| topic_facet |
streptomycetes landomycin cluster nucleotide sequence BLASTN analysis стрептоміцети кластер генів біосинтезу ландоміцину нуклеотидна послідовність BLASTN аналіз |
| format |
Article |
| author |
Polishchuk, L.V. Lukyanchuk, V.V. Поліщук, Л.В. Лук’янчук, В.В. |
| spellingShingle |
Polishchuk, L.V. Lukyanchuk, V.V. Поліщук, Л.В. Лук’янчук, В.В. Sequences Similar to the lan-Cluster (Streptomyces cyanogenus S136) Were Found in the Genomes of Other Streptomycetes |
| author_facet |
Polishchuk, L.V. Lukyanchuk, V.V. Поліщук, Л.В. Лук’янчук, В.В. |
| author_sort |
Polishchuk, L.V. |
| title |
Sequences Similar to the lan-Cluster (Streptomyces cyanogenus S136) Were Found in the Genomes of Other Streptomycetes |
| title_short |
Sequences Similar to the lan-Cluster (Streptomyces cyanogenus S136) Were Found in the Genomes of Other Streptomycetes |
| title_full |
Sequences Similar to the lan-Cluster (Streptomyces cyanogenus S136) Were Found in the Genomes of Other Streptomycetes |
| title_fullStr |
Sequences Similar to the lan-Cluster (Streptomyces cyanogenus S136) Were Found in the Genomes of Other Streptomycetes |
| title_full_unstemmed |
Sequences Similar to the lan-Cluster (Streptomyces cyanogenus S136) Were Found in the Genomes of Other Streptomycetes |
| title_sort |
sequences similar to the lan-cluster (streptomyces cyanogenus s136) were found in the genomes of other streptomycetes |
| title_alt |
Послідовності, подібні до lan-кластера (Streptomyces cyanogenus S136), виявлені в геномах інших стрептоміцетів |
| description |
The aim of the work is to identify strains of streptomycetes in the genomes of which there are nucleotide sequences similar to the gene cluster determining the synthesis of landomycin A (lan-cluster) and establish the level of similarity of their primary structures and organizations. Methods. Information on the sequences of the lan-cluster of Streptomyces cyanogenus S136 and chromosomal DNAs of S. cyanogenus S136, Streptomyces laculatispora NRRL B-24909, and Streptomyces griseoluteus JCM 4765 and their annotations are presented in the GenBank database on the NSBI server. A computerized analysis of the nucleotide sequences of streptomycetes was done using the program BLASTN from the server NSBI. Results. The localization of the lan-cluster in the terminal region of the S. cyanogenus S136 genome has been shown. The nucleotide sequences similar to the lan-cluster sequence of S. cyanogenus S136 were found in the genomes of two strains (S. laculatispora NRRL B-24909 and S. griseoluteus JCM 4765). Streptomycetes (S. cyanogenus S136, S. laculatispora NRRL B-24909, and S. griseoluteus JCM 4765) are not genetically related strains. Conclusions. There are newly found probable lan-clusters in the genomes of two streptomycetes strains (S. laculatispora NRRL B-24909 and S. griseoluteus JCM 4765). Landomycin clusters of three strains are organized according to the same scheme. The clusters of lan-genes are present in the genomes of genetically unrelated streptomycetes. |
| publisher |
PH "Akademperiodyka" of the NAS of Ukraine |
| publishDate |
2023 |
| url |
https://ojs.microbiolj.org.ua/index.php/mj/article/view/36 |
| work_keys_str_mv |
AT polishchuklv sequencessimilartothelanclusterstreptomycescyanogenuss136werefoundinthegenomesofotherstreptomycetes AT lukyanchukvv sequencessimilartothelanclusterstreptomycescyanogenuss136werefoundinthegenomesofotherstreptomycetes AT políŝuklv sequencessimilartothelanclusterstreptomycescyanogenuss136werefoundinthegenomesofotherstreptomycetes AT lukânčukvv sequencessimilartothelanclusterstreptomycescyanogenuss136werefoundinthegenomesofotherstreptomycetes AT polishchuklv poslídovnostípodíbnídolanklasterastreptomycescyanogenuss136viâvlenívgenomahínšihstreptomícetív AT lukyanchukvv poslídovnostípodíbnídolanklasterastreptomycescyanogenuss136viâvlenívgenomahínšihstreptomícetív AT políŝuklv poslídovnostípodíbnídolanklasterastreptomycescyanogenuss136viâvlenívgenomahínšihstreptomícetív AT lukânčukvv poslídovnostípodíbnídolanklasterastreptomycescyanogenuss136viâvlenívgenomahínšihstreptomícetív |
| first_indexed |
2025-07-17T12:21:39Z |
| last_indexed |
2025-07-17T12:21:39Z |
| _version_ |
1850410773509046272 |