Phylogenetic Analysis of Phytopathogenic Bacteria Affecting Walnuts (Juglans sp.) in Ukraine
Walnuts (Juglans sp.) are affected by a wide range of bacterial pathogens belonging to different taxa, and their accurate identification is necessary for understanding both the etiology of diseases and the development of effective control measures. Phylogenetic analysis based on the analysis of the...
Збережено в:
| Дата: | 2026 |
|---|---|
| Автори: | , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Англійська |
| Опубліковано: |
PH "Akademperiodyka" of the NAS of Ukraine
2026
|
| Онлайн доступ: | https://ojs.microbiolj.org.ua/index.php/mj/article/view/427 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Microbiological Journal |
Репозитарії
Microbiological Journal| _version_ | 1866573081958416384 |
|---|---|
| author | Dankevych, L.A. Zarudnyak, M.I. Данкевич, Л.А. Зарудняк, М.І. |
| author_facet | Dankevych, L.A. Zarudnyak, M.I. Данкевич, Л.А. Зарудняк, М.І. |
| author_sort | Dankevych, L.A. |
| baseUrl_str | https://ojs.microbiolj.org.ua/index.php/mj/oai |
| collection | OJS |
| datestamp_date | 2026-05-29T14:57:46Z |
| description | Walnuts (Juglans sp.) are affected by a wide range of bacterial pathogens belonging to different taxa, and their accurate identification is necessary for understanding both the etiology of diseases and the development of effective control measures. Phylogenetic analysis based on the analysis of the 16S rRNA gene is widely used in bacterial taxonomy. However, taxonomic studies of pathogens of bacterial diseases of walnuts in Ukraine are poorly known. The aim of this study was to determine the taxonomic position of phytopathogenic bacteria isolated from walnuts (Juglans sp.) in Ukraine using comparative analysis of nucleotide sequences of the 16S rRNA gene. Methods. The 16S rRNA gene was amplified by universal primers pA and pH. Sequence assembly, editing, and alignment were performed using Multalin and Sequence Manipulation Suite software. The rate of the 16S rRNA gene nucleotide sequences similarity of isolated strains with homology nucleotide sequences of typical strains located in GenBank was established using the BLASTN program. Phylogenetic relatedness was established and graphically displayed using the MEGA program. Results. Phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences showed that isolated Agrobacterium spp. strains have the highest percentage of nucleotide sequence similarity (99.4–99.9%) with Agrobacterium tumefaciens LGM 196. Nucleotide sequences of the 16S rRNA gene of isolated Xanthomonas spp. strains are 98.51–99.65% related to the identical sequence of Xanthomonas arboricola pv. juglandis NCPPB 411. Pseudomonas spp. isolates are phylogenetically related (98.31–99.51%) to Pseudomonas syringae pv. syringae UCM B-1027ᵀ and P. syringae pv. syringae ATCC 19310. Conclusions. The high level of similarity of the 16S rRNA gene sequences isolated from the type strains confirms their taxonomic affiliation to these taxa and emphasizes the importance of phylogenetic analysis in the taxonomy of walnut pathogenic bacteria. Comparative analysis of the 16S rRNA gene sequences in combination with phenotypic characteristics confirms that the bacteria isolated from walnut belong to the species Agrobacterium tumefaciens, Xanthomonas arboricola, and Pseudomonas syringae. |
| first_indexed | 2026-05-29T01:00:08Z |
| format | Article |
| id | oai:ojs2.ojs.microbiolj.org.ua:article-427 |
| institution | Microbiological Journal |
| keywords_txt_mv | keywords |
| language | English |
| last_indexed | 2026-05-30T01:00:07Z |
| publishDate | 2026 |
| publisher | PH "Akademperiodyka" of the NAS of Ukraine |
| record_format | ojs |
| spelling | oai:ojs2.ojs.microbiolj.org.ua:article-4272026-05-29T14:57:46Z Phylogenetic Analysis of Phytopathogenic Bacteria Affecting Walnuts (Juglans sp.) in Ukraine Філогенетичний аналіз фітопатогенних бактерій, що уражують волоський горіх (Juglans sp.) в Україні Dankevych, L.A. Zarudnyak, M.I. Данкевич, Л.А. Зарудняк, М.І. 16S rRNA gene phylogenetic analysis pathogens of bacterial diseases of walnut Pseudomonas syringae Xanthomonas arboricola Agrobacterium tumefaciens ген 16S pPHК філогенетичний аналіз збудники бактеріальних хвороб горіха волоського Pseudomonas syringae Xanthomonas arboricola Agrobacterium tumefaciens Walnuts (Juglans sp.) are affected by a wide range of bacterial pathogens belonging to different taxa, and their accurate identification is necessary for understanding both the etiology of diseases and the development of effective control measures. Phylogenetic analysis based on the analysis of the 16S rRNA gene is widely used in bacterial taxonomy. However, taxonomic studies of pathogens of bacterial diseases of walnuts in Ukraine are poorly known. The aim of this study was to determine the taxonomic position of phytopathogenic bacteria isolated from walnuts (Juglans sp.) in Ukraine using comparative analysis of nucleotide sequences of the 16S rRNA gene. Methods. The 16S rRNA gene was amplified by universal primers pA and pH. Sequence assembly, editing, and alignment were performed using Multalin and Sequence Manipulation Suite software. The rate of the 16S rRNA gene nucleotide sequences similarity of isolated strains with homology nucleotide sequences of typical strains located in GenBank was established using the BLASTN program. Phylogenetic relatedness was established and graphically displayed using the MEGA program. Results. Phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences showed that isolated Agrobacterium spp. strains have the highest percentage of nucleotide sequence similarity (99.4–99.9%) with Agrobacterium tumefaciens LGM 196. Nucleotide sequences of the 16S rRNA gene of isolated Xanthomonas spp. strains are 98.51–99.65% related to the identical sequence of Xanthomonas arboricola pv. juglandis NCPPB 411. Pseudomonas spp. isolates are phylogenetically related (98.31–99.51%) to Pseudomonas syringae pv. syringae UCM B-1027ᵀ and P. syringae pv. syringae ATCC 19310. Conclusions. The high level of similarity of the 16S rRNA gene sequences isolated from the type strains confirms their taxonomic affiliation to these taxa and emphasizes the importance of phylogenetic analysis in the taxonomy of walnut pathogenic bacteria. Comparative analysis of the 16S rRNA gene sequences in combination with phenotypic characteristics confirms that the bacteria isolated from walnut belong to the species Agrobacterium tumefaciens, Xanthomonas arboricola, and Pseudomonas syringae. Волоський горіх (Juglans sp.) уражується широким колом бактеріальних збудників, що належать до різних таксонів, і їх точна ідентифікація є необхідною для розуміння етіології захворювань і розробки ефективних заходів боротьби. Філогенетичний аналіз, заснований на аналізі гена 16S рРНК, широко використовується у таксономії бактерій. Проте таксономічні дослідження збудників бактеріальних хвороб горіху волоського в Україні є маловідомими. Метою цього дослідження було визначити таксономічну приналежність фітопатогенних бактерій, ізольованих із волоського горіха (Juglans sp.) в Україні, за допомогою порівняльного аналізу нуклеотидних послідовностей гена 16S рРНК. Методи. Ген 16S рРНК ампліфікували за допомогою універсальних праймерів pA та pH. Збірку, редагування та вирівнювання послідовностей виконували за програмами Multalin та Sequence Manipulation Suite. Встановлення спорідненості нуклеотидних послідовностей гена 16S рРНК досліджуваних штамів з аналогічними нуклеотидними послідовностями типових штамів здійснювали, використовуючи програму BLASTN. Філогенетичні зв’язки встановлювали і графічно відображали за допомогою програми MEGA. Результати. Філогенетичний аналіз послідовностей гена 16S рРНК показав, що ізольовані штами Agrobacterium spp. мають найвищий відсоток подібності нуклеотидних послідовностей (99.4–99.9%) з Agrobacterium tumefaciens LGM 196. Нуклеотидні послідовності гена 16S рРНК ізольованих штамів Xanthomonas spp. споріднені (98.51–99.65%) з ідентичною послідовністю штама Xanthomonas arboricola pv. juglandis NCPPB 411. Ізоляти Pseudomonas spp. філогенетично споріднені (98.31–99.51%) з Pseudomonas syringae pv. syringae UCM B-1027ᵀ та P. syringae pv. syringae ATCC 19310. Висновки. Високий рівень спорідненості послідовностей гена 16S рРНК ізольованих штамів з типовими штамами підтверджує їхню таксономічну приналежність до даних таксонів та підкреслює важливість філогенетичного аналізу в таксономії патогенних для горіху волоського бактерій. Порівняльний аналіз послідовностей гена 16S рРНК в поєднанні з фенотиповими ознаками підтверджує, що бактерії, виділені з горіха волоського, належать до видів Agrobacterium tumefaciens, Xanthomonas arboricola та Pseudomonas syringae. PH "Akademperiodyka" of the NAS of Ukraine 2026-05-28 Article Article application/pdf https://ojs.microbiolj.org.ua/index.php/mj/article/view/427 10.15407/ Mikrobiolohichnyi Zhurnal; Vol. 88 No. 1 (2026): Mikrobiolohichnyi Zhurnal; 3-15 Мікробіологічний журнал; Том 88 № 1 (2026): Мікробіологічний журнал; 3-15 2616-9258 1028-0987 10.15407/ en https://ojs.microbiolj.org.ua/index.php/mj/article/view/427/158 Copyright (c) 2026 Mikrobiolohichnyi Zhurnal https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0 |
| spellingShingle | Dankevych, L.A. Zarudnyak, M.I. Данкевич, Л.А. Зарудняк, М.І. Phylogenetic Analysis of Phytopathogenic Bacteria Affecting Walnuts (Juglans sp.) in Ukraine |
| title | Phylogenetic Analysis of Phytopathogenic Bacteria Affecting Walnuts (Juglans sp.) in Ukraine |
| title_alt | Філогенетичний аналіз фітопатогенних бактерій, що уражують волоський горіх (Juglans sp.) в Україні |
| title_full | Phylogenetic Analysis of Phytopathogenic Bacteria Affecting Walnuts (Juglans sp.) in Ukraine |
| title_fullStr | Phylogenetic Analysis of Phytopathogenic Bacteria Affecting Walnuts (Juglans sp.) in Ukraine |
| title_full_unstemmed | Phylogenetic Analysis of Phytopathogenic Bacteria Affecting Walnuts (Juglans sp.) in Ukraine |
| title_short | Phylogenetic Analysis of Phytopathogenic Bacteria Affecting Walnuts (Juglans sp.) in Ukraine |
| title_sort | phylogenetic analysis of phytopathogenic bacteria affecting walnuts (juglans sp.) in ukraine |
| topic_facet | 16S rRNA gene phylogenetic analysis pathogens of bacterial diseases of walnut Pseudomonas syringae Xanthomonas arboricola Agrobacterium tumefaciens ген 16S pPHК філогенетичний аналіз збудники бактеріальних хвороб горіха волоського Pseudomonas syringae Xanthomonas arboricola Agrobacterium tumefaciens |
| url | https://ojs.microbiolj.org.ua/index.php/mj/article/view/427 |
| work_keys_str_mv | AT dankevychla phylogeneticanalysisofphytopathogenicbacteriaaffectingwalnutsjuglansspinukraine AT zarudnyakmi phylogeneticanalysisofphytopathogenicbacteriaaffectingwalnutsjuglansspinukraine AT dankevičla phylogeneticanalysisofphytopathogenicbacteriaaffectingwalnutsjuglansspinukraine AT zarudnâkmí phylogeneticanalysisofphytopathogenicbacteriaaffectingwalnutsjuglansspinukraine AT dankevychla fílogenetičnijanalízfítopatogennihbakteríjŝouražuûtʹvolosʹkijgoríhjuglansspvukraíní AT zarudnyakmi fílogenetičnijanalízfítopatogennihbakteríjŝouražuûtʹvolosʹkijgoríhjuglansspvukraíní AT dankevičla fílogenetičnijanalízfítopatogennihbakteríjŝouražuûtʹvolosʹkijgoríhjuglansspvukraíní AT zarudnâkmí fílogenetičnijanalízfítopatogennihbakteríjŝouražuûtʹvolosʹkijgoríhjuglansspvukraíní |