Prognosis of RNA, siRNA, Followed by the Immunological Response of the Proposed Vaccine (Vac534) against COVID-19
Despite the decline in Coronavirus infections, care must be taken to avoid new mutations that allow the virus to escape vaccination and treatment. Viral RNA is responsible for virus replication and assembly in the host cell. Aim. The goal of this work was to predict the RNA secondary structure of th...
Збережено в:
| Видавець: | PH "Akademperiodyka" of the NAS of Ukraine |
|---|---|
| Дата: | 2024 |
| Автори: | , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
PH "Akademperiodyka" of the NAS of Ukraine
2024
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://ojs.microbiolj.org.ua/index.php/mj/article/view/58 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
Репозиторії
Microbiological Journal| id |
oai:ojs2.ojs.microbiolj.org.ua:article-58 |
|---|---|
| record_format |
ojs |
| institution |
Microbiological Journal |
| collection |
OJS |
| language |
English |
| topic |
viral RNA siRNA MPRO molecular docking vaccine вірусна РНК siRNA MPRO молекулярний докінг вакцина |
| spellingShingle |
viral RNA siRNA MPRO molecular docking vaccine вірусна РНК siRNA MPRO молекулярний докінг вакцина Dawood, A.A. Давуд, А.А. Prognosis of RNA, siRNA, Followed by the Immunological Response of the Proposed Vaccine (Vac534) against COVID-19 |
| topic_facet |
viral RNA siRNA MPRO molecular docking vaccine вірусна РНК siRNA MPRO молекулярний докінг вакцина |
| format |
Article |
| author |
Dawood, A.A. Давуд, А.А. |
| author_facet |
Dawood, A.A. Давуд, А.А. |
| author_sort |
Dawood, A.A. |
| title |
Prognosis of RNA, siRNA, Followed by the Immunological Response of the Proposed Vaccine (Vac534) against COVID-19 |
| title_short |
Prognosis of RNA, siRNA, Followed by the Immunological Response of the Proposed Vaccine (Vac534) against COVID-19 |
| title_full |
Prognosis of RNA, siRNA, Followed by the Immunological Response of the Proposed Vaccine (Vac534) against COVID-19 |
| title_fullStr |
Prognosis of RNA, siRNA, Followed by the Immunological Response of the Proposed Vaccine (Vac534) against COVID-19 |
| title_full_unstemmed |
Prognosis of RNA, siRNA, Followed by the Immunological Response of the Proposed Vaccine (Vac534) against COVID-19 |
| title_sort |
prognosis of rna, sirna, followed by the immunological response of the proposed vaccine (vac534) against covid-19 |
| title_alt |
Прогнозування РНК, siRNA з подальшим визначенням імунологічної відповіді запропонованої вакцини (Vac534) проти COVID-19 |
| description |
Despite the decline in Coronavirus infections, care must be taken to avoid new mutations that allow the virus to escape vaccination and treatment. Viral RNA is responsible for virus replication and assembly in the host cell. Aim. The goal of this work was to predict the RNA secondary structure of the vaccination we developed before (Vac534). In addition, the degree of RNA overlaps while translating into ribosomes, refolding, and evaluating the protein immune response are all considered. Methods. Different immunobioinformatics tools and servers were utilized for analysis. RNA folding was executed through the application of RNAstructure 6.4 and RNAfold software. The unique sequence context led to the emergence of potential RNA structures at the site where ribosome binding occurs. A new method, C-IMMSIM, which relies on immune cell epitope prediction, was employed to gain fresh insights into comprehending the immune system. Results. А high probability of ≥ 99% is shown between nucleotides with the stability of loops and motifs of the RNA 2D structure. The predicted siRNA sequences, which were located in three places, were used to calculate total energy, self-folding, and a free end with a high accessibility score. RNA translation into the ribosome is required to determine the optimum direction of translation. The short docking fragment of 24 nucleotides of RNA (Vac534) generated six robust binds with MPRO at high energy. Conclusions. The immunological evaluation of the vaccination is critical for stimulating immune cells and detecting interleukins and cytokine production. This study is viewed as a step toward developing Coronavirus treatments. The number of loops and motifs is increasing, with a probability of above 99% for most sequences. The predicted siRNA sequences, which were located in three places, were used to calculate total energy, self-folding, and a free end with a high accessibility score. |
| publisher |
PH "Akademperiodyka" of the NAS of Ukraine |
| publishDate |
2024 |
| url |
https://ojs.microbiolj.org.ua/index.php/mj/article/view/58 |
| work_keys_str_mv |
AT dawoodaa prognosisofrnasirnafollowedbytheimmunologicalresponseoftheproposedvaccinevac534againstcovid19 AT davudaa prognosisofrnasirnafollowedbytheimmunologicalresponseoftheproposedvaccinevac534againstcovid19 AT dawoodaa prognozuvannârnksirnazpodalʹšimviznačennâmímunologíčnoívídpovídízaproponovanoívakcinivac534proticovid19 AT davudaa prognozuvannârnksirnazpodalʹšimviznačennâmímunologíčnoívídpovídízaproponovanoívakcinivac534proticovid19 |
| first_indexed |
2024-09-01T17:43:43Z |
| last_indexed |
2024-09-01T17:43:43Z |
| _version_ |
1809016551905427456 |
| spelling |
oai:ojs2.ojs.microbiolj.org.ua:article-582024-04-28T15:29:33Z Prognosis of RNA, siRNA, Followed by the Immunological Response of the Proposed Vaccine (Vac534) against COVID-19 Прогнозування РНК, siRNA з подальшим визначенням імунологічної відповіді запропонованої вакцини (Vac534) проти COVID-19 Dawood, A.A. Давуд, А.А. viral RNA siRNA MPRO molecular docking vaccine вірусна РНК siRNA MPRO молекулярний докінг вакцина Despite the decline in Coronavirus infections, care must be taken to avoid new mutations that allow the virus to escape vaccination and treatment. Viral RNA is responsible for virus replication and assembly in the host cell. Aim. The goal of this work was to predict the RNA secondary structure of the vaccination we developed before (Vac534). In addition, the degree of RNA overlaps while translating into ribosomes, refolding, and evaluating the protein immune response are all considered. Methods. Different immunobioinformatics tools and servers were utilized for analysis. RNA folding was executed through the application of RNAstructure 6.4 and RNAfold software. The unique sequence context led to the emergence of potential RNA structures at the site where ribosome binding occurs. A new method, C-IMMSIM, which relies on immune cell epitope prediction, was employed to gain fresh insights into comprehending the immune system. Results. А high probability of ≥ 99% is shown between nucleotides with the stability of loops and motifs of the RNA 2D structure. The predicted siRNA sequences, which were located in three places, were used to calculate total energy, self-folding, and a free end with a high accessibility score. RNA translation into the ribosome is required to determine the optimum direction of translation. The short docking fragment of 24 nucleotides of RNA (Vac534) generated six robust binds with MPRO at high energy. Conclusions. The immunological evaluation of the vaccination is critical for stimulating immune cells and detecting interleukins and cytokine production. This study is viewed as a step toward developing Coronavirus treatments. The number of loops and motifs is increasing, with a probability of above 99% for most sequences. The predicted siRNA sequences, which were located in three places, were used to calculate total energy, self-folding, and a free end with a high accessibility score. Незважаючи на зниження рівня захворюваності на коронавірус, є високий ризик появи нових мутацій, які знижують ефективність вакцинації та лікування. Вірусна РНК відповідає за реплікацію та збірку вірусу в клітині-хазяїні. Мета. Метою цієї роботи було передбачити вторинну структуру РНК розробленої нами раніше вакцини (Vac534). Крім того, розглянуто ступінь перекриття РНК під час трансляції в рибосоми, рефолдингу та оцінки білкової імунної відповіді. Методи. Для аналізу використовували різні інструменти та сервери імунобіоінформатики. Моделювання РНК здійснювали за допомогою програм RNAstructure 6.4 та RNAfold. Унікальний контекст послідовності привів до появи потенційних структур РНК у місці, де відбувається зв'язування рибосом. Новий метод, C-IMMSIM, який базується на прогнозуванні епітопів імунних клітин, був використаний для отримання нового розуміння дії імунної системи. Результати. Показано високу ймовірність ≥ 99% між нуклеотидами зі стабільністю петель 2D-структури РНК. Передбачені послідовності siRNA, розташовані в трьох місцях, були використані для розрахунку повної енергії, самозгортання та вільного кінця з високим показником доступності. Трансляція РНК в рибосому необхідна для визначення оптимального напрямку трансляції. Короткий докінговий фрагмент РНК довжиною 24 нуклеотиди (Vac534) генерував шість надійних зв'язків з MPRO за високої енергії. Висновки. Імунологічна оцінка вакцинації має вирішальне значення для стимуляції імунних клітин і виявлення продукції інтерлейкінів та цитокінів. Це дослідження розглядається як крок до розробки методів лікування коронавірусу. Кількість петель зростає з імовірністю понад 99% для більшості послідовностей. Прогнозовані послідовності siRNA, які були розташовані в трьох місцях, були використані для розрахунку загальної енергії, самозгортання та вільного кінця з високим показником доступності. PH "Akademperiodyka" of the NAS of Ukraine 2024-04-28 Article Article application/pdf https://ojs.microbiolj.org.ua/index.php/mj/article/view/58 10.15407/microbiolj86.02.065 Mikrobiolohichnyi Zhurnal; Vol. 86 No. 2 (2024): Mikrobiolohichnyi Zhurnal; 65-74 Мікробіологічний журнал; Том 86 № 2 (2024): Мікробіологічний журнал; 65-74 2616-9258 1028-0987 10.15407/microbiolj86.02 en https://ojs.microbiolj.org.ua/index.php/mj/article/view/58/59 Copyright (c) 2024 Mikrobiolohichnyi Zhurnal https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0 |