Динамiка iон-фосфатної ґратки ДНК в лiвiй формi подвiйної спiралi
The conformational vibrations of Z-DNA with counterions are studied in the framework of a phenomenological model developed. The structure of a left-handed double helix with counterions neutralizing the negatively charged phosphate groups of DNA is considered as an ion-phosphate lattice. The frequenc...
Збережено в:
| Дата: | 2018 |
|---|---|
| Автори: | , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
Publishing house "Academperiodika"
2018
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2018325 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Ukrainian Journal of Physics |
Репозитарії
Ukrainian Journal of Physics| id |
ujp2-article-2018325 |
|---|---|
| record_format |
ojs |
| spelling |
ujp2-article-20183252019-03-06T16:07:43Z Dynamics of Ion-Phosphate Lattice of DNA in Left-Handed Double Helix Form Динамiка iон-фосфатної ґратки ДНК в лiвiй формi подвiйної спiралi Perepelytsya, S. M. Volkov, S. N. left-handed double helix ion-phosphate lattice DNA The conformational vibrations of Z-DNA with counterions are studied in the framework of a phenomenological model developed. The structure of a left-handed double helix with counterions neutralizing the negatively charged phosphate groups of DNA is considered as an ion-phosphate lattice. The frequencies and the Raman intensities for the modes of Z-DNA with Na+ and Mg2+ ions are calculated, and the low-frequency Raman spectra are built. At the spectral interval about the frequency 150 cm^-1; a new mode of ion-phosphate vibrations, which characterizes the vibrations of Mg2+ counterions, is found. The results of our calculations show that the intensities of Z-DNA modes are sensitive to the concentration of magnesium counterions. The obtained results describe well the experimental Raman spectra of Z-DNA. У рамках розвиненої феноменологiчної моделi дослiджено конформацiйнi коливання Z-ДНК з протиiонами. Структура лiвозакрученої подвiйної спiралi з протиiонами, що нейтралiзують вiд’ємно зарядженi фосфатнi групи остова макромолекули, представляється у виглядi iон-фосфатної ґратки. Розраховано частоту та iнтенсивностi комбiнацiйного розсiювання свiтла (КРС) для мод Z-ДНК з iонами Na+ i Mg2+ та побудовано низькочастотнi спектри КРС. У дiапазонi спектра близько 150 см 1 знайдено нову моду iон-фосфатних коливань, що характеризує коливання протиiонiв Mg2+. Результати розрахункiв показали, що iнтенсивностi мод коливань Z-ДНК є чутливими до концентрацiї протиiонiв магнiю. Одержанi результати добре описують експериментальнi спектри КРС Z-ДНК. Publishing house "Academperiodika" 2018-10-10 Article Article Peer-reviewed Рецензована стаття application/pdf https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2018325 10.15407/ujpe58.06.0554 Ukrainian Journal of Physics; Vol. 58 No. 6 (2013); 554 Український фізичний журнал; Том 58 № 6 (2013); 554 2071-0194 2071-0186 10.15407/ujpe58.06 en https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2018325/279 Copyright (c) 2018 Bogolyubov Institute for Theoretical Physics, National Academy of Sciences of Ukraine |
| institution |
Ukrainian Journal of Physics |
| collection |
OJS |
| language |
English |
| topic |
left-handed double helix ion-phosphate lattice DNA |
| spellingShingle |
left-handed double helix ion-phosphate lattice DNA Perepelytsya, S. M. Volkov, S. N. Динамiка iон-фосфатної ґратки ДНК в лiвiй формi подвiйної спiралi |
| topic_facet |
left-handed double helix ion-phosphate lattice DNA |
| format |
Article |
| author |
Perepelytsya, S. M. Volkov, S. N. |
| author_facet |
Perepelytsya, S. M. Volkov, S. N. |
| author_sort |
Perepelytsya, S. M. |
| title |
Динамiка iон-фосфатної ґратки ДНК в лiвiй формi подвiйної спiралi |
| title_short |
Динамiка iон-фосфатної ґратки ДНК в лiвiй формi подвiйної спiралi |
| title_full |
Динамiка iон-фосфатної ґратки ДНК в лiвiй формi подвiйної спiралi |
| title_fullStr |
Динамiка iон-фосфатної ґратки ДНК в лiвiй формi подвiйної спiралi |
| title_full_unstemmed |
Динамiка iон-фосфатної ґратки ДНК в лiвiй формi подвiйної спiралi |
| title_sort |
динамiка iон-фосфатної ґратки днк в лiвiй формi подвiйної спiралi |
| title_alt |
Dynamics of Ion-Phosphate Lattice of DNA in Left-Handed Double Helix Form |
| description |
The conformational vibrations of Z-DNA with counterions are studied in the framework of a phenomenological model developed. The structure of a left-handed double helix with counterions neutralizing the negatively charged phosphate groups of DNA is considered as an ion-phosphate lattice. The frequencies and the Raman intensities for the modes of Z-DNA with Na+ and Mg2+ ions are calculated, and the low-frequency Raman spectra are built. At the spectral interval about the frequency 150 cm^-1; a new mode of ion-phosphate vibrations, which characterizes the vibrations of Mg2+ counterions, is found. The results of our calculations show that the intensities of Z-DNA modes are sensitive to the concentration of magnesium counterions. The obtained results describe well the experimental Raman spectra of Z-DNA. |
| publisher |
Publishing house "Academperiodika" |
| publishDate |
2018 |
| url |
https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2018325 |
| work_keys_str_mv |
AT perepelytsyasm dynamicsofionphosphatelatticeofdnainlefthandeddoublehelixform AT volkovsn dynamicsofionphosphatelatticeofdnainlefthandeddoublehelixform AT perepelytsyasm dinamikaionfosfatnoígratkidnkvlivijformipodvijnoíspirali AT volkovsn dinamikaionfosfatnoígratkidnkvlivijformipodvijnoíspirali |
| first_indexed |
2023-03-24T08:55:22Z |
| last_indexed |
2023-03-24T08:55:22Z |
| _version_ |
1795757609178890240 |