Порiвняння емпiричних силових полiв для бактерiохлорофiлу: вплив на гiдратацiю та повiльну динамiку бактерiальних фотосинтетичних центрiв
The choice of an adequate empirical force field for photosynthetic cofactors is the major prerequisite of realistic molecular dynamics simulations of bacterial and plant photoreaction centers. In this work, we compare two available sets of parameters for bacteriochlorophyll in extended 200 ns simula...
Збережено в:
| Дата: | 2019 |
|---|---|
| Автори: | , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
Publishing house "Academperiodika"
2019
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2019025 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Ukrainian Journal of Physics |
Репозитарії
Ukrainian Journal of Physics| id |
ujp2-article-2019025 |
|---|---|
| record_format |
ojs |
| spelling |
ujp2-article-20190252019-04-20T07:52:07Z Comparison of Empirical Force Fields for Bacteriochlorophyll: an Influence on Hydration and Long-Time Dynamics of Bacterial Photoreaction Centers Порiвняння емпiричних силових полiв для бактерiохлорофiлу: вплив на гiдратацiю та повiльну динамiку бактерiальних фотосинтетичних центрiв Yesylevskyy, S. Berezetskaya, N. Olenchuk, M. bacterial photoreaction centers Rhodobacter Sphaeroides molecular dynamics force field cofactor hydration - The choice of an adequate empirical force field for photosynthetic cofactors is the major prerequisite of realistic molecular dynamics simulations of bacterial and plant photoreaction centers. In this work, we compare two available sets of parameters for bacteriochlorophyll in extended 200 ns simulations of photoreaction centers from Rhodobacter Sphaeroides in the membrane environment. It is shown that the most popular and widely used set of parameters produces artifacts in cofactor positions and orientations. It is also shown that the hydration of cofactors may vary, by dramatically depending on the used force field. Some recommendations for the further force field development are made. Вибiр адекватного силового поля для фотосинтетичних кофакторiв є основною передумовою проведення реалiстичного моделювання бактерiальних та рослинних фотосинтетичних центрiв. В цiй роботi порiвняно два набори параметрiв для бактерiохлорофiлу у симуляцiях методом молекулярної динамiки довжиною 200 нс фотосинтетичного центру бактерiї Rhodobacter Sphaeroides у мембранному оточеннi. Показано, що найбiльш популярний набiр параметрiв продукує артифакти у положеннях та орiєнтацiях кофакторiв. Також показано, що гiдратацiя кофакторiв може сильно змiнюватися в залежностi вiд використаного силового поля. Надано рекомендацiї щодо подальшої розробки силових полiв для фотосинтетичних кофакторiв. Publishing house "Academperiodika" 2019-01-04 Article Article Peer-reviewed Рецензована стаття application/pdf https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2019025 10.15407/ujpe61.10.0886 Ukrainian Journal of Physics; Vol. 61 No. 10 (2016); 886 Український фізичний журнал; Том 61 № 10 (2016); 886 2071-0194 2071-0186 10.15407/ujpe61.10 en https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2019025/906 Copyright (c) 2019 Bogolyubov Institute for Theoretical Physics, National Academy of Sciences of Ukraine |
| institution |
Ukrainian Journal of Physics |
| collection |
OJS |
| language |
English |
| topic |
bacterial photoreaction centers Rhodobacter Sphaeroides molecular dynamics force field cofactor hydration - |
| spellingShingle |
bacterial photoreaction centers Rhodobacter Sphaeroides molecular dynamics force field cofactor hydration - Yesylevskyy, S. Berezetskaya, N. Olenchuk, M. Порiвняння емпiричних силових полiв для бактерiохлорофiлу: вплив на гiдратацiю та повiльну динамiку бактерiальних фотосинтетичних центрiв |
| topic_facet |
bacterial photoreaction centers Rhodobacter Sphaeroides molecular dynamics force field cofactor hydration - |
| format |
Article |
| author |
Yesylevskyy, S. Berezetskaya, N. Olenchuk, M. |
| author_facet |
Yesylevskyy, S. Berezetskaya, N. Olenchuk, M. |
| author_sort |
Yesylevskyy, S. |
| title |
Порiвняння емпiричних силових полiв для бактерiохлорофiлу: вплив на гiдратацiю та повiльну динамiку бактерiальних фотосинтетичних центрiв |
| title_short |
Порiвняння емпiричних силових полiв для бактерiохлорофiлу: вплив на гiдратацiю та повiльну динамiку бактерiальних фотосинтетичних центрiв |
| title_full |
Порiвняння емпiричних силових полiв для бактерiохлорофiлу: вплив на гiдратацiю та повiльну динамiку бактерiальних фотосинтетичних центрiв |
| title_fullStr |
Порiвняння емпiричних силових полiв для бактерiохлорофiлу: вплив на гiдратацiю та повiльну динамiку бактерiальних фотосинтетичних центрiв |
| title_full_unstemmed |
Порiвняння емпiричних силових полiв для бактерiохлорофiлу: вплив на гiдратацiю та повiльну динамiку бактерiальних фотосинтетичних центрiв |
| title_sort |
порiвняння емпiричних силових полiв для бактерiохлорофiлу: вплив на гiдратацiю та повiльну динамiку бактерiальних фотосинтетичних центрiв |
| title_alt |
Comparison of Empirical Force Fields for Bacteriochlorophyll: an Influence on Hydration and Long-Time Dynamics of Bacterial Photoreaction Centers |
| description |
The choice of an adequate empirical force field for photosynthetic cofactors is the major prerequisite of realistic molecular dynamics simulations of bacterial and plant photoreaction centers. In this work, we compare two available sets of parameters for bacteriochlorophyll in extended 200 ns simulations of photoreaction centers from Rhodobacter Sphaeroides in the membrane environment. It is shown that the most popular and widely used set of parameters produces artifacts in cofactor positions and orientations. It is also shown that the hydration of cofactors may vary, by dramatically depending on the used force field. Some recommendations for the further force field development are made. |
| publisher |
Publishing house "Academperiodika" |
| publishDate |
2019 |
| url |
https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2019025 |
| work_keys_str_mv |
AT yesylevskyys comparisonofempiricalforcefieldsforbacteriochlorophyllaninfluenceonhydrationandlongtimedynamicsofbacterialphotoreactioncenters AT berezetskayan comparisonofempiricalforcefieldsforbacteriochlorophyllaninfluenceonhydrationandlongtimedynamicsofbacterialphotoreactioncenters AT olenchukm comparisonofempiricalforcefieldsforbacteriochlorophyllaninfluenceonhydrationandlongtimedynamicsofbacterialphotoreactioncenters AT yesylevskyys porivnânnâempiričnihsilovihpolivdlâbakteriohlorofiluvplivnagidrataciûtapovilʹnudinamikubakterialʹnihfotosintetičnihcentriv AT berezetskayan porivnânnâempiričnihsilovihpolivdlâbakteriohlorofiluvplivnagidrataciûtapovilʹnudinamikubakterialʹnihfotosintetičnihcentriv AT olenchukm porivnânnâempiričnihsilovihpolivdlâbakteriohlorofiluvplivnagidrataciûtapovilʹnudinamikubakterialʹnihfotosintetičnihcentriv |
| first_indexed |
2023-03-24T08:56:52Z |
| last_indexed |
2023-03-24T08:56:52Z |
| _version_ |
1795757652317306880 |