Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування

Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування

Aimed at the answer the biophysically important question posed in the title of this article, we have first investigated, at the MP2/aug-cc-pVDZ//B3LYP/6-311++G(d,p) level of quantum-mechanical theory, the structural, energetic, and dynamic features of the acquisition of the enzymatically competent c...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2019
Автори: Brovarets, O. O., Hovorun, D. M.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: Publishing house "Academperiodika" 2019
Онлайн доступ:https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2019196
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Ukrainian Journal of Physics

Репозитарії

Ukrainian Journal of Physics
id ujp2-article-2019196
record_format ojs
spelling ujp2-article-20191962019-04-14T18:40:50Z How do Long Improper Purine-Purine Pairs of DNA Bases Adapt the Enzymatically Competent Conformation? Structural Mechanism and Its Quantum-Mechanical Grounds Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування Brovarets, O. O. Hovorun, D. M. DNA biosynthesis spontaneous transversion large-amplitude rearrangement conformational transition Watson–Crick-like mispair purine-purine DNA mismatch MP2 and B3LYP QTAIM - Aimed at the answer the biophysically important question posed in the title of this article, we have first investigated, at the MP2/aug-cc-pVDZ//B3LYP/6-311++G(d,p) level of quantum-mechanical theory, the structural, energetic, and dynamic features of the acquisition of the enzymatically competent conformation by the incorrect А*·А(WC), G·A(WC), A*·G*(WC), and G*·G(WC) DNA base mispairs with the Watson–Crick (WC) geometry – active players on the field of spontaneous point mutagenesis. It is first shown that the characteristic time of these non-dissociative A*·A(WC)↔A*·Asyn(TF), G·A(WC)↔G·Asyn, A*·G*(WC)↔A*·G*syn, and G·G*(WC)↔G·G*syn conformational transitions is much less than the period of time that it is spent by a high-fidelity DNA-polymerase on the incorporation of one nucleotide into the DNA double helix. Прагнучи дати вiдповiдь на бiофiзично важливе запитання, винесене у заголовок статтi, ми вперше дослiдили на квантово-механiчному рiвнi теорiї MP2/aug-cc-pVDZ//B3LYP/6–311++G(d,p) структурно-енергетичнi та динамiчнi особливостi набуття неправильними парами основ ДНК А*·А(WC), G·A(WC), A*·G*(WC) i G*·G(WC) – активними гравцями на полi спонтанного точкового мутагенезу – ензиматично-компетентної конформацiї. Вперше показано, що характерний час цих недисоцiативних переходiв A*·A(WC)↔A*·Asyn(TF), G·A(WC)↔G·Asyn, A*·G*(WC)↔A*·G*syn та G·G*(WC)↔G·G*syn значно менший перiоду часу, який витрачає високоточна ДНК-полiмераза на iнкорпорацiю одного нуклеотиду у подвiйну спiраль ДНК, що синтезується. Publishing house "Academperiodika" 2019-01-15 Article Article Peer-reviewed Рецензована стаття application/pdf https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2019196 10.15407/ujpe60.08.0748 Ukrainian Journal of Physics; Vol. 60 No. 8 (2015); 748 Український фізичний журнал; Том 60 № 8 (2015); 748 2071-0194 2071-0186 10.15407/ujpe60.08 en https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2019196/1161 Copyright (c) 2019 Bogolyubov Institute for Theoretical Physics, National Academy of Sciences of Ukraine
institution Ukrainian Journal of Physics
baseUrl_str
datestamp_date 2019-04-14T18:40:50Z
collection OJS
language English
topic_facet DNA biosynthesis
spontaneous transversion
large-amplitude rearrangement
conformational transition
Watson–Crick-like mispair
purine-purine DNA mismatch
MP2 and B3LYP
QTAIM
-
format Article
author Brovarets, O. O.
Hovorun, D. M.
spellingShingle Brovarets, O. O.
Hovorun, D. M.
Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування
author_facet Brovarets, O. O.
Hovorun, D. M.
author_sort Brovarets, O. O.
title Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування
title_short Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування
title_full Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування
title_fullStr Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування
title_full_unstemmed Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування
title_sort як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування
title_alt How do Long Improper Purine-Purine Pairs of DNA Bases Adapt the Enzymatically Competent Conformation? Structural Mechanism and Its Quantum-Mechanical Grounds
description Aimed at the answer the biophysically important question posed in the title of this article, we have first investigated, at the MP2/aug-cc-pVDZ//B3LYP/6-311++G(d,p) level of quantum-mechanical theory, the structural, energetic, and dynamic features of the acquisition of the enzymatically competent conformation by the incorrect А*·А(WC), G·A(WC), A*·G*(WC), and G*·G(WC) DNA base mispairs with the Watson–Crick (WC) geometry – active players on the field of spontaneous point mutagenesis. It is first shown that the characteristic time of these non-dissociative A*·A(WC)↔A*·Asyn(TF), G·A(WC)↔G·Asyn, A*·G*(WC)↔A*·G*syn, and G·G*(WC)↔G·G*syn conformational transitions is much less than the period of time that it is spent by a high-fidelity DNA-polymerase on the incorporation of one nucleotide into the DNA double helix.
publisher Publishing house "Academperiodika"
publishDate 2019
url https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2019196
work_keys_str_mv AT brovaretsoo howdolongimproperpurinepurinepairsofdnabasesadapttheenzymaticallycompetentconformationstructuralmechanismanditsquantummechanicalgrounds
AT hovorundm howdolongimproperpurinepurinepairsofdnabasesadapttheenzymaticallycompetentconformationstructuralmechanismanditsquantummechanicalgrounds
AT brovaretsoo âkdovginepravilʹnipurinovopurinovipariosnovdnknabuvaûtʹenzimatičnokompetentnoíkonformaciístrukturnijmehanizmtajogokvantovomehaničneobgruntuvannâ
AT hovorundm âkdovginepravilʹnipurinovopurinovipariosnovdnknabuvaûtʹenzimatičnokompetentnoíkonformaciístrukturnijmehanizmtajogokvantovomehaničneobgruntuvannâ
first_indexed 2025-10-02T01:16:06Z
last_indexed 2025-10-02T01:16:06Z
_version_ 1851765187382607872

Схожі ресурси