Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування
Aimed at the answer the biophysically important question posed in the title of this article, we have first investigated, at the MP2/aug-cc-pVDZ//B3LYP/6-311++G(d,p) level of quantum-mechanical theory, the structural, energetic, and dynamic features of the acquisition of the enzymatically competent c...
Збережено в:
| Дата: | 2019 |
|---|---|
| Автори: | , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | English |
| Опубліковано: |
Publishing house "Academperiodika"
2019
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2019196 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Ukrainian Journal of Physics |
Репозитарії
Ukrainian Journal of Physics| id |
ujp2-article-2019196 |
|---|---|
| record_format |
ojs |
| spelling |
ujp2-article-20191962019-04-14T18:40:50Z How do Long Improper Purine-Purine Pairs of DNA Bases Adapt the Enzymatically Competent Conformation? Structural Mechanism and Its Quantum-Mechanical Grounds Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування Brovarets, O. O. Hovorun, D. M. DNA biosynthesis spontaneous transversion large-amplitude rearrangement conformational transition Watson–Crick-like mispair purine-purine DNA mismatch MP2 and B3LYP QTAIM - Aimed at the answer the biophysically important question posed in the title of this article, we have first investigated, at the MP2/aug-cc-pVDZ//B3LYP/6-311++G(d,p) level of quantum-mechanical theory, the structural, energetic, and dynamic features of the acquisition of the enzymatically competent conformation by the incorrect А*·А(WC), G·A(WC), A*·G*(WC), and G*·G(WC) DNA base mispairs with the Watson–Crick (WC) geometry – active players on the field of spontaneous point mutagenesis. It is first shown that the characteristic time of these non-dissociative A*·A(WC)↔A*·Asyn(TF), G·A(WC)↔G·Asyn, A*·G*(WC)↔A*·G*syn, and G·G*(WC)↔G·G*syn conformational transitions is much less than the period of time that it is spent by a high-fidelity DNA-polymerase on the incorporation of one nucleotide into the DNA double helix. Прагнучи дати вiдповiдь на бiофiзично важливе запитання, винесене у заголовок статтi, ми вперше дослiдили на квантово-механiчному рiвнi теорiї MP2/aug-cc-pVDZ//B3LYP/6–311++G(d,p) структурно-енергетичнi та динамiчнi особливостi набуття неправильними парами основ ДНК А*·А(WC), G·A(WC), A*·G*(WC) i G*·G(WC) – активними гравцями на полi спонтанного точкового мутагенезу – ензиматично-компетентної конформацiї. Вперше показано, що характерний час цих недисоцiативних переходiв A*·A(WC)↔A*·Asyn(TF), G·A(WC)↔G·Asyn, A*·G*(WC)↔A*·G*syn та G·G*(WC)↔G·G*syn значно менший перiоду часу, який витрачає високоточна ДНК-полiмераза на iнкорпорацiю одного нуклеотиду у подвiйну спiраль ДНК, що синтезується. Publishing house "Academperiodika" 2019-01-15 Article Article Peer-reviewed Рецензована стаття application/pdf https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2019196 10.15407/ujpe60.08.0748 Ukrainian Journal of Physics; Vol. 60 No. 8 (2015); 748 Український фізичний журнал; Том 60 № 8 (2015); 748 2071-0194 2071-0186 10.15407/ujpe60.08 en https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2019196/1161 Copyright (c) 2019 Bogolyubov Institute for Theoretical Physics, National Academy of Sciences of Ukraine |
| institution |
Ukrainian Journal of Physics |
| collection |
OJS |
| language |
English |
| topic |
DNA biosynthesis spontaneous transversion large-amplitude rearrangement conformational transition Watson–Crick-like mispair purine-purine DNA mismatch MP2 and B3LYP QTAIM - |
| spellingShingle |
DNA biosynthesis spontaneous transversion large-amplitude rearrangement conformational transition Watson–Crick-like mispair purine-purine DNA mismatch MP2 and B3LYP QTAIM - Brovarets, O. O. Hovorun, D. M. Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування |
| topic_facet |
DNA biosynthesis spontaneous transversion large-amplitude rearrangement conformational transition Watson–Crick-like mispair purine-purine DNA mismatch MP2 and B3LYP QTAIM - |
| format |
Article |
| author |
Brovarets, O. O. Hovorun, D. M. |
| author_facet |
Brovarets, O. O. Hovorun, D. M. |
| author_sort |
Brovarets, O. O. |
| title |
Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування |
| title_short |
Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування |
| title_full |
Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування |
| title_fullStr |
Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування |
| title_full_unstemmed |
Як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? Структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування |
| title_sort |
як довгi неправильнi пуриново-пуриновi пари основ днк набувають ензиматично-компетентної конформацiї? структурний механiзм тайогоквантово-механiчнеобґрунтування |
| title_alt |
How do Long Improper Purine-Purine Pairs of DNA Bases Adapt the Enzymatically Competent Conformation? Structural Mechanism and Its Quantum-Mechanical Grounds |
| description |
Aimed at the answer the biophysically important question posed in the title of this article, we have first investigated, at the MP2/aug-cc-pVDZ//B3LYP/6-311++G(d,p) level of quantum-mechanical theory, the structural, energetic, and dynamic features of the acquisition of the enzymatically competent conformation by the incorrect А*·А(WC), G·A(WC), A*·G*(WC), and G*·G(WC) DNA base mispairs with the Watson–Crick (WC) geometry – active players on the field of spontaneous point mutagenesis. It is first shown that the characteristic time of these non-dissociative A*·A(WC)↔A*·Asyn(TF), G·A(WC)↔G·Asyn, A*·G*(WC)↔A*·G*syn, and G·G*(WC)↔G·G*syn conformational transitions is much less than the period of time that it is spent by a high-fidelity DNA-polymerase on the incorporation of one nucleotide into the DNA double helix. |
| publisher |
Publishing house "Academperiodika" |
| publishDate |
2019 |
| url |
https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2019196 |
| work_keys_str_mv |
AT brovaretsoo howdolongimproperpurinepurinepairsofdnabasesadapttheenzymaticallycompetentconformationstructuralmechanismanditsquantummechanicalgrounds AT hovorundm howdolongimproperpurinepurinepairsofdnabasesadapttheenzymaticallycompetentconformationstructuralmechanismanditsquantummechanicalgrounds AT brovaretsoo âkdovginepravilʹnipurinovopurinovipariosnovdnknabuvaûtʹenzimatičnokompetentnoíkonformaciístrukturnijmehanizmtajogokvantovomehaničneobgruntuvannâ AT hovorundm âkdovginepravilʹnipurinovopurinovipariosnovdnknabuvaûtʹenzimatičnokompetentnoíkonformaciístrukturnijmehanizmtajogokvantovomehaničneobgruntuvannâ |
| first_indexed |
2023-03-24T08:57:30Z |
| last_indexed |
2023-03-24T08:57:30Z |
| _version_ |
1795757670411534336 |