Ефективні атомні заряди канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів та їхня залежність від конформації
Одержано середні за усіма можливими конформерами канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів (молекул 5'-дезоксицитидилової, 5'-тимідилової,5'-дезоксиаденілової та 5'-дезоксигуанілової кислот) значення ефективних зарядів їхніх атомів та знайдено відповідні середньоквадратичні відхи...
Збережено в:
| Дата: | 2021 |
|---|---|
| Автори: | , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Ukrainian English |
| Опубліковано: |
Publishing house "Academperiodika"
2021
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2021171 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Ukrainian Journal of Physics |
Репозитарії
Ukrainian Journal of Physics| id |
ujp2-article-2021171 |
|---|---|
| record_format |
ojs |
| spelling |
ujp2-article-20211712021-12-06T12:56:18Z Ефективні атомні заряди канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів та їхня залежність від конформації Effective Atomic Charges of Canonical 2'-Deoxyribonucleotides and Their Conformational Dependences Nikolaienko, T.Yu. Bulavin, L.A. Hovorun, D.M. - - Одержано середні за усіма можливими конформерами канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів (молекул 5'-дезоксицитидилової, 5'-тимідилової,5'-дезоксиаденілової та 5'-дезоксигуанілової кислот) значення ефективних зарядів їхніх атомів та знайдено відповідні середньоквадратичні відхилення. Показано, що зазначені відхилення для атомів вуглецю можуть перевищувати середнє значення їхнього заряду. Проаналізовано можливість відтворення дипольного моменту конформерів за допомогою усереднених атомних зарядів і виявлено, що нехтування залежністю ефективних атомних зарядів від конформації молекули може приводити до похибок модуля дипольного моменту, більших за 100%. Одержані результати можуть бути використані для вдосконалення електростатичних складових існуючих силових полів. Effective charges for the atoms of canonical 2'-deoxyribonucleotides (the molecules of 5'-deoxycytidylic, 5'-thymidylic, 5'-deoxyadenylic, and 5'-deoxyguanylic acids) averaged over all of their possible conformers and the corresponding root-mean-square deviations have been obtained. It is shown that the charge deviations for carbon atoms can exceed the average values of the charge itself. A capability of reproducing the conformer dipole moments with the use of averaged charges has been analyzed. It is found that the neglect of the dependence of effective atomic charges on the molecule conformation may result in errors for the dipole moment magnitude exceeding 100%. The results obtained can be used for the improvement of electrostatic components in the existing force fields. Publishing house "Academperiodika" 2021-12-05 Article Article Peer-reviewed Рецензована стаття application/pdf application/pdf https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2021171 10.15407/ujpe57.10.1024 Ukrainian Journal of Physics; Vol. 57 No. 10 (2012); 1024 Український фізичний журнал; Том 57 № 10 (2012); 1024 2071-0194 2071-0186 10.15407/ujpe57.10 uk en https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2021171/1873 https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2021171/1874 |
| institution |
Ukrainian Journal of Physics |
| collection |
OJS |
| language |
Ukrainian English |
| topic |
- - |
| spellingShingle |
- - Nikolaienko, T.Yu. Bulavin, L.A. Hovorun, D.M. Ефективні атомні заряди канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів та їхня залежність від конформації |
| topic_facet |
- - |
| format |
Article |
| author |
Nikolaienko, T.Yu. Bulavin, L.A. Hovorun, D.M. |
| author_facet |
Nikolaienko, T.Yu. Bulavin, L.A. Hovorun, D.M. |
| author_sort |
Nikolaienko, T.Yu. |
| title |
Ефективні атомні заряди канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів та їхня залежність від конформації |
| title_short |
Ефективні атомні заряди канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів та їхня залежність від конформації |
| title_full |
Ефективні атомні заряди канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів та їхня залежність від конформації |
| title_fullStr |
Ефективні атомні заряди канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів та їхня залежність від конформації |
| title_full_unstemmed |
Ефективні атомні заряди канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів та їхня залежність від конформації |
| title_sort |
ефективні атомні заряди канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів та їхня залежність від конформації |
| title_alt |
Effective Atomic Charges of Canonical 2'-Deoxyribonucleotides and Their Conformational Dependences |
| description |
Одержано середні за усіма можливими конформерами канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів (молекул 5'-дезоксицитидилової, 5'-тимідилової,5'-дезоксиаденілової та 5'-дезоксигуанілової кислот) значення ефективних зарядів їхніх атомів та знайдено відповідні середньоквадратичні відхилення. Показано, що зазначені відхилення для атомів вуглецю можуть перевищувати середнє значення їхнього заряду. Проаналізовано можливість відтворення дипольного моменту конформерів за допомогою усереднених атомних зарядів і виявлено, що нехтування залежністю ефективних атомних зарядів від конформації молекули може приводити до похибок модуля дипольного моменту, більших за 100%. Одержані результати можуть бути використані для вдосконалення електростатичних складових існуючих силових полів. |
| publisher |
Publishing house "Academperiodika" |
| publishDate |
2021 |
| url |
https://ujp.bitp.kiev.ua/index.php/ujp/article/view/2021171 |
| work_keys_str_mv |
AT nikolaienkotyu efektivníatomnízarâdikanoníčnih2dezoksiribonukleotidívtaíhnâzaležnístʹvídkonformacíí AT bulavinla efektivníatomnízarâdikanoníčnih2dezoksiribonukleotidívtaíhnâzaležnístʹvídkonformacíí AT hovorundm efektivníatomnízarâdikanoníčnih2dezoksiribonukleotidívtaíhnâzaležnístʹvídkonformacíí AT nikolaienkotyu effectiveatomicchargesofcanonical2deoxyribonucleotidesandtheirconformationaldependences AT bulavinla effectiveatomicchargesofcanonical2deoxyribonucleotidesandtheirconformationaldependences AT hovorundm effectiveatomicchargesofcanonical2deoxyribonucleotidesandtheirconformationaldependences |
| first_indexed |
2023-03-24T08:59:24Z |
| last_indexed |
2023-03-24T08:59:24Z |
| _version_ |
1795757723894153216 |