Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques

Aim. There are several techniques for the identification of hierarchy of dynamic domains in proteins. The goal of this work is to compare systematically two recently developed techniques, HCCP and HDWA,on a set of proteins from diverse structural classes. Methods. HDWA and HCCP techniques are used....

Повний опис

Збережено в:

Бібліографічні деталі
Дата:	2010
Автор:	Yesylevskyy, S.O.
Формат:	Стаття
Мова:	English
Опубліковано:	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2010
Назва видання:	Вiopolymers and Cell
Теми:	Bioinformatics
Онлайн доступ:	http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/154135
Теги:	Додати тег Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:	Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques / S.O. Yesylevskyy // Вiopolymers and Cell. — 2010. — Т. 26, № 4. — С. 311-316. — Бібліогр.: 24 назв. — англ.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

id	irk-123456789-154135
record_format	dspace
spelling	irk-123456789-1541352019-06-16T01:26:02Z Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques Yesylevskyy, S.O. Bioinformatics Aim. There are several techniques for the identification of hierarchy of dynamic domains in proteins. The goal of this work is to compare systematically two recently developed techniques, HCCP and HDWA,on a set of proteins from diverse structural classes. Methods. HDWA and HCCP techniques are used. The HDWA technique is designed to identify hierarchically organized dynamic domains in proteins using the Molecular Dynamics (MD) trajectories, while HCCP utilizes the normal modes of simplified elastic network models. Results. It is shown that the dynamic domains found by HDWA are consistent with the domains identified by HCCP and other techniques. At the same time HDWA identifies flexible mobile loops of proteins correctly, which is hard to achieve with other model-based domain identification techniques. Conclusion. HDWA is shown to be a powerful method of analysis of MD trajectories, which can be used in various areas of protein science. Існує кілька методів для визначення ієрархії динамічних доменів у білках. Мета даної роботи полягала у проведенні систематичного аналізу двох нещодавно створених методів – HCCP та HDWA – на основі тестового набору білків з різних структурних класів. Методи. Використано методи HDWA та HCCP. Перший розроблено для визначення ієрархії доменів з використанням траєкторій молекулярної динаміки, тоді як другий грунтується на нормальних коливаннях спрощеної ела- стичної моделі білка. Результати. Встановлено, що динамічні домени, знайдені методом HDWA, добре узгоджуються з доменами, визначеними методом HCCP та із застосуванням інших підходів. У той же час HDWA правильно визначає рухливі петлі в білках, чого важко досягти іншим способом. Висновки. Показано, що HDWA є потужним методом аналізу траєкторій молекулярної динаміки для багатодоменних білків. Существует несколько методов для определения иерархии динамических доменов в белках. Цель данной работы состояла в систематическом анализе двух недавно созданных методов – HCCP и HDWA – на основе тестового набора белков из разных структурных классов. Методы. Использованы методы HDWA и HCCP. Первый разработан для определения иерархии динамических доменов с использованием траекторий молекулярной динамики, тогда как второй основан на нормальных колебаниях упрощенной эластичной модели белка. Результаты. Установлено, что динамические домены, найденные методом HDWA, хорошо соответствуют доменам, определенным методом HCCP и с применением других подходов. В то же время HDWA правильно определяет подвижные петли в белках, чего трудно достичь другим способом. Выводы. Показано, что HDWA является мощным методом анализа траекторий молекулярной динамики для многодоменных белков. 2010 Article Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques / S.O. Yesylevskyy // Вiopolymers and Cell. — 2010. — Т. 26, № 4. — С. 311-316. — Бібліогр.: 24 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000165 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/154135 577.322 en Вiopolymers and Cell Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection	DSpace DC
language	English
topic	Bioinformatics Bioinformatics
spellingShingle	Bioinformatics Bioinformatics Yesylevskyy, S.O. Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques Вiopolymers and Cell
description	Aim. There are several techniques for the identification of hierarchy of dynamic domains in proteins. The goal of this work is to compare systematically two recently developed techniques, HCCP and HDWA,on a set of proteins from diverse structural classes. Methods. HDWA and HCCP techniques are used. The HDWA technique is designed to identify hierarchically organized dynamic domains in proteins using the Molecular Dynamics (MD) trajectories, while HCCP utilizes the normal modes of simplified elastic network models. Results. It is shown that the dynamic domains found by HDWA are consistent with the domains identified by HCCP and other techniques. At the same time HDWA identifies flexible mobile loops of proteins correctly, which is hard to achieve with other model-based domain identification techniques. Conclusion. HDWA is shown to be a powerful method of analysis of MD trajectories, which can be used in various areas of protein science.
format	Article
author	Yesylevskyy, S.O.
author_facet	Yesylevskyy, S.O.
author_sort	Yesylevskyy, S.O.
title	Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques
title_short	Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques
title_full	Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques
title_fullStr	Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques
title_full_unstemmed	Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques
title_sort	identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of hdwa and hccp techniques
publisher	Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate	2010
topic_facet	Bioinformatics
url	http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/154135
citation_txt	Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques / S.O. Yesylevskyy // Вiopolymers and Cell. — 2010. — Т. 26, № 4. — С. 311-316. — Бібліогр.: 24 назв. — англ.
series	Вiopolymers and Cell
work_keys_str_mv	AT yesylevskyyso identificationofhierarchyofdynamicdomainsinproteinscomparisonofhdwaandhccptechniques
first_indexed	2023-05-20T17:43:44Z
last_indexed	2023-05-20T17:43:44Z
_version_	1796153953876967424

Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques

Репозитарії

Схожі ресурси