Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs
Aim. Production and purification of the recombinant histidine-tagged Y-box- binding protein and study of its interaction with DNA and poly(ADP-ribose). Methods. Ligation-independent cloning, PCR, Sanger sequencing, protein chromatography, polyacrylamide gel electrophoresis, and electrophoresis mobil...
Збережено в:
| Опубліковано в: : | Вiopolymers and Cell |
|---|---|
| Дата: | 2017 |
| Автори: | , , , |
| Формат: | Стаття |
| Мова: | Англійська |
| Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2017
|
| Теми: | |
| Онлайн доступ: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152976 |
| Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
| Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Цитувати: | Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs / E.E. Alemasova, K.N. Naumenko, P.E. Pestryakov, O.I. Lavrik // Вiopolymers and Cell. — 2017. — Т. 33, № 3. — С. 214-220. — Бібліогр.: 8 назв. — англ. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862573892300701696 |
|---|---|
| author | Alemasova, E.E. Naumenko, K.N. Pestryakov, P.E. Lavrik, O.I. |
| author_facet | Alemasova, E.E. Naumenko, K.N. Pestryakov, P.E. Lavrik, O.I. |
| citation_txt | Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs / E.E. Alemasova, K.N. Naumenko, P.E. Pestryakov, O.I. Lavrik // Вiopolymers and Cell. — 2017. — Т. 33, № 3. — С. 214-220. — Бібліогр.: 8 назв. — англ. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Вiopolymers and Cell |
| description | Aim. Production and purification of the recombinant histidine-tagged Y-box- binding protein and study of its interaction with DNA and poly(ADP-ribose). Methods. Ligation-independent cloning, PCR, Sanger sequencing, protein chromatography, polyacrylamide gel electrophoresis, and electrophoresis mobility shift assay. Results. cDNA coding for the YB-1 protein has a previously undocumented two single nucleotide polymorphisms. The expression construct for production of the his-tagged YB-1 protein was designed to simplify the purification procedure and an appropriate protocol for protein purification was developed. Using electrophoresis mobility shift assay, we have shown that poly(ADP-ribose) competes with a double- and single-stranded DNA and RNA for binding to purified recombinant his-tagged YB-1. Conclusions. In the present work we developed and optimized the procedure of the recombinant YB-1 protein production and purification from bacterial cells. We found that poly(ADP-ribose) at high concentration is able to recruit YB-1 protein from the YB-1-DNA and YB-1-RNA complexes, suggesting a possible YB-1 involvement in DNA repair.
Мета. Отримання рекомбінантного гістидин-міченого Y-бокс-зв’язуючий білрк 1 і дослідження його взаємодії з ДНК, РНК та полі (АДФ-рибозою). Методи. Безлігазне клонування, ПЛР, секвенування по Сенгеру, хроматогра-фія, електрофорез в поліакриламідному гелі та метод затримки в гелі. Результати. кДНК YB-1 містить дві раніше недокументовані поодинокі нуклеотидні заміни. Сконструйовано вектор для експресії гистидин-міченого білка YB-1 і розроблена відповідна методика очищення білка. Методом затримки в гелі показано, що полі (АДФ-рибоза) конкурує з одно- і дволанцюговою ДНК, а також РНК, за зв›язування ре-комбінантного гістидин-міченого білка YB-1. Висновки. У цій роботі ми розробили та оптимізували процедуру отримання рекомбінантного білка YB-1 з бактеріальних клітин. Ми встановили, що полі (АДФ-рибоза) у високій концентрації здатна витісняти білок YB-1 з його комплексів з ДНК і РНК, що вказує на можливість участі YB-1 в репарації ДНК.
Цель. Получение рекомбинантного гистидин-меченого Y-бокс-связывающего белка 1 и исследование его взаимо-действий с ДНК, РНК и поли(АДФ-рибозой). Методы. Безлигазное клонирование, ПЦР, секвенирование по Сэнге-ру, хроматография, электрофорез в полиакриламидном геле и метод задержки в геле. Результаты. кДНК YB-1 со-держит две ранее недокументированные одиночные нуклеотидные замены. Сконструирован вектор для экспрес-сии гистидин-меченого белка YB-1 и разработана соответствующая методика очистки белка. Методом задержки в геле показано, что поли(АДФ-рибоза) конкурирует с одно- и двухцепочечными ДНК, а также РНК, за связывание рекомбинантного гистидин-меченого белка YB-1. Выводы. В настоящей работе мы разработали и оптимизировали процедуру получения рекомбинантного белка YB-1 из бактериальных клеток. Мы установили, что поли(АДФ-рибоза) в высокой концентрации способна вытеснять белок YB-1 из его комплексов с ДНК и РНК, что указывает на возможность участия YB-1 в репарации ДНК.
|
| first_indexed | 2025-11-26T08:32:00Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-152976 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | English |
| last_indexed | 2025-11-26T08:32:00Z |
| publishDate | 2017 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Alemasova, E.E. Naumenko, K.N. Pestryakov, P.E. Lavrik, O.I. 2019-06-13T11:55:43Z 2019-06-13T11:55:43Z 2017 Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs / E.E. Alemasova, K.N. Naumenko, P.E. Pestryakov, O.I. Lavrik // Вiopolymers and Cell. — 2017. — Т. 33, № 3. — С. 214-220. — Бібліогр.: 8 назв. — англ. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000954 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152976 577.112.083 Aim. Production and purification of the recombinant histidine-tagged Y-box- binding protein and study of its interaction with DNA and poly(ADP-ribose). Methods. Ligation-independent cloning, PCR, Sanger sequencing, protein chromatography, polyacrylamide gel electrophoresis, and electrophoresis mobility shift assay. Results. cDNA coding for the YB-1 protein has a previously undocumented two single nucleotide polymorphisms. The expression construct for production of the his-tagged YB-1 protein was designed to simplify the purification procedure and an appropriate protocol for protein purification was developed. Using electrophoresis mobility shift assay, we have shown that poly(ADP-ribose) competes with a double- and single-stranded DNA and RNA for binding to purified recombinant his-tagged YB-1. Conclusions. In the present work we developed and optimized the procedure of the recombinant YB-1 protein production and purification from bacterial cells. We found that poly(ADP-ribose) at high concentration is able to recruit YB-1 protein from the YB-1-DNA and YB-1-RNA complexes, suggesting a possible YB-1 involvement in DNA repair. Мета. Отримання рекомбінантного гістидин-міченого Y-бокс-зв’язуючий білрк 1 і дослідження його взаємодії з ДНК, РНК та полі (АДФ-рибозою). Методи. Безлігазне клонування, ПЛР, секвенування по Сенгеру, хроматогра-фія, електрофорез в поліакриламідному гелі та метод затримки в гелі. Результати. кДНК YB-1 містить дві раніше недокументовані поодинокі нуклеотидні заміни. Сконструйовано вектор для експресії гистидин-міченого білка YB-1 і розроблена відповідна методика очищення білка. Методом затримки в гелі показано, що полі (АДФ-рибоза) конкурує з одно- і дволанцюговою ДНК, а також РНК, за зв›язування ре-комбінантного гістидин-міченого білка YB-1. Висновки. У цій роботі ми розробили та оптимізували процедуру отримання рекомбінантного білка YB-1 з бактеріальних клітин. Ми встановили, що полі (АДФ-рибоза) у високій концентрації здатна витісняти білок YB-1 з його комплексів з ДНК і РНК, що вказує на можливість участі YB-1 в репарації ДНК. Цель. Получение рекомбинантного гистидин-меченого Y-бокс-связывающего белка 1 и исследование его взаимо-действий с ДНК, РНК и поли(АДФ-рибозой). Методы. Безлигазное клонирование, ПЦР, секвенирование по Сэнге-ру, хроматография, электрофорез в полиакриламидном геле и метод задержки в геле. Результаты. кДНК YB-1 со-держит две ранее недокументированные одиночные нуклеотидные замены. Сконструирован вектор для экспрес-сии гистидин-меченого белка YB-1 и разработана соответствующая методика очистки белка. Методом задержки в геле показано, что поли(АДФ-рибоза) конкурирует с одно- и двухцепочечными ДНК, а также РНК, за связывание рекомбинантного гистидин-меченого белка YB-1. Выводы. В настоящей работе мы разработали и оптимизировали процедуру получения рекомбинантного белка YB-1 из бактериальных клеток. Мы установили, что поли(АДФ-рибоза) в высокой концентрации способна вытеснять белок YB-1 из его комплексов с ДНК и РНК, что указывает на возможность участия YB-1 в репарации ДНК. This work was supported by RFBR grant 16-54-76010; GDRI program; Russian Ministry of Science and Education under 5-100 Excellence Program; Russian State funded budget project (VI.57.1.2, 0309-2016-0001); and educational fellowship from President of Russian Federation to young scientists and PhD students to AEE. en Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вiopolymers and Cell Molecular and Cell Biotechnologies Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs Отримання рекомбінантного аналога Y-бокс-зв’язуючого білка 1 і його взаємодію з полі (АДФ-рибозою), РНК, одно- і дволанцюговою ДНК Получение рекомбинантного аналога Y-бокс-связывающего белка 1 и его взаимодействие с поли(АДФ-рибозой), РНК, одно- и двухцепочечной ДНК Article published earlier |
| spellingShingle | Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs Alemasova, E.E. Naumenko, K.N. Pestryakov, P.E. Lavrik, O.I. Molecular and Cell Biotechnologies |
| title | Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs |
| title_alt | Отримання рекомбінантного аналога Y-бокс-зв’язуючого білка 1 і його взаємодію з полі (АДФ-рибозою), РНК, одно- і дволанцюговою ДНК Получение рекомбинантного аналога Y-бокс-связывающего белка 1 и его взаимодействие с поли(АДФ-рибозой), РНК, одно- и двухцепочечной ДНК |
| title_full | Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs |
| title_fullStr | Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs |
| title_full_unstemmed | Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs |
| title_short | Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs |
| title_sort | production, purification of the recombinant analog of y-box-binding protein and its interaction with poly(adp-ribose), rna, single- and double-stranded dnas |
| topic | Molecular and Cell Biotechnologies |
| topic_facet | Molecular and Cell Biotechnologies |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/152976 |
| work_keys_str_mv | AT alemasovaee productionpurificationoftherecombinantanalogofyboxbindingproteinanditsinteractionwithpolyadpribosernasingleanddoublestrandeddnas AT naumenkokn productionpurificationoftherecombinantanalogofyboxbindingproteinanditsinteractionwithpolyadpribosernasingleanddoublestrandeddnas AT pestryakovpe productionpurificationoftherecombinantanalogofyboxbindingproteinanditsinteractionwithpolyadpribosernasingleanddoublestrandeddnas AT lavrikoi productionpurificationoftherecombinantanalogofyboxbindingproteinanditsinteractionwithpolyadpribosernasingleanddoublestrandeddnas AT alemasovaee otrimannârekombínantnogoanalogaybokszvâzuûčogobílka1íiogovzaêmodíûzpolíadfribozoûrnkodnoídvolancûgovoûdnk AT naumenkokn otrimannârekombínantnogoanalogaybokszvâzuûčogobílka1íiogovzaêmodíûzpolíadfribozoûrnkodnoídvolancûgovoûdnk AT pestryakovpe otrimannârekombínantnogoanalogaybokszvâzuûčogobílka1íiogovzaêmodíûzpolíadfribozoûrnkodnoídvolancûgovoûdnk AT lavrikoi otrimannârekombínantnogoanalogaybokszvâzuûčogobílka1íiogovzaêmodíûzpolíadfribozoûrnkodnoídvolancûgovoûdnk AT alemasovaee polučenierekombinantnogoanalogaybokssvâzyvaûŝegobelka1iegovzaimodeistviespoliadfribozoirnkodnoidvuhcepočečnoidnk AT naumenkokn polučenierekombinantnogoanalogaybokssvâzyvaûŝegobelka1iegovzaimodeistviespoliadfribozoirnkodnoidvuhcepočečnoidnk AT pestryakovpe polučenierekombinantnogoanalogaybokssvâzyvaûŝegobelka1iegovzaimodeistviespoliadfribozoirnkodnoidvuhcepočečnoidnk AT lavrikoi polučenierekombinantnogoanalogaybokssvâzyvaûŝegobelka1iegovzaimodeistviespoliadfribozoirnkodnoidvuhcepočečnoidnk |