Аффинная модификация хроматина алкилирующим производным гексаде- кадезоксириботимидилата
Показана специфическая модификация поли (dA) -трактов ДНК в составе хроматина и интактных ядер из эукариотических клеток производным гексадекадезоксириботимидилата, несущего на 5'-конце остаток 4-(N-2-хлорэтил-N-метиламино)бензиламина. Исследована зависимость доступности ДНК в составе хроматина...
Saved in:
| Date: | 1989 |
|---|---|
| Main Authors: | , , , , , |
| Format: | Article |
| Language: | Russian |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
1989
|
| Series: | Биополимеры и клетка |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154972 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Аффинная модификация хроматина алкилирующим производным гексаде- кадезоксириботимидилата / В.В. Власов, Η.Д. Кобец, Ε.Л. Черноловская, Ε.Μ. Иванова, В.Μ. Субботин, Л.А. Якубов // Биополимеры и клетка. — 1989. — Т. 5, № 3. — С. 49-53. — Бібліогр.: 14 назв. — рос. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| id |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-154972 |
|---|---|
| record_format |
dspace |
| spelling |
nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-1549722025-02-09T17:02:26Z Аффинная модификация хроматина алкилирующим производным гексаде- кадезоксириботимидилата Афінна модифікація хроматину алкілуючим похідним гексадекадезоксириботимідилату Affinity modification of chromatin with an alkylating hexadecadeoxyribothymidylate derivative Власов, В.В. Кобец, Н.Д. Черноловская, Е.Л. Иванова, Е.М. Субботин, В.М. Якубов, Л.А. Структура и функции биополимеров Показана специфическая модификация поли (dA) -трактов ДНК в составе хроматина и интактных ядер из эукариотических клеток производным гексадекадезоксириботимидилата, несущего на 5'-конце остаток 4-(N-2-хлорэтил-N-метиламино)бензиламина. Исследована зависимость доступности ДНК в составе хроматина для аффинной модификации от структурно-функциональных особенностей препаратов хроматина. Показано специфічну модифікацію полі (dA)-трактів ДНК у складі хроматину та інтактних ядер з еукаріотичних клітин похідним гексадекадезоксириботимідилату, що несе на 5'-кінці залишок 4-(N-2-хлоретил-N-метиламіно)бензиламіну. Досліджено залежність доступності ДНК у складі хроматину для афінної модифікації від структурно-функціональних особливостей препаратів хроматину. Alkylating derivative of hexadecadeoxyribothymidylate bearing 4-(N-2-chloroethyl-N-methylamino) benzylamine residue on its 5'-terminal phosphate was used for affinity modification of complementary poly (A) sequences in chromatin DNA. The DNA reactivity was not influenced by transcription and replication processes. DNA in suspension chromatin fraction and in intact nuclei was more readily alkylated as compared to that from the soluble chromatin fraction. This effect was attributed to higher superhelicity of DNA in intact nuclear DNA-protein structures. Protein-free isolated DNA was by several orders of magnitude less reactive than the chromatin DNA. Reaction of alkylating oligonucleotide derivatives with DNA is the sequence specific process, since it is suppressed by excess of an arbitrary hexadecanucleotide. 1989 Article Аффинная модификация хроматина алкилирующим производным гексаде- кадезоксириботимидилата / В.В. Власов, Η.Д. Кобец, Ε.Л. Черноловская, Ε.Μ. Иванова, В.Μ. Субботин, Л.А. Якубов // Биополимеры и клетка. — 1989. — Т. 5, № 3. — С. 49-53. — Бібліогр.: 14 назв. — рос. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.0000C0 https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154972 547.963.32 ru Биополимеры и клетка application/pdf Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| collection |
DSpace DC |
| language |
Russian |
| topic |
Структура и функции биополимеров Структура и функции биополимеров |
| spellingShingle |
Структура и функции биополимеров Структура и функции биополимеров Власов, В.В. Кобец, Н.Д. Черноловская, Е.Л. Иванова, Е.М. Субботин, В.М. Якубов, Л.А. Аффинная модификация хроматина алкилирующим производным гексаде- кадезоксириботимидилата Биополимеры и клетка |
| description |
Показана специфическая модификация поли (dA) -трактов ДНК в составе хроматина и интактных ядер из эукариотических клеток производным гексадекадезоксириботимидилата, несущего на 5'-конце остаток 4-(N-2-хлорэтил-N-метиламино)бензиламина. Исследована зависимость доступности ДНК в составе хроматина для аффинной модификации от структурно-функциональных особенностей препаратов хроматина. |
| format |
Article |
| author |
Власов, В.В. Кобец, Н.Д. Черноловская, Е.Л. Иванова, Е.М. Субботин, В.М. Якубов, Л.А. |
| author_facet |
Власов, В.В. Кобец, Н.Д. Черноловская, Е.Л. Иванова, Е.М. Субботин, В.М. Якубов, Л.А. |
| author_sort |
Власов, В.В. |
| title |
Аффинная модификация хроматина алкилирующим производным гексаде- кадезоксириботимидилата |
| title_short |
Аффинная модификация хроматина алкилирующим производным гексаде- кадезоксириботимидилата |
| title_full |
Аффинная модификация хроматина алкилирующим производным гексаде- кадезоксириботимидилата |
| title_fullStr |
Аффинная модификация хроматина алкилирующим производным гексаде- кадезоксириботимидилата |
| title_full_unstemmed |
Аффинная модификация хроматина алкилирующим производным гексаде- кадезоксириботимидилата |
| title_sort |
аффинная модификация хроматина алкилирующим производным гексаде- кадезоксириботимидилата |
| publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| publishDate |
1989 |
| topic_facet |
Структура и функции биополимеров |
| url |
https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/154972 |
| citation_txt |
Аффинная модификация хроматина алкилирующим производным гексаде- кадезоксириботимидилата / В.В. Власов, Η.Д. Кобец, Ε.Л. Черноловская, Ε.Μ. Иванова, В.Μ. Субботин, Л.А. Якубов // Биополимеры и клетка. — 1989. — Т. 5, № 3. — С. 49-53. — Бібліогр.: 14 назв. — рос. |
| series |
Биополимеры и клетка |
| work_keys_str_mv |
AT vlasovvv affinnaâmodifikaciâhromatinaalkiliruûŝimproizvodnymgeksadekadezoksiribotimidilata AT kobecnd affinnaâmodifikaciâhromatinaalkiliruûŝimproizvodnymgeksadekadezoksiribotimidilata AT černolovskaâel affinnaâmodifikaciâhromatinaalkiliruûŝimproizvodnymgeksadekadezoksiribotimidilata AT ivanovaem affinnaâmodifikaciâhromatinaalkiliruûŝimproizvodnymgeksadekadezoksiribotimidilata AT subbotinvm affinnaâmodifikaciâhromatinaalkiliruûŝimproizvodnymgeksadekadezoksiribotimidilata AT âkubovla affinnaâmodifikaciâhromatinaalkiliruûŝimproizvodnymgeksadekadezoksiribotimidilata AT vlasovvv afínnamodifíkacíâhromatinualkíluûčimpohídnimgeksadekadezoksiribotimídilatu AT kobecnd afínnamodifíkacíâhromatinualkíluûčimpohídnimgeksadekadezoksiribotimídilatu AT černolovskaâel afínnamodifíkacíâhromatinualkíluûčimpohídnimgeksadekadezoksiribotimídilatu AT ivanovaem afínnamodifíkacíâhromatinualkíluûčimpohídnimgeksadekadezoksiribotimídilatu AT subbotinvm afínnamodifíkacíâhromatinualkíluûčimpohídnimgeksadekadezoksiribotimídilatu AT âkubovla afínnamodifíkacíâhromatinualkíluûčimpohídnimgeksadekadezoksiribotimídilatu AT vlasovvv affinitymodificationofchromatinwithanalkylatinghexadecadeoxyribothymidylatederivative AT kobecnd affinitymodificationofchromatinwithanalkylatinghexadecadeoxyribothymidylatederivative AT černolovskaâel affinitymodificationofchromatinwithanalkylatinghexadecadeoxyribothymidylatederivative AT ivanovaem affinitymodificationofchromatinwithanalkylatinghexadecadeoxyribothymidylatederivative AT subbotinvm affinitymodificationofchromatinwithanalkylatinghexadecadeoxyribothymidylatederivative AT âkubovla affinitymodificationofchromatinwithanalkylatinghexadecadeoxyribothymidylatederivative |
| first_indexed |
2025-11-28T07:51:41Z |
| last_indexed |
2025-11-28T07:51:41Z |
| _version_ |
1850019741262938112 |
| fulltext |
STABILITY OF SECONDARY STRUCTURE OF THE O L I G O N U C L E O T I D E
SUBSTRATES. T H E E F F E C T O F ECODAM DNA-METHYLASE
N. I. Rechkunova, S. G. Lokhovt Yu. A. Gorbunovl V. V. Zinoviev,
Ya. I. Buryanov, E. G. Malygin
All-Union Research Inst i tu te of Molecular Biology, Koltsovo, Novosibirsk Region
Inst i tute of Biochemistry and Physiology of Microorganisms,
Academy of Sciences of the USSR, Pushchino, Moscow Region
Inst i tute of Bioorganic Chemistry,
Siberian Branch of the Academy of Sciences of the USSR, Novosibirsk
S u m m a r y
Oligonucleotide complexes conta in ing var ious defects in Ecodam methylase recognit ion
site have been invest igated for their stability. Par t ia l duplex s t ructure of the s ingle-s t ran-
ded 20-base long oligonucleotide conta in ing a self-complementary hexanucleotide sequ-
ence is observed only below 5 °С. Other complexes are mel t ing within the nar row tempe-
ra ture r ange of 22-31 °С in 30 m M of potass ium-phosphate buffer , pH 7.8. Presence of
Ecodatn methylase resul ts in an increase of complex mel t ing point at least by 5 °С.
УДК 547.963.32
В. В. Власов, Η. Д. Кобец, Ε. Л. Черноловская, Ε. Μ. Иванова,
В. Μ. Субботин, Л. А. Якубов
АФФИННАЯ МОДИФИКАЦИЯ ХРОМАТИНА АЛКИЛИРУЮЩИМ
ПРОИЗВОДНЫМ ГЕКСАДЕКАДЕЗОКСИРИБОТИМИДИЛАТА
Показана специфическая модификация поли (dA) -трактов ДНК в составе хроматина и
интактных ядер из эукариотических клеток производным гексадекадезоксириботимиди-
лата, несущего на 5'-конце остаток 4-(N-2-хлорэтил-N-метиламино)бензиламина. Иссле-
дована зависимость доступности ДНК в составе хроматина для аффинной модифика-
ции от структурно-функциональных особенностей препаратов хроматина.
Введение. Ранее нами была показана возможность комплементарно
адресованной модификации хроматина и метафазных хромосом по по-
ли (dA)-участкам Д Н К с помощью алкилирующих производных олиго-
дезоксирибонуклеотидов [1, 2] . Наиболее вероятным представляется
взаимодействие производных олигонуклеотидов с одноцепочечными уча-
стками Д Н К в составе хроматина, которые, как свидетельствуют лите-
ратурные данные, постоянно присутствуют в Д Н К сложноорганизован-
ных ядерных структур [3, 4] и могут появляться в процессе функциони-
рования клетки, в ходе репликации, транскрипции, могут быть резуль-
татом взаимодействия со специфическими белками, способными распле-
тать двойную спираль или результатом наличия в Д Н К суперспирали-
зованных доменов.
Целью настоящей работы было выяснение влияния структурно-
функциональных характеристик хроматина на доступность Д Н К для
комплементарно адресованной модификации по поли (dA)-трактам.
Материалы и методы. Дезоксирибонуклеотиды (pdT)i 6 и (pdN)*i6 синтезировали
по методу, описанному в работе [5]. 3 2Р-радиоактивную метку в олигонуклеотиды по
5'-концу вводили ферментативно по методу [6]. Ядра из клеток печени крысы выде-
ляли по [8], из эритроцитов цыплят — по [9].
«Растворимый» хроматин получали после центрифугирования при 15000 g в те-
чение 10 мин «суспензионной» фракции хроматина, образованной при механическом
разрушении ядер в 0,001 M трис-НС1-буфере, рН 8,0.
Интактные ядра алкилировали 5'-фосфамидным производным олиго(сІТ) в буфе-
ре А (15 мМ трис-HCl, рН 7,3, 0,34 M сахароза, 4 мМ ЭДТА, 60 мМ KCl, 15 мМ NaCl,
* d (pCpApTpGpCpApApApApCpCpTpTpCpCpC).
ISSN 0233-7657. БИОПОЛИМЕРЫ И КЛЕТКА. 1989. Т. 5. № 3 4 — 9-92 49
4 мМ CaCl2, 0,15 мМ спермин, 0,5 мМ спермидин, 0,1 мМ ФМСФ), «растворимый»
хроматин — в буфере Б (0,01 M трис-HCl, рН 7,6, 0,14 M NaCl) . Реакционную смесь
инкубировали при 25 °С в течение 18—20 ч (концентрация реагента ~ 10~ϋ Μ) .
По окончании инкубации выделяли модифицированную Д Н К методом фенольно»
депротеинизации при рН 8,3 в присутствии 0,5 %-ного DS-Na и удаляя следы Р Н К
с помощью РНКазной обработки, как описано в [2], либо разделяли Д Н К и белки
ультрацентрифугированием па L8M, ротор TST60, в течение 18 ч при 36000 об/мин в
0,2 %-ном DS-Na, 7 M мочевине, 2 M NaCl.
Рис. 1. Относительная степень модификации Д Н К в составе хроматина из клеток эука-
риот алкилирующим производным (pdT) к,: а — «растворимый» хроматин; б — «суспен-
зионный» хроматин; в — иптактные ядра клеток нормальной ( І ) , регенерирующей (2)
печени крыс и эритроцитов цыплят (5). Светлые и темные столбики — в присутствии
10-кратных избытков (pdN)i, ; и свободного (pdT)i 6 соответственно; заштрихованный
одиночный — изолированная Д Н К
Fig. 1. Relative extent of DNA modification in the composition of chromatin from euca-
ryotic cells by a lkyla t ing derivative ( P d T ) 1 , a — «dissolved» chromatin; б — «suspensi-
on» chromatin; в — intact nuclei of cells from the normal ( Л , regenera t ing (2) liver of
r a t s and erythrocytes of chickens (3). Light and dark columns — in the presence of
10-fold excess of (pdN)i6 and free (pdT) к,, respectively; cross-hatched ones —iso la -
ted DNA
Рис. 2. Зависимость степени модификации Д Н К от концентрации NaCl
Fig. 2. Dependence of chromatin DNA modification extent on the NaCl concentrat ion
Д л я определения степени модификации Д Н К отделяли от непрореагировавшего
производного олигонуклеотида гель-фильтрацией на сефадексе G-100 в денатурирую-
щих условиях (7 M мочевине). Гель-электрофорез модифицированной Д Н К проводили
в 1 %-ном агарозном геле при напряжении —200 В в буферном растворе (0,05 M
трис-HCl, рН 8,4, 0,05 M борат калия, 1 мМ ЭДТА) . Агарозньш гель вымачивали 2 ч
в буфере, содержащем 7 M мочевину, 0,05 трис-HCl, 0,05 M борат калия, 1 мМ ЭДТА,
рН 8,4. По окончании электрофореза гель окрашивали бромистым этидием, фотогра-
фировали, в течение нескольких часов отмывали в большом количестве воды от мо-
чевины, высушивали и радиоавтографировали.
Солевую экстракцию белков хроматина проводили, встряхивая суспензию ядер
в буфере А, содержащем вместо 15 мМ NaCl 0,35; 0,6 и 2 M NaCl, в течение 2 ч при
4 °С. Ядра осаждали центрифугированием (2000 об/мин, 5 мин) на настольной центри-
фуге (тип 310 В, Польша) , отмывали от соли двукратным переосаждением в буфере А.
Результаты и обсуждение. Комплексообразование и реакцию алки-
лирования RCl-производным олигодезоксириботимидилата с «суспензи-
онной» фракцией хроматина и интактными ядрами проводили при 4 мМ
CaClo1 необходимом для поддержания высших уровнен организации
хроматина. На рис. 1 представлены данные по определению относитель-
ных степеней модификации Д Н К RClCi I 2 NH(PdT)I 6 в составе интакт-
ных ядер и «суспензионного» хроматина, полученного механическим
разрушением ядерной мембраны. Видно, что наличие целостной ядер-
ной мембраны не препятствует проникновению олигонуклеотида, и сте-
50 ISSN 0233-7057. БИОПОЛИМЕРЫ И КЛЕТКА. 1989. Т. 5. № 3
пень модификации Д Н К в обоих препаратах примерно одинакова—•
(2+0 ,2 ) · IO-5 молей ковалентно присоединенного олигонуклеотида на
моль нуклеотидов Д Н К .
Регенерирующая печень крысы является классическим объектом
изучения клеточных процессов в условиях интенсивной репликации. Со-
гласно [10], через 22—24 ч после частичной гепатоэктомии в клетках
наблюдается максимум репликации. Ядра из интактной и регенерирую-
щей печени крыс обрабатывали алкилирующим производным олиго(сІТ).
Д Н К в обоих случаях оказалась одинаково доступной для комплемен-
тарно адресованной модификации. Данные представлены на рис. 1. Воз-
можно, этот результат свидетельствует о том, что появление реплика-
ционных вилок не увеличивает в значительной степени доли доступных
поли (dA)-трактов для комплементарно адресованного реагента. Анало-
гичный результат получен при сравнении степени модификации Д Н К
по поли(dA)-трактам ядер из несинхронизированных и синхронизиро-
ванных в S-фазе с помощью двойного тимидинового блока клеток мы-
шиных фибробластов.
Полностью репрессированный как в транскрипции, так и в репли-
кации хроматин из эритроцитов цыпленка модифицируется по по-
ли (dA)-трактам Д Н К с такой же эффективностью, что и хроматин из
регенерирующей печени крысы. Это свидетельствует, по нашему мне-
нию, о том, что активация процессов транскрипции и репликации не
увеличивает доступности поли (dA)-участков Д Н К для комплементар-
но адресованной модификации (рис. 1).
Известно, что «растворимая» фракция хроматина в буфере, не со-
держащем двухвалентных ионов, представлена в основном развернуты-
ми нуклеосомными цепями в отличие от «суспензионного» хроматина и
интактных ядер. Степень модификации Д Н К в составе «растворимой»
фракции хроматина на порядок ниже, чем степень модификации Д Н К
в составе «суспензионного» хроматина и интактных ядер. Это, скорее
всего, связано с наличием в составе «суспензионного» хроматина и, ес-
тественно, в составе ядер петлеобразных структур, образованных Д Н П -
фибриллами, закрепленными на ядерном матриксе, что приводит к по-
вышению уровня суперспирализации ДНК-
Изолированная Д Н К практически не модифицируется RCl-произ-
водным олиго(dТ) . Это, по нашему мнению, свидетельствует о том, что
доступность поли (dA)-участков Д Н К для комплементарно адресован-
ной модификации есть результат специфичного взаимодействия с опре-
деленными белками хроматина, результат специфической структурной
организации хроматина.
Д л я доказательства специфичности алкилирования Д Н К использо-
вали опыты по снижению доли ковалентно присоединенного реагента в
присутствии нерадиоактивного олигодезоксириботимидилата.
Относительная степень модификации Д Н К в присутствии 10-крат-
ного молярного избытка олигодезоксириботимидилата по отношению к
RCl-производному олигодезоксириботимидилата в 10 раз ниже, чем сте-
пень модификации Д Н К в отсутствие свободного олиготимидилата, в то
время как олигодезоксирибонуклеотид примерно той же длины, но дру-
гой последовательности— (pdN) J6 — не ингибирует ковалентного при-
соединения RClCH 2 NH(PdT) I6 к Д Н К . Эти результаты подтверждают
специфичность алкилирования Д Н К хроматина по поли (dA)-трактам с
помощью используемого реагента RClCH 2 NH (pdT) ]6 (данные представ-
лены на рис. 1).
Известно, что среди белков, входящих в состав хроматина, есть
ферменты, способные изменять степень суперспирализации-—ДНК-то-
поизомеразы. Оптимальные условия протекания реакции релаксации с
участием топоизомеразы I предполагают высокие концентрации одно-
валентных ионов. Максимальная активность этой группы ферментов
наблюдается при концентрации NaCl 0,15—0,2 M [11].
При исследовании зависимости относительной степени модифика-
ции Д Н К в составе интактных ядер от ионной силы раствора была об-
ISSN 0233-7057. БИОПОЛИМЕРЫ И КЛЕТКА. 1989. Т. 5. JVfe 3 51
наружена интересная закономерность: в интервале концентрации NaCl
0,15—0,2 М, т. е. когда наблюдается максимальная активность эндо-
генной топоизомеразы I, относительная степень модификации Д Н К су-
щественно ниже, чем при концентрации NaCl 0—0,1 M (рис. 2) .
Возможно, это связано с разным уровнем суперспирализации Д Н К
в разных ионных условиях и именно суперспирализованные домены
Д Н К , содержащие поли (dA)-тракты, являются наиболее уязвимыми
местами для комплементарно адресованной модификации.
Д л я исследования влияния изменения структуры хроматина за счет
удаления из него определенных групп белков на степень доступности
Д Н К для комплементарно адресованной модификации RCl (pdT) 16 бы-
ли проведены эксперименты с дезоксирибонуклеопротеидами ДНП-0,35,
ДНП-0,6 , ДНП-2 , полученными из хроматина обработкой соответствен-
но 0,35; 0,6 и 2 M NaCl.
Известно, что при обработке хроматина 0,35 M NaCl удается от-
делить от него фракцию негистоновых белков, содержащих HMG-белки
(high mobility group) , наиболее изученные из всех негистоновых бел-
ков [12]. Удаление этой группы белков из хроматина практически не
влияет на величину относительной степени модификации поли(сІА)-
участков Д Н К адресованным реагентом (таблица) .
Обработка хроматина 0,6 M NaCl приводит к удалению наряду с
рядом негистоновых белков гистона H l (ДНП-0,6) [13]. При этом сте-
пень модификации Д Н К несколько увеличивается, возможно, за счет
того, что удаление белка H l , связывающегося с линкерными участка-
ми Д Н К хроматина, освобождает их как потенциально более доступ-
ных для комплементарно адресованной модификации RCl-производ-
ным олиго(сІТ). Интересно отметить, что в экспериментах по аффинной
модификации Д Н К в составе «растворимого» хроматина из клеток пла-
центы человека Д Н К в составе ДНП-0,6, полученного обработкой «ра-
створимого» хроматина 0,6 M NaCl, примерно в 2 раза более доступна
для алкилирования олиго(сІТ) по сравнению с исходным хромати-
ном [14].
При обработке хроматина 2 M NaCl, когда вместе с основной мас-
сой негистоновых белков удаляются от Д Н К и все гистоны, поли(сІА)-
участки Д Н К становятся менее доступными для комплементарно адре-
сованной модификации RCl (pdT) 16. ДНП-2 , полученные при такой об-
работке хроматина, представляют собой структуру, выявляемую на
электронно-микроскопических препаратах как сохранившиеся нити или
фибриллы Д Н К , закрепляющиеся в виде петель на ядерном матриксе.
Результаты, полученные нами, по всей видимости, свидетельствуют об
определенном вкладе специфических хроматиновых белков, сохраняю-
щихся в структуре хроматина при обработке его 0,6 M NaCl, но пол-
Доступность поли(дА)-трактов ДНК для комплементарно адресованной
модификации алкилирующим производным (pdT) IG в составе umaKTHOZO хроматина
и ДНП, лишенных групп белков
Reactivity of poly(dA)sequences in DNA, chromatin and partially protein-depleted
chromatin toward alkylating derivative of (pdT) 16
B присутствии
Ковалентное присоединение
реагента
- (PdT)16 (PdN) i e
Д Н К в составе
интактных ядер из печени
крысы
ДНП-0,35
ДНП-0,6
ДНП-2
2,0+0,2
1,8-1-0,2
2,5+0,1
1,1 + 0,1
0,2+0,05 1,9+0,2
П р и м е ч а н и е . Величины приведены в молях реагента на моль нуклеотидов
Д Н К · Ю5.
5 2 ISSN 0233-7057. Б И О П О Л И М Е Р Ы И КЛЕТКА. 1989. Т. 5. № 3
ностью исчезающих при обработке 2 M NaCl, в существование доступ-
ных для комплементарно адресованной модификации поли (dA)-трактов
Д Н К , скорее всего, в существование расплетенных одноцепочечных уча-
стков Д Н К , обогащенных поли (dA)-повторами.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Специфическая химическая модификация б'-алкилирующим производным олиго(сіТ)
Д Н К хроматина плаценты человека / В. В. Власов, Ε. М. Иванова, Н. Д. Кобец
и др. / / Д о к л . АН СССР.— 1985,—282, № 1.—С. 196—199.
2. Комплементарно-адресованная модификация Д Н К в составе метафазных хромосом
и хроматина / Н. Д. Беляев, В. В. Власов, Н. Д. Кобец и д р . / / Т а м же.— 1986.—
291, JVb 1.—С. 234—236.
3. Collins J. Μ. Deoxyribonucleic acid structure in human diploid fibroblasts stimula-
ted to p r o l i f e r a t e / / J . Biol. C h e m . - 1977,—252, N 1.—P. 141 — 146.
4. Carnevalq F., Filiciny P. Chromatine structure / / Chromosoma.— 1981.—82, N 2.—
P. 377—383.
5. Зарытова В. Φ., Иванова Ε. Λ1, Романенко В. П. Синтез олигонуклеотидов в хло-
роформе триэфирным методом / / Биоорг. химия.— 1983.—9, № 4 . — С. 516—521.
6. Berkner К. L., Folk Ψ. R. Polynucleotide kinase exchange r eac t ion / / J . Biol. Cliem.—
1977.-252, N 10.—P. 3176—3183.
7. Мишенина Г. Φ., Саму ков В. В. Селективная модификация монозамещенных фос-
фатных групп в 5-моно- и полифосфатных нуклеозидах и олигонуклеотидах / / Био-
орг. химия.— 1979.—5, .Nb 6.— С. 886—893.
8. Primaru organization of the nucleosome core p a r t i c l e s / V . V. Shick, Α. V. Belyavsky,
S. G. Bavykin, A. D. Mirzabekov / / J. Мої. Biol.— 1980,—139, N 3 .—P. 491—517.
9. William F. Marzluff, Ru Chin C. Huang. Transcription of RNA in isolated nuclei / /
Trnnscription and Translation / Ed. B. Hames.— Oxford, 1984.— P. 89.
10. Дашкевич В. С. Исследование состояния Д Н К в клетках злокачественной опухоли
в эмбриональной ткани / / Изв. Сиб. отд-ния АН СССР.— 1963.—6, № 1.— С. 136—
140.
11. Терещенко О. ДХайдарова Н. В. ДНК-топоизомеразы эукариот: свойства и воз-
можные функции/ /Успехи соврем, биологии.— 1983.—96, .Nb 1(4) .—С. 28—41.
12. Levy W. В., Connor W., Dixon G. Η. A subset of trout testis nucleosomes enriched
in transcribed DNA sequences contains HMG proteins as major structural compo-
n e n t s / / J . Biol. Chem.-1979.—254, N 3 .—P. 609—620.
13. Получение и свойства хромосомных дезоксирибонуклеопротеидных комплексов /
Г. П. Георгиев, Ю. В. Ильин, А. С. Тихоненко и др. / / Молекуляр. биология.—
1967—1, № 6.—С. 815—829.
14. Nuchotide and oligonucleotide derivatives as enzymes and nucleic acids targeted irre-
versible inhibitors / V. V. Vlassov, A. A. Godovikov, N. D. Kobets et a l . / / A d v . En-
zyme Regul.— 1985.—24.—P. 301—320.
Ин-т биоорг. химии Сиб. отд-ния АН СССР, Получено 10.12.87
Новосибирск
AFFINITY MODIFICATION OF CHROMATIN WJTH AN ALKYLATING
HEXADECADEOXYRIBOTHYMIDYLATE DERIVATIVE
V. V. Vlassov, N. D. Kobetz, E. L. Chernolovskayα, Ε. M. Ivanova,
V. M. Subbotin, L. A. Yakubov
Institute of Bioorganic Chemistry, Novosibirsk
S u m m a r y
Alkylatin g derivative of hexadecadeoxyribothymidylate bearing 4-(N-2-chloroethyl-N-
methylamino) benzylamine residue on its 5'-terminal phosphate was used for affinity
modification of complementary poly (A) sequences in chromatin DNA. The DNA reactivi-
ty was not influenced by transcription and replication processes. DNA in suspension
chromatin fraction and in intact nuclei was more readily alkylated as compared to that
from the soluble chromatin fraction. This effect was attributed to higher superhelicity of
DNA in intact nuclear DNA-protein structures. Protein-free isolated DNA was by seve-
ral orders of magnitude less reactive than the chromatin DNA. Reaction of alkylating
oligonucleotide derivatives with DNA is the sequence specific process, since it is supp-
ressed by excess of an arbitrary hexadecanucleotide.
53 ISSN 0233-7057. БИОПОЛИМЕРЫ И КЛЕТКА. 1989. Т. 5. № 3
|