Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі
За даними ab initio розрахунків (МР2/6-ЗЮ**/1HF/6-31G**) у вакуумі, що є прийнятною імітацією гідрофобного оточення у місцях білково-нуклеїнових контактів, специфічна взаємодія ацетат-іона – моделі депротонованої карбоксильної групи аспарагінової та глутамінової кислот – з пурином переводить нуклео...
Saved in:
| Published in: | Біополімери і клітина |
|---|---|
| Date: | 2001 |
| Main Authors: | , , , |
| Format: | Article |
| Language: | Ukrainian |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2001
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155890 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі / С.П. Самійленко, Т.В. Богдан, С.А. Тригубенко, Д.М. Говорун // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 6. — С. 540-545. — Бібліогр.: 33 назв. — укр. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| _version_ | 1862556007999209472 |
|---|---|
| author | Самійленко, С.П. Богдан, Т.В. Тригубенко, С.А. Говорун, Д.М. |
| author_facet | Самійленко, С.П. Богдан, Т.В. Тригубенко, С.А. Говорун, Д.М. |
| citation_txt | Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі / С.П. Самійленко, Т.В. Богдан, С.А. Тригубенко, Д.М. Говорун // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 6. — С. 540-545. — Бібліогр.: 33 назв. — укр. |
| collection | DSpace DC |
| container_title | Біополімери і клітина |
| description | За даними ab initio розрахунків (МР2/6-ЗЮ**/1HF/6-31G**) у вакуумі, що є прийнятною імітацією гідрофобного оточення у місцях білково-нуклеїнових контактів, специфічна взаємодія ацетат-іона – моделі депротонованої карбоксильної групи аспарагінової та глутамінової кислот – з пурином переводить нуклеотидну основу з основної таутомерної форми N9H у високоенергетичну N7H з енергетичним виграшем 0,46 ккал/моль. Ефект досягається за рахунок вищої комплексотвірної здатності таутомеру N7H у порівняння з таутомером N9H, яка з надлишком компенсує підвищення внутрішньої енергії при переході N9HN7H( близько 3,90 ккал/моль). Обговорюється можлива біологічна роль отриманих результатів для перебігу елементарних актів білково-нуклеїнового впізнавання, зокрема, ферментативного каталізу.
По данным ab initio расчетов (MP2l6-31G**//HFl6-31G**) в вакууме, являющемся приемлемой имитацией гидрофобного окружения в местах белково-нуклеиновых контактов, специфическое взаимодействие ацетат-иона – модели депротонированной карбоксильной группы аспарагиновой и глутаминовой кислот – с пурином переводит основание из основной таутомер ной формы N9H в высокоэнергетическую N7H с энергетическим выигрышем 0,46 ккал/моль. Эффект достигается за счет большей комплексообразующей способности таутомера N7H в сравнении с таутомером N9H, которая с избытком компенсирует повышение внутренней энергии при переходе N9H → N7H (около 3,90 ккал/моль). Обсуждается возможная биологическая роль полученных результатов для элементарных актов белково-нуклеинового узнавания, в частности, ферментативного катализа.
According to ab initio calculations (MP2/6-31G**//HF/6-31G**) In vacuum (which is an acceptable imitation of the hydrophobic medium at the sites of protein-nucleic acid contacts), specific interaction of the acetate onion (model of deprotonated residues of aspartic and glutamic acids) with the purine transforms this base from the N9H ground-state tautomeric form into the N7H high-energy tautomer (hE-EN7H-EN9H is about 4 kcul/mol) with the energy advantage of 0.46 kcal/moL The effect is achieved due to the higher complexation energy of the N7H tautomer as compared to the N9H one, which overcompensates the energy excess (about 3.90 kcal/mol) of the rare tautomer. A possible biological significance of the data obtained for more profound understanding of elementary acts of protein-nucleic acid recognition, in particular, the enzyme catalysis, is discussed.
|
| first_indexed | 2025-11-25T22:33:40Z |
| format | Article |
| fulltext | |
| id | nasplib_isofts_kiev_ua-123456789-155890 |
| institution | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| issn | 0233-7657 |
| language | Ukrainian |
| last_indexed | 2025-11-25T22:33:40Z |
| publishDate | 2001 |
| publisher | Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
| record_format | dspace |
| spelling | Самійленко, С.П. Богдан, Т.В. Тригубенко, С.А. Говорун, Д.М. 2019-06-17T15:01:58Z 2019-06-17T15:01:58Z 2001 Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі / С.П. Самійленко, Т.В. Богдан, С.А. Тригубенко, Д.М. Говорун // Біополімери і клітина. — 2001. — Т. 17, № 6. — С. 540-545. — Бібліогр.: 33 назв. — укр. 0233-7657 DOI:http://dx.doi.org/10.7124/bc.0005DD https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155890 573.3 За даними ab initio розрахунків (МР2/6-ЗЮ**/1HF/6-31G**) у вакуумі, що є прийнятною імітацією гідрофобного оточення у місцях білково-нуклеїнових контактів, специфічна взаємодія ацетат-іона – моделі депротонованої карбоксильної групи аспарагінової та глутамінової кислот – з пурином переводить нуклеотидну основу з основної таутомерної форми N9H у високоенергетичну N7H з енергетичним виграшем 0,46 ккал/моль. Ефект досягається за рахунок вищої комплексотвірної здатності таутомеру N7H у порівняння з таутомером N9H, яка з надлишком компенсує підвищення внутрішньої енергії при переході N9HN7H( близько 3,90 ккал/моль). Обговорюється можлива біологічна роль отриманих результатів для перебігу елементарних актів білково-нуклеїнового впізнавання, зокрема, ферментативного каталізу. По данным ab initio расчетов (MP2l6-31G**//HFl6-31G**) в вакууме, являющемся приемлемой имитацией гидрофобного окружения в местах белково-нуклеиновых контактов, специфическое взаимодействие ацетат-иона – модели депротонированной карбоксильной группы аспарагиновой и глутаминовой кислот – с пурином переводит основание из основной таутомер ной формы N9H в высокоэнергетическую N7H с энергетическим выигрышем 0,46 ккал/моль. Эффект достигается за счет большей комплексообразующей способности таутомера N7H в сравнении с таутомером N9H, которая с избытком компенсирует повышение внутренней энергии при переходе N9H → N7H (около 3,90 ккал/моль). Обсуждается возможная биологическая роль полученных результатов для элементарных актов белково-нуклеинового узнавания, в частности, ферментативного катализа. According to ab initio calculations (MP2/6-31G**//HF/6-31G**) In vacuum (which is an acceptable imitation of the hydrophobic medium at the sites of protein-nucleic acid contacts), specific interaction of the acetate onion (model of deprotonated residues of aspartic and glutamic acids) with the purine transforms this base from the N9H ground-state tautomeric form into the N7H high-energy tautomer (hE-EN7H-EN9H is about 4 kcul/mol) with the energy advantage of 0.46 kcal/moL The effect is achieved due to the higher complexation energy of the N7H tautomer as compared to the N9H one, which overcompensates the energy excess (about 3.90 kcal/mol) of the rare tautomer. A possible biological significance of the data obtained for more profound understanding of elementary acts of protein-nucleic acid recognition, in particular, the enzyme catalysis, is discussed. uk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Біополімери і клітина Структура та функції біополімерів Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі Специфическое взаимодействие модельной формы депротонированной группы аминокислот с пурином переводит основание в редкий таутомер N7H: результаты ab initio расчетов в вакууме Specific interaction of the amino acid model carboxylic group with purine transforms it into its N7H rare tautomeric form: results of vacuum ab initio calculations Article published earlier |
| spellingShingle | Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі Самійленко, С.П. Богдан, Т.В. Тригубенко, С.А. Говорун, Д.М. Структура та функції біополімерів |
| title | Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі |
| title_alt | Специфическое взаимодействие модельной формы депротонированной группы аминокислот с пурином переводит основание в редкий таутомер N7H: результаты ab initio расчетов в вакууме Specific interaction of the amino acid model carboxylic group with purine transforms it into its N7H rare tautomeric form: results of vacuum ab initio calculations |
| title_full | Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі |
| title_fullStr | Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі |
| title_full_unstemmed | Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі |
| title_short | Специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер N7H: результати ab initio розрахунків у вакуумі |
| title_sort | специфічна взаємодія модельної форми депротонованої карбоксильної групи амінокислот з пурином переводить основу в рідкісний таутомер n7h: результати ab initio розрахунків у вакуумі |
| topic | Структура та функції біополімерів |
| topic_facet | Структура та функції біополімерів |
| url | https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/155890 |
| work_keys_str_mv | AT samíilenkosp specifíčnavzaêmodíâmodelʹnoíformideprotonovanoíkarboksilʹnoígrupiamínokislotzpurinomperevoditʹosnovuvrídkísniitautomern7hrezulʹtatiabinitiorozrahunkívuvakuumí AT bogdantv specifíčnavzaêmodíâmodelʹnoíformideprotonovanoíkarboksilʹnoígrupiamínokislotzpurinomperevoditʹosnovuvrídkísniitautomern7hrezulʹtatiabinitiorozrahunkívuvakuumí AT trigubenkosa specifíčnavzaêmodíâmodelʹnoíformideprotonovanoíkarboksilʹnoígrupiamínokislotzpurinomperevoditʹosnovuvrídkísniitautomern7hrezulʹtatiabinitiorozrahunkívuvakuumí AT govorundm specifíčnavzaêmodíâmodelʹnoíformideprotonovanoíkarboksilʹnoígrupiamínokislotzpurinomperevoditʹosnovuvrídkísniitautomern7hrezulʹtatiabinitiorozrahunkívuvakuumí AT samíilenkosp specifičeskoevzaimodeistviemodelʹnoiformydeprotonirovannoigruppyaminokislotspurinomperevoditosnovanievredkiitautomern7hrezulʹtatyabinitiorasčetovvvakuume AT bogdantv specifičeskoevzaimodeistviemodelʹnoiformydeprotonirovannoigruppyaminokislotspurinomperevoditosnovanievredkiitautomern7hrezulʹtatyabinitiorasčetovvvakuume AT trigubenkosa specifičeskoevzaimodeistviemodelʹnoiformydeprotonirovannoigruppyaminokislotspurinomperevoditosnovanievredkiitautomern7hrezulʹtatyabinitiorasčetovvvakuume AT govorundm specifičeskoevzaimodeistviemodelʹnoiformydeprotonirovannoigruppyaminokislotspurinomperevoditosnovanievredkiitautomern7hrezulʹtatyabinitiorasčetovvvakuume AT samíilenkosp specificinteractionoftheaminoacidmodelcarboxylicgroupwithpurinetransformsitintoitsn7hraretautomericformresultsofvacuumabinitiocalculations AT bogdantv specificinteractionoftheaminoacidmodelcarboxylicgroupwithpurinetransformsitintoitsn7hraretautomericformresultsofvacuumabinitiocalculations AT trigubenkosa specificinteractionoftheaminoacidmodelcarboxylicgroupwithpurinetransformsitintoitsn7hraretautomericformresultsofvacuumabinitiocalculations AT govorundm specificinteractionoftheaminoacidmodelcarboxylicgroupwithpurinetransformsitintoitsn7hraretautomericformresultsofvacuumabinitiocalculations |