Анализ эффективности алгоритмов ОМК для решения задачи о сворачивании протеинов

• Published in: Теорія оптимальних рішень
• Date: 2012
• Format: Article
• Language: Russian
• Published: Інститут кібернетики ім. В.М. Глушкова НАН України 2012
• Online Access: https://nasplib.isofts.kiev.ua/handle/123456789/85018
• Journal Title: Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
• Cite this: Анализ эффективности алгоритмов ОМК для решения задачи о сворачивании протеинов / В.А. Рудык // Теорія оптимальних рішень: Зб. наук. пр. — 2012. — № 11. — С. 66-72. — Бібліогр.: 7 назв. — рос.

Рассматривается гидрофобно-полярная модель сворачивания протеина, предлагается и исследуется алгоритм прогнозирования третичной структуры белка, построенный на базе метода ОМК. Строится модель молекулы протеинов в трехмерной треугольной решетке. Разработаны методы априорной оценки позиции в решетке и обновления матрицы феромонных путей, их эффективность подтверждена вычислительным экспериментом. Розглядається гідрофобно-полярна модель згортання протеїну, пропонується та досліджується алгоритм прогнозування третинної структури білка, розроблений на базі методу ОМК. Будується модель молекули протеїну в тривимірній трикутній решітці. Запропоновані методи апріорної оцінки позиції в решітці та поновлення матриці феромонних шляхів, їх ефективність підтверджена обчислювальним експериментом. The Hydrophobic-Hydrophilic protein folding model is examined, the algorithm based on ACO optimization method is proposed and analyzed for protein tertiary structure prediction. The molecule model is considered to be a chain whose monomers are placed on the vertices of 3D triangular lattice. The a priori position estimation method and pheromone trails updating method are deviced, computational experiment confirms their appropriateness.