Перегляд класифікації конформацій активного центру протеїнтирозинфосфатази 1B

Перегляд класифікації конформацій активного центру протеїнтирозинфосфатази 1B

Our previous work on the classification of binding site conformations of protein tyrosine phosphatase 1B was published in 2012. It was then found that 102 active sites from 91 PDB files can be divided into 5 major clusters. Since that time, the number of the enzyme PDB files, which are deposited in...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Date:2024
Main Authors: Tanchuk, Vsevolod Y., Kobzar, Olexandr L., Vovk, Andriy I.
Format: Article
Language:English
Published: V.P. Kukhar Institute of Bioorganic Chemistry and Petrochemistry of the National Academy of Sciences of Ukraine 2024
Subjects:
PTP1B
активні центри
конформації
кластернізація
структурна подібність
Online Access:https://bioorganica.com.ua/index.php/journal/article/view/84
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
Journal Title:Ukrainica Bioorganica Acta

Institution

Ukrainica Bioorganica Acta
id oai:ojs2.bioorganica.com.ua:article-84
record_format ojs
spelling oai:ojs2.bioorganica.com.ua:article-842025-05-16T15:55:21Z Classification of active site conformations of protein tyrosine phosphatase 1B revisited Перегляд класифікації конформацій активного центру протеїнтирозинфосфатази 1B Tanchuk, Vsevolod Y. Kobzar, Olexandr L. Vovk, Andriy I. PTP1B active sites conformations clustering structure similarity PTP1B активні центри конформації кластернізація структурна подібність Our previous work on the classification of binding site conformations of protein tyrosine phosphatase 1B was published in 2012. It was then found that 102 active sites from 91 PDB files can be divided into 5 major clusters. Since that time, the number of the enzyme PDB files, which are deposited in the RCSB Protein Data Bank, and the number of PTP1B crystal structures in these files have been quadrupled emphasizing the importance of this enzyme as a target for drug design. In the present paper, 793 binding sites from 374 PDB files of PTP1B available now were analyzed. Although the clustering results seem to have remained the same since the first investigation, some centroids have been changed and the number of structures in the clusters has increased. Clusters with closed WPD loops, except one, retained their centroids. Most new conformations with open WPD-loop appear in one cluster, which includes crystal structures where ligands occupy the catalytic pockets or are located at the enzyme allosteric sites. The updated clusters can be used for molecular docking-based designing inhibitors of PTP1B  Наша попередня робота з класифікації конформацій активних центрів протеїнтирозинфосфатази 1B була опублікована в 2012 році. Тоді було показано, що 102 активні центри з 91 файлу PDB можна розділити на 5 основних кластерів. З того часу кількість файлів PDB ензиму, які зберігаються в банку даних RCSB Protein Data Bank, і кількість кристалічних структур PTP1B у цих файлах зросла в чотири рази, що підкреслює важливість цього ензиму як мішені для розробки ліків. У цій статті проаналізовано 793 центрів зв’язування з 374 PDB-файлів PTP1B, доступних зараз. Хоча результати кластеризації, здається, залишилися незмінними з часу першого дослідження, деякі центроїди були змінені, а кількість структур у кластерах зросла. Кластери із закритими WPD-петлями, крім одного, зберегли свої центроїди. Більшість нових конформацій з відкритою WPD-петлею було віднесено до одного кластеру з кристалічними структурами, де ліганди займають каталітичні центри або розташовані в алостеричних центрах ензиму. Оновлені кластери можуть бути використані для віртуального скринінгу сполук як інгібіторів PTP1B  V.P. Kukhar Institute of Bioorganic Chemistry and Petrochemistry of the National Academy of Sciences of Ukraine 2024-06-30 Article Article application/pdf https://bioorganica.com.ua/index.php/journal/article/view/84 10.15407/bioorganica2024.01.052 Ukrainica Bioorganica Acta; Vol. 19 No. 1 (2024): Ukrainica Bioorganica Acta; 52-57 Ukrainica Bioorganica Acta; Том 19 № 1 (2024): Ukrainica Bioorganica Acta; 52-57 1814-9766 1814-9758 10.15407/bioorganica2024.01 en https://bioorganica.com.ua/index.php/journal/article/view/84/83 https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
institution Ukrainica Bioorganica Acta
baseUrl_str
datestamp_date 2025-05-16T15:55:21Z
collection OJS
language English
topic PTP1B
активні центри
конформації
кластернізація
структурна подібність
spellingShingle PTP1B
активні центри
конформації
кластернізація
структурна подібність
Tanchuk, Vsevolod Y.
Kobzar, Olexandr L.
Vovk, Andriy I.
Перегляд класифікації конформацій активного центру протеїнтирозинфосфатази 1B
topic_facet PTP1B
active sites
conformations
clustering
structure similarity
PTP1B
активні центри
конформації
кластернізація
структурна подібність
format Article
author Tanchuk, Vsevolod Y.
Kobzar, Olexandr L.
Vovk, Andriy I.
author_facet Tanchuk, Vsevolod Y.
Kobzar, Olexandr L.
Vovk, Andriy I.
author_sort Tanchuk, Vsevolod Y.
title Перегляд класифікації конформацій активного центру протеїнтирозинфосфатази 1B
title_short Перегляд класифікації конформацій активного центру протеїнтирозинфосфатази 1B
title_full Перегляд класифікації конформацій активного центру протеїнтирозинфосфатази 1B
title_fullStr Перегляд класифікації конформацій активного центру протеїнтирозинфосфатази 1B
title_full_unstemmed Перегляд класифікації конформацій активного центру протеїнтирозинфосфатази 1B
title_sort перегляд класифікації конформацій активного центру протеїнтирозинфосфатази 1b
title_alt Classification of active site conformations of protein tyrosine phosphatase 1B revisited
description Our previous work on the classification of binding site conformations of protein tyrosine phosphatase 1B was published in 2012. It was then found that 102 active sites from 91 PDB files can be divided into 5 major clusters. Since that time, the number of the enzyme PDB files, which are deposited in the RCSB Protein Data Bank, and the number of PTP1B crystal structures in these files have been quadrupled emphasizing the importance of this enzyme as a target for drug design. In the present paper, 793 binding sites from 374 PDB files of PTP1B available now were analyzed. Although the clustering results seem to have remained the same since the first investigation, some centroids have been changed and the number of structures in the clusters has increased. Clusters with closed WPD loops, except one, retained their centroids. Most new conformations with open WPD-loop appear in one cluster, which includes crystal structures where ligands occupy the catalytic pockets or are located at the enzyme allosteric sites. The updated clusters can be used for molecular docking-based designing inhibitors of PTP1B 
publisher V.P. Kukhar Institute of Bioorganic Chemistry and Petrochemistry of the National Academy of Sciences of Ukraine
publishDate 2024
url https://bioorganica.com.ua/index.php/journal/article/view/84
work_keys_str_mv AT tanchukvsevolody classificationofactivesiteconformationsofproteintyrosinephosphatase1brevisited
AT kobzarolexandrl classificationofactivesiteconformationsofproteintyrosinephosphatase1brevisited
AT vovkandriyi classificationofactivesiteconformationsofproteintyrosinephosphatase1brevisited
AT tanchukvsevolody pereglâdklasifíkacííkonformacíjaktivnogocentruproteíntirozinfosfatazi1b
AT kobzarolexandrl pereglâdklasifíkacííkonformacíjaktivnogocentruproteíntirozinfosfatazi1b
AT vovkandriyi pereglâdklasifíkacííkonformacíjaktivnogocentruproteíntirozinfosfatazi1b
first_indexed 2025-07-17T12:20:01Z
last_indexed 2025-07-17T12:20:01Z
_version_ 1850410722082684928

Similar Items