Соматичні генні варіант и в клітинах нерезектабельної меланоми шкіри та виявлення фармакогеномних маркерів: вплив на стратегію ефективного лікуванн я раку
The study aimed to identify the clinically relevant gene variants in unresectable cutaneous melanoma samples from Ukrainian patients using NGS technology and to investigate some pharmacogenomic markers useful for the development of cancer treat- ment strategies. Materials and Methods. 30 samples of...
Saved in:
| Date: | 2025 |
|---|---|
| Main Authors: | , , , , , , , , , , , , |
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
PH Akademperiodyka
2025
|
| Subjects: | |
| Online Access: | https://exp-oncology.com.ua/index.php/Exp/article/view/535 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Experimental Oncology |
Institution
Experimental Oncology| _version_ | 1856543636817182720 |
|---|---|
| author | Gulkovskyi, R. Gerashchenko, G. Bezverkhiy, A. Melnichuk, N. Mankovska, O. Marchyshak, T. Karaman, H. Krotevych, M. Trokhymych, S. Ruban, O. Tkachuk, Z. Tukalo, M. Kashuba, V. |
| author_facet | Gulkovskyi, R. Gerashchenko, G. Bezverkhiy, A. Melnichuk, N. Mankovska, O. Marchyshak, T. Karaman, H. Krotevych, M. Trokhymych, S. Ruban, O. Tkachuk, Z. Tukalo, M. Kashuba, V. |
| author_sort | Gulkovskyi, R. |
| baseUrl_str | |
| collection | OJS |
| datestamp_date | 2026-01-05T05:29:42Z |
| description | The study aimed to identify the clinically relevant gene variants in unresectable cutaneous melanoma samples from Ukrainian patients using NGS technology and to investigate some pharmacogenomic markers useful for the development of cancer treat- ment strategies. Materials and Methods. 30 samples of unresectable cutaneous melanomas of various localizations and differen- tiation grades were analyzed. The Ion Torrent NGS technology of targeted gene sequencing (Custom AmpliSeq™ Cancer hotspot and Pharmacogenomic panels) was applied to identify the genetic alterations, which were classifi d using franklin by Gennox database and custom pharmacogenomic Ion Reporter Software pipeline. Results. A total of 148 different gene alterations were identifi d in 40 genes (SNVs, MNVs, INdELs) by the Cancer hotspot Panel, revealing the mutation patterns consistent with the international data. however, notable discrepancies exist, such as a high KRAS mutation rate (29.3%), predominantly in stage III tumors, suggesting their role in tumor aggressiveness and progression. We identifi d the frequent TP53 and BRAF mutations, with BRAF V600E being the most common, and observed a higher prevalence of BRAF mutations in females. TP53 mutations were prevalent (59.3%) and varied with age and sex, though their prognostic signifi ance requires further validation. A second key novel fi ding was the detection of FLT3 mutations in 22.2% of the samples, with a signifi antly higher prevalence in stage IV disease, suggesting a potential role of FLT3 in melanoma progression and warranting further investigation as a prognostic biomarker and a potential target for the existing FLT3 inhibitors. Ultimately, our pilot analysis of pharmacogenomic markers un- derscored their potential clinical utility in choosing personalized treatment decisions. for instance, the identifi ation of a patient with the rs35599367 (G/A) risk allele for adverse drug reactions underscores the value of using pharmacogenetic data to make a correct selection between approved therapies. Conclusions. Our study presents the fi st comprehensive analysis of somatic mutations and pharmacogenomic markers in unresectable cutaneous melanoma tissue samples from Ukrainian patients. We found that while common somatic variants generally align with global trends, the mutational landscape in this cohort presents several unique features: a high KRAS mutation rate and its apparent stage-specifi prevalence, and a high FLT3 mutation rate, predominantly in stage IV tumors. further validation on a larger number of samples, as well as more exhaustive analysis employ- ing alternative methods, is necessary to substantiate these fi dings and to facilitate more effective melanoma treatment. |
| first_indexed | 2026-02-08T08:02:54Z |
| format | Article |
| id | oai:ojs2.ex.aqua-time.com.ua:article-535 |
| institution | Experimental Oncology |
| language | English |
| last_indexed | 2026-02-08T08:02:54Z |
| publishDate | 2025 |
| publisher | PH Akademperiodyka |
| record_format | ojs |
| spelling | oai:ojs2.ex.aqua-time.com.ua:article-5352026-01-05T05:29:42Z SOMATIC GENE VARIANTS IN UNRESECTABLE CUTANEOUS MELANOMA CELLS AND DETECTION OF PHARMACOGENOMIC MARKERS: INFLUENCE ON STRATEGY OF EFFECTIVE CANCER TREATMENT Соматичні генні варіант и в клітинах нерезектабельної меланоми шкіри та виявлення фармакогеномних маркерів: вплив на стратегію ефективного лікуванн я раку Gulkovskyi, R. Gerashchenko, G. Bezverkhiy, A. Melnichuk, N. Mankovska, O. Marchyshak, T. Karaman, H. Krotevych, M. Trokhymych, S. Ruban, O. Tkachuk, Z. Tukalo, M. Kashuba, V. NGS, клінічна значущість, варіанти генів, меланома, фармакогеномні маркери, ефективне лікування раку NGS, clinical relevance, gene variants, melanoma, pharmacogenomic markers, effective cancer treatment The study aimed to identify the clinically relevant gene variants in unresectable cutaneous melanoma samples from Ukrainian patients using NGS technology and to investigate some pharmacogenomic markers useful for the development of cancer treat- ment strategies. Materials and Methods. 30 samples of unresectable cutaneous melanomas of various localizations and differen- tiation grades were analyzed. The Ion Torrent NGS technology of targeted gene sequencing (Custom AmpliSeq™ Cancer hotspot and Pharmacogenomic panels) was applied to identify the genetic alterations, which were classifi d using franklin by Gennox database and custom pharmacogenomic Ion Reporter Software pipeline. Results. A total of 148 different gene alterations were identifi d in 40 genes (SNVs, MNVs, INdELs) by the Cancer hotspot Panel, revealing the mutation patterns consistent with the international data. however, notable discrepancies exist, such as a high KRAS mutation rate (29.3%), predominantly in stage III tumors, suggesting their role in tumor aggressiveness and progression. We identifi d the frequent TP53 and BRAF mutations, with BRAF V600E being the most common, and observed a higher prevalence of BRAF mutations in females. TP53 mutations were prevalent (59.3%) and varied with age and sex, though their prognostic signifi ance requires further validation. A second key novel fi ding was the detection of FLT3 mutations in 22.2% of the samples, with a signifi antly higher prevalence in stage IV disease, suggesting a potential role of FLT3 in melanoma progression and warranting further investigation as a prognostic biomarker and a potential target for the existing FLT3 inhibitors. Ultimately, our pilot analysis of pharmacogenomic markers un- derscored their potential clinical utility in choosing personalized treatment decisions. for instance, the identifi ation of a patient with the rs35599367 (G/A) risk allele for adverse drug reactions underscores the value of using pharmacogenetic data to make a correct selection between approved therapies. Conclusions. Our study presents the fi st comprehensive analysis of somatic mutations and pharmacogenomic markers in unresectable cutaneous melanoma tissue samples from Ukrainian patients. We found that while common somatic variants generally align with global trends, the mutational landscape in this cohort presents several unique features: a high KRAS mutation rate and its apparent stage-specifi prevalence, and a high FLT3 mutation rate, predominantly in stage IV tumors. further validation on a larger number of samples, as well as more exhaustive analysis employ- ing alternative methods, is necessary to substantiate these fi dings and to facilitate more effective melanoma treatment. Метою дослідження було виявити клінічно значущі генні варіанти в зразках нерезектабельної меланоми шкіри українських пацієнтів та дослідити низку фармакогеномних маркерів за допомогою технології NGS для розробки стратегій лікування раку. Матеріали та методи. У дослідженні було використано 30 зразків українських пацієнтів віком 28—76 років, які мали нерезектабельну меланому шкіри різної локалізації та ступеня диференціації. Для виявлення генетичних змін використовувалася технологія Ion Torrent NGS таргетного секвенування генів (панелі Custom AmpliSeq™ Cancer hotspot і Pharmacogenomic), які класифікувалися за базою даних franklin by Gennox і власним фармакогеномним пайплайном у Ion Reporter Software. Результати. за допомогою панелі Cancer hotspot було виявлено 148 різних генетичних змін у 40 генах (SNV, MNV, INdEL), причому виявлені мутаційні патерни відповідали міжнародним даним, однак існують помітні розбіжності, такі як високий рівень мутацій KRAS (29,3%), які переважно зустрічалися в пухлинах III стадії, що вказує на їхню роль в агресивності та прогресуванні пухлин. Ми виявили часті мутації TP53 та BRAF, серед яких найпоширенішою є BRAF V600E, та спостерігали вищу поширеність мутацій BRAF у жінок. Мутації TP53 є поширеними (59,3%) і варіюються залежно від віку та статі, хоча їх прогностичне значення потребує подальшої перевірки. Другим важливим новим відкриттям стало виявлення мутацій FLT3 у 22,2% зразків, із статистично достовірно вищою поширеністю на IV стадії захворювання, що вказує на потенційну роль FLT3 у прогресуванні меланоми та вимагає подальшого дослідження як прогностичного біомаркера та потенційної мішені для існуючих інгібіторів FLT3. зрештою, наш пілотний аналіз фармакогеномних маркерів підкреслює їх потенційну клінічну корисність для прийняття рішень щодо персоналізованого лікування. Наприклад, виявлення пацієнта з алелем rs35599367 (G/A) ризику побічної реакції на ліки підкреслює цінність використання фармакогенетичних даних для вибору між затвердженими методами лікування. Висновки. Це дослідження є вперше проведеним комплексним аналізом соматичних мутацій та фармакогеномних маркерів у зразках нерезектабельної меланоми шкіри у виборці українських пацієнтів. Ми показали, що поруч із загальними варіантами соматичних мутацій, що відповідають глобальним трендам, виявляються й унікальні мутаційні патерни, зокрема висока частота мутацій KRAS, асоційована з певними стадіями захворювання, та висока частота мутацій FLT3, переважно в разі пухлинного процесу в стадії IV. подальша валідація на більших вибірках та більш ретельний аналіз із застосуванням альтернативних методів дозволять всебічно обґрунтувати одержані дані, що сприятиме підвищенню ефективності лікування хворих на меланому. PH Akademperiodyka 2025-12-30 Article Article application/pdf https://exp-oncology.com.ua/index.php/Exp/article/view/535 10.15407/exp-oncology.2025.03.288 Experimental Oncology; Vol. 47 No. 3 (2025): Experimental Oncology; 288-301 Експериментальна онкологія; Том 47 № 3 (2025): Експериментальна онкологія; 288-301 2312-8852 1812-9269 10.15407/exp-oncology.2025.03 en https://exp-oncology.com.ua/index.php/Exp/article/view/535/432 Copyright (c) 2025 Experimental Oncology https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ |
| spellingShingle | NGS клінічна значущість варіанти генів меланома фармакогеномні маркери ефективне лікування раку Gulkovskyi, R. Gerashchenko, G. Bezverkhiy, A. Melnichuk, N. Mankovska, O. Marchyshak, T. Karaman, H. Krotevych, M. Trokhymych, S. Ruban, O. Tkachuk, Z. Tukalo, M. Kashuba, V. Соматичні генні варіант и в клітинах нерезектабельної меланоми шкіри та виявлення фармакогеномних маркерів: вплив на стратегію ефективного лікуванн я раку |
| title | Соматичні генні варіант и в клітинах нерезектабельної меланоми шкіри та виявлення фармакогеномних маркерів: вплив на стратегію ефективного лікуванн я раку |
| title_alt | SOMATIC GENE VARIANTS IN UNRESECTABLE CUTANEOUS MELANOMA CELLS AND DETECTION OF PHARMACOGENOMIC MARKERS: INFLUENCE ON STRATEGY OF EFFECTIVE CANCER TREATMENT |
| title_full | Соматичні генні варіант и в клітинах нерезектабельної меланоми шкіри та виявлення фармакогеномних маркерів: вплив на стратегію ефективного лікуванн я раку |
| title_fullStr | Соматичні генні варіант и в клітинах нерезектабельної меланоми шкіри та виявлення фармакогеномних маркерів: вплив на стратегію ефективного лікуванн я раку |
| title_full_unstemmed | Соматичні генні варіант и в клітинах нерезектабельної меланоми шкіри та виявлення фармакогеномних маркерів: вплив на стратегію ефективного лікуванн я раку |
| title_short | Соматичні генні варіант и в клітинах нерезектабельної меланоми шкіри та виявлення фармакогеномних маркерів: вплив на стратегію ефективного лікуванн я раку |
| title_sort | соматичні генні варіант и в клітинах нерезектабельної меланоми шкіри та виявлення фармакогеномних маркерів: вплив на стратегію ефективного лікуванн я раку |
| topic | NGS клінічна значущість варіанти генів меланома фармакогеномні маркери ефективне лікування раку |
| topic_facet | NGS клінічна значущість варіанти генів меланома фармакогеномні маркери ефективне лікування раку NGS clinical relevance gene variants melanoma pharmacogenomic markers effective cancer treatment |
| url | https://exp-oncology.com.ua/index.php/Exp/article/view/535 |
| work_keys_str_mv | AT gulkovskyir somaticgenevariantsinunresectablecutaneousmelanomacellsanddetectionofpharmacogenomicmarkersinfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT gerashchenkog somaticgenevariantsinunresectablecutaneousmelanomacellsanddetectionofpharmacogenomicmarkersinfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT bezverkhiya somaticgenevariantsinunresectablecutaneousmelanomacellsanddetectionofpharmacogenomicmarkersinfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT melnichukn somaticgenevariantsinunresectablecutaneousmelanomacellsanddetectionofpharmacogenomicmarkersinfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT mankovskao somaticgenevariantsinunresectablecutaneousmelanomacellsanddetectionofpharmacogenomicmarkersinfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT marchyshakt somaticgenevariantsinunresectablecutaneousmelanomacellsanddetectionofpharmacogenomicmarkersinfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT karamanh somaticgenevariantsinunresectablecutaneousmelanomacellsanddetectionofpharmacogenomicmarkersinfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT krotevychm somaticgenevariantsinunresectablecutaneousmelanomacellsanddetectionofpharmacogenomicmarkersinfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT trokhymychs somaticgenevariantsinunresectablecutaneousmelanomacellsanddetectionofpharmacogenomicmarkersinfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT rubano somaticgenevariantsinunresectablecutaneousmelanomacellsanddetectionofpharmacogenomicmarkersinfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT tkachukz somaticgenevariantsinunresectablecutaneousmelanomacellsanddetectionofpharmacogenomicmarkersinfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT tukalom somaticgenevariantsinunresectablecutaneousmelanomacellsanddetectionofpharmacogenomicmarkersinfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT kashubav somaticgenevariantsinunresectablecutaneousmelanomacellsanddetectionofpharmacogenomicmarkersinfluenceonstrategyofeffectivecancertreatment AT gulkovskyir somatičnígennívaríantivklítinahnerezektabelʹnoímelanomiškíritaviâvlennâfarmakogenomnihmarkerívvplivnastrategíûefektivnogolíkuvannâraku AT gerashchenkog somatičnígennívaríantivklítinahnerezektabelʹnoímelanomiškíritaviâvlennâfarmakogenomnihmarkerívvplivnastrategíûefektivnogolíkuvannâraku AT bezverkhiya somatičnígennívaríantivklítinahnerezektabelʹnoímelanomiškíritaviâvlennâfarmakogenomnihmarkerívvplivnastrategíûefektivnogolíkuvannâraku AT melnichukn somatičnígennívaríantivklítinahnerezektabelʹnoímelanomiškíritaviâvlennâfarmakogenomnihmarkerívvplivnastrategíûefektivnogolíkuvannâraku AT mankovskao somatičnígennívaríantivklítinahnerezektabelʹnoímelanomiškíritaviâvlennâfarmakogenomnihmarkerívvplivnastrategíûefektivnogolíkuvannâraku AT marchyshakt somatičnígennívaríantivklítinahnerezektabelʹnoímelanomiškíritaviâvlennâfarmakogenomnihmarkerívvplivnastrategíûefektivnogolíkuvannâraku AT karamanh somatičnígennívaríantivklítinahnerezektabelʹnoímelanomiškíritaviâvlennâfarmakogenomnihmarkerívvplivnastrategíûefektivnogolíkuvannâraku AT krotevychm somatičnígennívaríantivklítinahnerezektabelʹnoímelanomiškíritaviâvlennâfarmakogenomnihmarkerívvplivnastrategíûefektivnogolíkuvannâraku AT trokhymychs somatičnígennívaríantivklítinahnerezektabelʹnoímelanomiškíritaviâvlennâfarmakogenomnihmarkerívvplivnastrategíûefektivnogolíkuvannâraku AT rubano somatičnígennívaríantivklítinahnerezektabelʹnoímelanomiškíritaviâvlennâfarmakogenomnihmarkerívvplivnastrategíûefektivnogolíkuvannâraku AT tkachukz somatičnígennívaríantivklítinahnerezektabelʹnoímelanomiškíritaviâvlennâfarmakogenomnihmarkerívvplivnastrategíûefektivnogolíkuvannâraku AT tukalom somatičnígennívaríantivklítinahnerezektabelʹnoímelanomiškíritaviâvlennâfarmakogenomnihmarkerívvplivnastrategíûefektivnogolíkuvannâraku AT kashubav somatičnígennívaríantivklítinahnerezektabelʹnoímelanomiškíritaviâvlennâfarmakogenomnihmarkerívvplivnastrategíûefektivnogolíkuvannâraku |